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标题: GaussView构建环十肽求助 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-4-17 14:59
标题: GaussView构建环十肽求助
老师们，我想用gaussview构建一个环十肽，我先搭建了一个线性十肽，但是该如何将首端N与末端的C连接在一起形成规整的环状肽呢？
我也尝试过用ChemDraw绘制2D结构后复制粘贴到Chem3D中得到三维结构，但这样得出的环肽原子拥挤间距过小极不规整。
感谢各位老师解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-17 15:40
恰当编辑两端结构，并且把两端原子间要形成的键画出来，然后用扫把工具或者调用Gaussian通过UFF力场快速优化，环就闭合了

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-4-17 20:12
Chem3D 也有 MM2 优化，虽然比较玩具，但肯定比完全不优化要好

作者
Author: oillio 时间: 2025-4-17 20:13
本帖最后由 oillio 于 2025-4-17 20:17 编辑

sobereva 发表于 2025-4-17 15:40
恰当编辑两端结构，并且把两端原子间要形成的键画出来，然后用扫把工具或者调用Gaussian通过UFF力场快速优 ...

老师，我构建完线性十肽之后将首尾连接了起来，然后用了扫把工具，得到的三维结构依然混乱，甚至出现了胡乱连键。这种情况下我能用B3LYP 6-31G进行优化以求结构规整吗？还是必须进行修正，去除明显不合理接触后再进行优化？（我想用环十肽跑动力学看构象）
感谢老师解答。 (, 下载次数 Times of downloads: 15) C:\Users\ASUS\Desktop

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-18 05:32

oillio 发表于 2025-4-17 20:13
老师，我构建完线性十肽之后将首尾连接了起来，然后用了扫把工具，得到的三维结构依然混乱，甚至出现了胡 ...

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法
http://sobereva.com/594（http://bbs.keinsci.com/thread-22945-1-1.html）

用上文说的Avogadro先把体系掰弯，首尾近乎相接，然后再这么操作。
并且似乎你当前连的方式不对

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