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标题: 关于如何用gmx pdbgmx对含有蛋白质和RNA的结构生成一个拓扑文件 [打印本页]

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Author: ZihanJin 时间: 2025-4-17 19:32
标题: 关于如何用gmx pdbgmx对含有蛋白质和RNA的结构生成一个拓扑文件
各位老师好，在对含有蛋白质和RNA的pdb文件，用gmx pdbgmx生成top文件时出现了如下报错，请问各位老师如何解决这一问题？烦请指教，谢谢。后续想模拟蛋白质和RNA的复合结构去结合DNA链的过程，所以现在生成了同时包含蛋白质和RNA的pdb文件。
Fatal error:The residues in the chain MET1--G1545 do not have a consistent type. The first residue has type 'Protein', while residue U1501 is of type 'RNA'. Either there is a mistake in your chain, or it includes nonstandard residue names that have not yet been added to the residuetypes.dat file in the GROMACS library directory. If there are other molecules such as ligands, they should not have the same chain ID as the adjacent protein chain since it's a separate molecule.

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-18 05:59
上传pdb文件便于别人准确判断
如果蛋白质和RNA的链名相同，手动改成不同

作者
Author: ZihanJin 时间: 2025-4-22 23:31
本帖最后由 ZihanJin 于 2025-4-22 23:33 编辑

感谢老师的回复，我的蛋白和RNA链分别是A链和B链仍然会报同样的错，请问是需要分别生成top文件再合并吗？还想请教一下老师蛋白RNA复合物去结合DNA链，是把DNA链当做配体吗？由于文件过大，我截取了部分上传

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 15:13

ZihanJin 发表于 2025-4-22 23:31
感谢老师的回复，我的蛋白和RNA链分别是A链和B链仍然会报同样的错，请问是需要分别生成top文件再合并吗？还 ...

如果你实在解决不了，分别生成再合并拓扑文件完全可以

创建拓扑文件时没有严格意义的主体客体之分，在拓扑文件的层面所有分子都是地位等同的

作者
Author: ZihanJin 时间: 2025-4-23 20:48

sobereva 发表于 2025-4-23 15:13
如果你实在解决不了，分别生成再合并拓扑文件完全可以

创建拓扑文件时没有严格意义的主体客体之分，在 ...

好的感谢老师，请问最后能计算蛋白和RNA链复合物对DNA链的亲和力大小吗，还是只能计算单个蛋白对核酸链的亲和力

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 21:35

ZihanJin 发表于 2025-4-23 20:48
好的感谢老师，请问最后能计算蛋白和RNA链复合物对DNA链的亲和力大小吗，还是只能计算单个蛋白对核酸链的 ...

可以

作者
Author: ZihanJin 时间: 2025-4-23 23:41

sobereva 发表于 2025-4-23 21:35
可以

老师，我不是很理解，将他们分别生成再合并拓扑文件，最后蛋白、RNA、DNA应该是平行的三个部分，为什么蛋白和RNA可以形成复合物，这样看好像只能算单一蛋白对不同链的亲和力

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-24 18:24

ZihanJin 发表于 2025-4-23 23:41
老师，我不是很理解，将他们分别生成再合并拓扑文件，最后蛋白、RNA、DNA应该是平行的三个部分，为什么蛋 ...

蛋白+RNA当成同一个组看待就完了

作者
Author: ZihanJin 时间: 2025-4-24 20:08
老师，请问是在gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx这一步指令的时候将蛋白+RNA划分为同一组吗

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