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标题: 如何从生产模拟步产生的轨迹文件中提取xyz速度文件? [打印本页]

作者
Author: 茸茸 时间: 2025-4-17 09:48
标题: 如何从生产模拟步产生的轨迹文件中提取xyz速度文件?
如何利用gromacs生成的trr轨迹文件提取出蛋白片段中所有原子的速度，输出xyz格式的速度文件呢？
如图所示，在生产模拟的预准备阶段设置了输出速度，并且trr轨迹文件中包含速度，但是运用 gmx dump -f your_trajectory.trr -s topol.tpr > velocities.txt 命令提取出来的文件中并不含有速度，或者会呈现空文档，这是为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-17 15:15
如果你没用nstvout在trr里写入速度信息就没法提取

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