计算化学公社

标题: gmx_mmpbsa计算结合能，结果为正值 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2025-4-23 15:04
标题: gmx_mmpbsa计算结合能，结果为正值
使用gmx_mmpbsa计算结合能，结果是正值，请问老师是我计算出问题了嘛，正常不应该结合释放能量
(, 下载次数 Times of downloads: 20) 以下是mmpbsa.in文件，选用gb模型计算

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

以下是模拟的结果图，模拟较为平稳
(, 下载次数 Times of downloads: 14)
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-5-19 09:09
请问问题解决了吗？

作者
Author: jackshoulder 时间: 2025-5-19 10:48
如果你还没有解决的话，你可以把详细的文件贴到文件贴上来，或者参考我的一篇帖子试试，里边提供了相应的mmpbsa.in文件，你按照我帖子你的方法再试试。http://bbs.keinsci.com/thread-53483-1-1.html

作者
Author: lxhpdx 时间: 2025-5-19 22:36

jackshoulder 发表于 2025-5-19 10:48
如果你还没有解决的话，你可以把详细的文件贴到文件贴上来，或者参考我的一篇帖子试试，里边提供了相应的mm ...

分组错了，受体组少了两个阳离子。
做模拟的时候能不能直接消除平动和转动呢？
这样是不是可以直接mmpbsa了呢

作者
Author: jackshoulder 时间: 2025-5-20 14:39

lxhpdx 发表于 2025-5-19 22:36
分组错了，受体组少了两个阳离子。
做模拟的时候能不能直接消除平动和转动呢？
这样是不是可以直接mmpb ...

如果那两个阳离子在你的体系中很重要，参与了受体与配体的相互作用，推荐你还是将其建立到index中，如果你还是只需要考虑蛋白和小分子，那么index中只需要你的蛋白-小分子的索引就可以了

作者
Author: hugromacs 时间: 3 day ago

lxhpdx 发表于 2025-5-19 22:36
分组错了，受体组少了两个阳离子。
做模拟的时候能不能直接消除平动和转动呢？
这样是不是可以直接mmpb ...

我也是EEL变为一个正数了，想问一下这个分组少了两个阳离子是什么意思呢，求救求救

作者
Author: HNUST 时间: 3 day ago

hugromacs 发表于 2025-8-9 17:26
我也是EEL变为一个正数了，想问一下这个分组少了两个阳离子是什么意思呢，求救求救

可能是金属酶

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