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标题: 新手求助gmx中关于rdf问题，后半程不趋于直线 [打印本页]

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-4-23 19:33
标题: 新手求助gmx中关于rdf问题，后半程不趋于直线
各位老师好，我的体系里只有50个相同分子（其他什么都没有，没有溶液），已经跑完md，我的分子有两个端基，我将两个端基分别命名为ResA和ResB生成了A和B的index，已进行轨迹矫正gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o mdnoPBC.xtc -pbc mol -center，然后我进行了gmx rdf -f mdnoPBC.xtc -s md.tpr -n index.ndx -ref "ResA" -sel "ResB" -seltype res_cog -o AB_rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -b 2000 -e 10000，绘制ABrdf曲线时发现后半程不趋于直线，我看很多论文都是后面趋于直线，各位老师我这是哪一步做的有问题吗，希望各位老师能给予指导万分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 21:16
从rdf的定义结合体系的实际结构上理解rdf曲线
你的孤立团簇大概率本来就该这样。和均相液体情况没有可比性。

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