计算化学公社

标题: QE产生的cube文件如何在vmd中绘制电荷密度图 [打印本页]

作者
Author: spinel 时间: 2025-4-22 15:53
标题: QE产生的cube文件如何在vmd中绘制电荷密度图
请问各位老师，我使用Quantum Espresso对Si做了自洽计算，然后生成了cub文件，我想参考sob老师的博文（在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元）绘制电荷密度图，但是角落和边界处的Si原子都无法正常显示，请问如何解决这个问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 11:22
解决方法：把cube文件载入Multiwfn，把格点数据的盒子定义成晶胞，然后给晶胞加上边缘原子，之后导出新的cube文件。
具体操作：启动Multiwfn（必须是2025-4-23及以后的版本），载入cube文件，然后依次输入
1000
18
300
7
27
-10
0
13
0
new.cub
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: spinel 时间: 2025-4-23 12:15

sobereva 发表于 2025-4-23 11:22
解决方法：把cube文件载入Multiwfn，把格点数据的盒子定义成晶胞，然后给晶胞加上边缘原子，之后导出新的cu ...

感谢sob老师，根据您的建议，已经完美复现

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