一个自动做批量构象搜索的脚本(调用xtb、crest结合Molclus中的isostat) - 计算化学公社

#!/bin/bash
set -euo pipefail
# 检查输入参数
if [ $# -ne 1 ]; then
echo "用法: $0 <xyz文件>"
echo "示例: $0 molecule.xyz"
exit 1
fi
xyz_file=$1
inp_file="md.inp" # 自动使用当前目录下的md.inp文件
# 检查文件是否存在
if [ ! -f "$xyz_file" ]; then
echo "错误: XYZ文件 $xyz_file 不存在"
exit 1
fi
if [ ! -f "$inp_file" ]; then
echo "错误: INP文件 $inp_file 不存在"
exit 1
fi
# 从xyz文件名提取基础名称(不含扩展名)
filename=$(basename "$xyz_file" .xyz)
md_dir="md_${filename}"
# 创建目录(如果不存在)
mkdir -p "$md_dir"
echo "开始执行xtb动力学模拟..."
echo "使用文件: $xyz_file 和 $inp_file"
echo "结果将保存在目录: $md_dir"
# 进入目录执行xtb
(
cd "$md_dir" || exit
xtb "../$xyz_file" --input "../$inp_file" --omd --gfnff
)
echo "模拟完成！结果保存在${md_dir}目录"
# 复制轨迹文件并创建opt目录
opt1_dir="opt1_${filename}"
mkdir -p "$opt1_dir"
mdtraj_file="mdtraj_${filename}.xyz"
# 复制并重命名轨迹文件
cp "${md_dir}/xtb.trj" "${opt1_dir}/${mdtraj_file}"
echo "开始执行CREST进行结构优化..."
echo "使用轨迹文件: ${mdtraj_file}"
# 在opt1目录中执行crest
(
cd "$opt1_dir" || exit
crest -mdopt "$mdtraj_file" -gfnff -opt normal -niceprint
)
echo "CREST第一次批量优化计算完成！结果保存在 ${opt1_dir} 目录"
# 复制crest_ensemble.xyz并重命名
cp "${opt1_dir}/crest_ensemble.xyz" "./isomers.xyz"
echo "开始使用isostat进行构象去重..."
echo "交互输入顺序: 1.回车 2.0.5 3.0.5 4.回车"
# 使用here document进行交互式输入
./isostat <<EOF
0.5
0.5
EOF
echo "isostat第一次去重完成！"
# 移动isomers.xyz到opt1目录
mv "./isomers.xyz" "${opt1_dir}/isomers.xyz"
# 重命名cluster.xyz并创建opt2目录
cluster0_file="cluster0_${filename}.xyz"
opt2_dir="opt2_${filename}"
mkdir -p "$opt2_dir"
# 移动重命名后的cluster文件到opt2目录
mv "./cluster.xyz" "${opt2_dir}/${cluster0_file}"
echo "开始执行CREST第二次优化计算..."
echo "使用文件: ${cluster0_file}"
# 在opt2目录中执行crest
(
cd "$opt2_dir" || exit
crest -mdopt "$cluster0_file" -gfn2 -opt normal -g h2o -niceprint
)
echo "CREST第二次优化计算完成！结果保存在 ${opt2_dir} 目录"
# 第二次去重操作
# 复制crest_ensemble.xyz并重命名
cp "${opt2_dir}/crest_ensemble.xyz" "./isomers.xyz"
echo "开始使用isostat进行第二次构象去重..."
echo "交互输入顺序: 1.回车 2.0.5 3.0.5 4.回车"
# 使用here document进行交互式输入
./isostat <<EOF
0.5
0.5
298.15
EOF
echo "isostat第二次去重完成！"
# 移动isomers.xyz到opt2目录
mv "./isomers.xyz" "${opt2_dir}/isomers.xyz"
# 重命名cluster.xyz
cluster_file="cluster_${filename}.xyz"
mv "./cluster.xyz" "./${cluster_file}"
echo "最终构象结果保存在: ${cluster_file}"

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#!/bin/bash
set -euo pipefail
# 检查输入参数
if [ $# -ne 1 ]; then
echo "用法: $0 <xyz文件夹>"
echo "示例: $0 xyz_files"
exit 1
fi
xyz_dir=$1
inp_file="md.inp" # 自动使用当前目录下的md.inp文件
# 检查文件夹是否存在
if [ ! -d "$xyz_dir" ]; then
echo "错误: XYZ文件夹 $xyz_dir 不存在"
exit 1
fi
if [ ! -f "$inp_file" ]; then
echo "错误: INP文件 $inp_file 不存在"
exit 1
fi
# 创建主输出目录
mkdir -p md opt1 opt2 results
# 遍历xyz文件夹中的所有.xyz文件
for xyz_file in "$xyz_dir"/*.xyz; do
# 从xyz文件名提取基础名称(不含扩展名)
filename=$(basename "$xyz_file" .xyz)
echo "开始处理文件: $xyz_file"
# 创建各阶段目录
md_subdir="md/md_${filename}"
opt1_subdir="opt1/opt1_${filename}"
opt2_subdir="opt2/opt2_${filename}"
mkdir -p "$md_subdir" "$opt1_subdir" "$opt2_subdir"
echo "开始执行xtb动力学模拟..."
echo "使用文件: $xyz_file 和 $inp_file"
echo "结果将保存在目录: $md_subdir" # 修改此处，将md_dir改为md_subdir
# 进入目录执行xtb
(
cd "$md_subdir" || exit
xtb "../../$xyz_file" --input "../../$inp_file" --omd --gfnff
)
# 复制轨迹文件
mdtraj_file="mdtraj_${filename}.xyz"
cp "${md_subdir}/xtb.trj" "${opt1_subdir}/${mdtraj_file}"
# 执行CREST第一次优化
(
cd "$opt1_subdir" || exit
crest -mdopt "$mdtraj_file" -gfnff -opt normal -niceprint
)
cp "${opt1_subdir}/crest_ensemble.xyz" "./isomers.xyz"
# 第一次isostat去重
./isostat <<EOF
0.5
0.5
EOF
mv "./isomers.xyz" "${opt1_subdir}/isomers.xyz"
cluster0_file="cluster0_${filename}.xyz"
mv "./cluster.xyz" "${opt2_subdir}/${cluster0_file}"
# 执行CREST第二次优化
(
cd "$opt2_subdir" || exit
crest -mdopt "$cluster0_file" -gfn2 -opt normal -g h2o -niceprint
)
# 第二次isostat去重
cp "${opt2_subdir}/crest_ensemble.xyz" "./isomers.xyz"
./isostat <<EOF
0.5
0.5
EOF
mv "./isomers.xyz" "${opt2_subdir}/isomers.xyz"
# 移动最终结果到results目录
cluster_file="results/cluster_${filename}.xyz"
mv "./cluster.xyz" "$cluster_file"
echo "文件 $xyz_file 处理完成！最终结果保存在: $cluster_file"
done
echo "所有文件处理完成！"

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