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标题: Sobtop读取.mol2文件失败 [打印本页]

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-4-24 10:23
标题: Sobtop读取.mol2文件失败
各位老师好，
   我用Sobtop读取.mol2文件报错（Sobtop版本为：Version 1.0(dev3.2)  First release: 2024-Feb-17）：

forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image             PC             Routine          Line       Source
sobtop          000000000126BD1B  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000001291CEE  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000001290A15  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          000000000042852E  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          000000000042294A  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000000422322  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.28.so    0000146697BEBCA3  __libc_start_main    Unknown  Unknown
sobtop          0000000000422229  Unknown             Unknown  Unknown
请问该怎么解决

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-24 23:19
@<TRIPOS>BOND字段有诸如34 20 52 Wk这样的行，代表第34个键是20-52之间的Weak（Wk）作用，这是sobtop不支持的，如果20-52确实是弱相互作用，把这行删掉，而如果是共价键，则把Wk改成实际的形式键级（如1代表单键）。

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-4-25 09:32

sobereva 发表于 2025-4-24 23:19
@BOND字段有诸如34 20 52 Wk这样的行，代表第34个键是20-52之间的Weak（Wk）作用，这是sobtop不支持的，如 ...

感谢卢老师！

作者
Author: ZiyuSong 时间: 2026-5-4 06:42
本帖最后由 ZiyuSong 于 2026-5-4 07:07 编辑

sobereva 发表于 2025-4-24 23:19
@BOND字段有诸如34 20 52 Wk这样的行，代表第34个键是20-52之间的Weak（Wk）作用，这是sobtop不支持的，如 ...

已经解决了！！！感谢！！！

请问卢老师，遇到了类似的如下错误该如何解决，生成这个.mol2 file的.fchk可以正常被multiwfn识别并计算
“ Loading atom information and connectivity from .mol2 file...
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 10, file /sobtop_2026.1.16/ALI_opt.mol2
Image             PC             Routine          Line       Source
sobtop          000000000126BF1B  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000001297B58  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          00000000004283AE  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          000000000042294A  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000000422322  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       000014FA92C2A1CA  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       000014FA92C2A28B  __libc_start_main    Unknown  Unknown
sobtop          0000000000422229  Unknown             Unknown  Unknown
”

作者
Author: Einsane 时间: 2026-5-9 17:38
本帖最后由 Einsane 于 2026-5-9 17:40 编辑

sobereva 发表于 2025-4-24 23:19
@BOND字段有诸如34 20 52 Wk这样的行，代表第34个键是20-52之间的Weak（Wk）作用，这是sobtop不支持的，如 ...

老师我的模型是ATP和MG离子高斯优化后是想MG和ATP中的O形成配位键结果是ATP中的O和MG是WK作用我是删掉WK这行还是将WK改成1代表单键

作者
Author: sobereva 时间: 2026-5-9 20:04

Einsane 发表于 2026-5-9 17:38
老师我的模型是ATP和MG离子高斯优化后是想MG和ATP中的O形成配位键结果是ATP中的O和MG是WK作用我是删 ...

这种离子键的情况，sobtop只应当被用于产生阴离子部分的拓扑信息，因此对于sobtop来说根本没有ATP和Mg之间的作用的事

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