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标题: AMBER关于residue的处理以及设置约束 [打印本页]

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-14 17:17
标题: AMBER关于residue的处理以及设置约束
各位AMBER专家：
   向你们请教一下关于amber的两个问题，手册上一直没有找到：
   (1). 我的pdb是自己创建的，我load结构的时候，amber总是会把这两个residue整到一块，会报这个warning：
   Loading PDB file: ./crown.pdb
   Warning: name change in pdb file residue 1 ;
   this residue is split into FEO and CRO.
   1 residues had naming warnings.
   There are split residues;
   residue sequence numbers will not correspond to those in the pdb.
   total atoms in file: 49

   我的PDB是：
ATOM    1 Fe FEO  X 1    0.000 0.000 0.000  1.00  9.59       Fe
ATOM    2 C1 CRO X 1    2.465 2.838 0.266  1.00 13.46       C
ATOM    3 C2 CRO X 1    1.225 3.554  -0.266  1.00 12.56       C
ATOM    4 C3 CRO X 1    -2.465 2.838 0.266  1.00 12.21       C
ATOM    5 C4 CRO X 1    -1.225 3.554  -0.266  1.00 11.05       C
ATOM    6 C5 CRO X 1    -3.691  -0.715  -0.266  1.00 13.31       C
ATOM    7 C6 CRO X 1    -3.691 0.715 0.266  1.00 15.73       C
ATOM    8 C7 CRO X 1    3.691 0.715 0.266  1.00 16.66       C
ATOM    9 C8 CRO X 1    3.691  -0.715  -0.266  1.00 22.36       C
ATOM    10 C9 CRO X 1    2.465  -2.838  -0.266  1.00  8.73       C
ATOM    11 C10  CRO X 1    1.225  -3.554 0.266  1.00 10.41       C
ATOM    12 C11  CRO X 1    -1.225  -3.554 0.266  1.00 10.22       C
ATOM    13 C12  CRO X 1    -2.465  -2.838  -0.266  1.00 11.57       C
ATOM    14 H1 CRO X 1    3.360 3.314  -0.164  1.00 10.70       H
ATOM    15 H2 CRO X 1    2.519 2.967 1.367  1.00 16.07       H
ATOM    16 H3 CRO X 1    1.190 4.567 0.164  1.00 21.44       H
ATOM    17 H4 CRO X 1    1.310 3.666  -1.367  1.00 18.98       H
ATOM    18 H5 CRO X 1    -3.360 3.314  -0.164  1.00 31.59       H
ATOM    19 H6 CRO X 1    -2.519 2.967 1.367  1.00  8.21       H
ATOM    20 H7 CRO X 1    -1.310 3.666  -1.367  1.00  6.24       H
ATOM    21 H8 CRO X 1    -1.190 4.567 0.164  1.00  6.93       H
ATOM    22 H9 CRO X 1    -4.550  -1.252 0.164  1.00  9.88       H
ATOM    23 H10  CRO X 1    -3.830  -0.698  -1.367  1.00  7.41       H
ATOM    24 H11  CRO X 1    -3.830 0.698 1.367  1.00  9.37       H
ATOM    25 H12  CRO X 1    -4.550 1.252  -0.164  1.00 11.06       H
ATOM    26 H13  CRO X 1    4.550 1.252  -0.164  1.00  6.15       H
ATOM    27 H14  CRO X 1    3.830 0.698 1.367  1.00  4.79       H
ATOM    28 H15  CRO X 1    4.550  -1.252 0.164  1.00  7.04       H
ATOM    29 H16  CRO X 1    3.830  -0.698  -1.367  1.00  7.45       H
ATOM    30 H17  CRO X 1    3.360  -3.314 0.164  1.00  7.98       H
ATOM    31 H18  CRO X 1    2.519  -2.967  -1.367  1.00 15.61       H
ATOM    32 H19  CRO X 1    1.310  -3.666 1.367  1.00 20.68       H
ATOM    33 H20  CRO X 1    1.190  -4.567  -0.164  1.00 14.59       H
ATOM    34 H21  CRO X 1    -1.190  -4.567  -0.164  1.00  7.25       H
ATOM    35 H22  CRO X 1    -1.310  -3.666 1.367  1.00  5.57       H
ATOM    36 H23  CRO X 1    -2.519  -2.967  -1.367  1.00  7.41       H
ATOM    37 H24  CRO X 1    -3.360  -3.314 0.164  1.00  6.33       H
ATOM    38 NH1  CRO X 1    -2.463 1.422  -0.121  1.00  9.24       N
ATOM    39 HN1  CRO X 1    -1.706 0.985 0.415  1.00 11.82       H
ATOM    40 NH2  CRO X 1    -0.000 2.844 0.121  1.00 15.31       N
ATOM    41 HN2  CRO X 1    -0.000 1.971  -0.415  1.00 13.28       H
ATOM    42 NH3  CRO X 1    2.463 1.422  -0.121  1.00  6.25       N
ATOM    43 HN3  CRO X 1    1.706 0.985 0.415  1.00  5.18       H
ATOM    44 NH4  CRO X 1    2.463  -1.422 0.121  1.00  7.71       N
ATOM    45 HN4  CRO X 1    1.706  -0.985  -0.415  1.00  8.73       H
ATOM    46 NH5  CRO X 1    -0.000  -2.844  -0.121  1.00  7.25       N
ATOM    47 HN5  CRO X 1    -0.000  -1.971 0.415  1.00  6.54       H
ATOM    48 NH6  CRO X 1    -2.463  -1.422 0.121  1.00  6.29       N
ATOM    49 HN6  CRO X 1    -1.706  -0.985  -0.415  1.00  7.02       H
   实际上我就是想把这两个分开，现在amber默认两个为一个residue CRO了，而我为每个residue专门创建了lib和frcmod，最终导出top的时候也没有报错。如果amber认为这两个是同一个 residue后，对于CRO，它的lib里面是没有Fe的信息的。
   (2). AMBER里面如何设置约束，我看了手册，restraintmask定义约束区域：
   restraintmask=’:1-5’，这个就是定义第1个到第5个residue的所有原子为约束的，如果只是想定义第一个residue的2-8号原子，第5个residue的4-16号原子。该怎么写？
   谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-14 19:08
把pdb里面残基号分别改成1和2再试

:是指定残基号的，你可以用@来直接指定原子号，比如@1,2,5

作者
Author: therotyonth 时间: 2017-3-14 21:50
关于第一个问题是因为你没有使用TER将两个分子隔开，只要没有通过TER隔开的默认都是连接！在两个分子之间直接使用一行“TER”。

作者
Author: therotyonth 时间: 2017-3-14 21:53
关于第二个问题，原子约束条件的问题，直接使用@后面跟原子序号，如果第一个residue的2-8号原子序号为25-31，第5个residue的4-16号原子序号为50-62，则设置为"@25-31,50-62 "，原子序号一定要和tleap保存的pdb文件里面对应的原子序号相同。

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-14 21:54

therotyonth 发表于 2017-3-14 21:50
关于第一个问题是因为你没有使用TER将两个分子隔开，只要没有通过TER隔开的默认都是连接！在两个分子之间直 ...

谢谢你，我用packmol做的话，可以自动加入TER么

作者
Author: therotyonth 时间: 2017-3-27 10:46

kjxwl3 发表于 2017-3-14 21:54
谢谢你，我用packmol做的话，可以自动加入TER么

packmol我没有使用过，不太清楚。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-27 19:09

kjxwl3 发表于 2017-3-14 21:54
谢谢你，我用packmol做的话，可以自动加入TER么

用add_amber_ter关键词可实现

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