计算化学公社

标题: 如何组装膜的拓扑文件和蛋白的拓扑文件？ [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-4-17 18:57
标题: 如何组装膜的拓扑文件和蛋白的拓扑文件？
如题所示，请问各位老师用charmm-gui使用粗粒化力场生成了膜系统的相关参数，用charmm36生成了蛋白质的拓扑信息，怎么把这两个体系组装在一起？

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-17 20:55
确定这粗粒化的膜可以跟全原子力场混用吗？？

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-4-17 21:40

student0618 发表于 2025-4-17 20:55
确定这粗粒化的膜可以跟全原子力场混用吗？？

那请问粗粒化就是只能整个体系都粗粒化吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-17 21:50

YuniJ 发表于 2025-4-17 21:40
那请问粗粒化就是只能整个体系都粗粒化吗？

一般体系，尤其是重视分子间特定相互作用最好用全原子力场，也更省事。

Mixed resolution model如PACE (联合原子加粗粒化环境)是要按体系另外优化各种参数的。

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-4-17 22:17

student0618 发表于 2025-4-17 21:50
一般体系，尤其是重视分子间特定相互作用最好用全原子力场，也更省事。

Mixed resolution model如PACE ...

如果我想看膜和蛋白质之间的相互作用呢？或者说蛋白质的穿膜问题

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-18 05:54

YuniJ 发表于 2025-4-17 22:17
如果我想看膜和蛋白质之间的相互作用呢？或者说蛋白质的穿膜问题

但凡用得动全原子力场跑，一律用全原子力场，省得瞎折腾
如今用像样的GPU全原子结合gromacs跑这种体系根本不是难事，根本没必要花精力鼓捣粗粒化，最后还可能被审稿人质疑、重算。诸如AMBER14SB蛋白质力场+Slipids或Lipid磷脂力场都是很常用的全原子跑膜蛋白的选择，尽量用成熟的组合。倘若非要进一步节约时间，也可以联合原子力场，诸如GROMOS54A8描述蛋白质结合Kukol或Poger力场描述磷脂。

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