计算化学公社
标题:
在水溶液下优化[Pb(OH)3]-离子无法得到理想的结构
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作者Author:
FainCauchy
时间:
2025-4-17 20:55
标题:
在水溶液下优化[Pb(OH)3]-离子无法得到理想的结构
本帖最后由 FainCauchy 于 2025-4-17 20:58 编辑
学生想要计算有[Pb(OH)3]-离子参与的反应的吉布斯自由能,但在结构优化步骤出现了许多错误,故而寻求各位老师帮助,学生不胜感激。具体问题描述为:
<1>参数选择
软件使用了Windows下的高斯16A0.3。使用DFT->B3LYP,D3BJ矫正。考虑到所计算的为阴离子,因此对O元素施加了弥散函数(参考了
谈谈弥散函数和“月份”基组
),O元素基组选择为ma-svp(参考了
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素)
中顺铂的例子。学生是初学者,因此完全仿照了例子中的选择)。由于Pb元素为Pb2+离子,因此没有施加弥散函数,使用了def2svp。为了防止不收敛,添加了关键词:SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12(参考了
解决SCF不收敛问题的方法
)
以文献(
Dalton Trans., 2014,43, 17539-17543
,Pb:B3LYP/SDD,其他元素:B3LYP/6-31+G**)对该离子的优化结果为依据建模作为输入结构。
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<2>主要问题
按照<1>中参数设置进行计算,得到的结果如下图所示
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震动分析中出现了大量虚频,大小都有,动画表现上看是H原子引起的。
<3>进行的尝试
(1)以不加弥散函数,带溶剂的计算结果作为初猜
结果:不添加弥散函数的情况下(全部使用def2svp)得到了合理的结构,类似输入和文献中。但在以该结果作为初猜,加上弥散函数的条件下,和直接计算得到的结果几乎一致。
(2)以气相下,加弥散函数的计算结果作为初猜
结果:第一步计算得到的结果虽然收敛了,但是其结构十分诡异,因此终止了,如下图
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(3) 将O元素所使用的ma-svp更换为文献中的6-31+G**
结果:L9999,查看输出文件说超出步骤次数(参考了
Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
)
(4)其余尝试如轻微扰动再次优化、更换溶剂模型、D3BJ改为B3等
结果:和(3)中结果一样,没有实现收敛。
我的输入文件结构基本为:
---开始---
···省略···
# opt=calcfc freq b3lyp/genecp scrf(solvent=water) em=gd3bj int=ultrafine SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
[空行]
title
[空行]
-1 1
···元素坐标省略···
[空行]
···从《
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素)
》文中获取的ma-svp中对O元素的定义···
****
Pb 0
def2svp
****
[空行]
Pb 0
def2ecp
[空行]
---结束---
学生刚开始学习模拟计算,并且不是模拟类研究方向,对基础理论知之甚少。看了sob老师的《
谈谈学量子化学如何正确地入门
》后决定边用边学,如有错误,还请各位老师严厉指正。学生学习的目的是为了指导试验或解释实验现象,因此希望能尽量获得化学意义高的计算结果。希望各位老师能够不吝赐教,感谢。
作者Author:
ultramanm87
时间:
2025-4-18 05:09
除了收敛和虚频的问题,优化铅离子complexs要注意基组和赝势,不同的赝势和基组会优化成不同的构型
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(
https://doi.org/10.1021/ic800750g
)。这些构型实际上也都是存在的
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。
作者Author:
18217265596
时间:
2025-4-18 14:37
Pb我懂得不多 但你这个例子只有三配位吗? 没有水配位
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