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标题: CI-NEB搜索过渡态某band不收敛,且警告:WARNING in pw/ps_wavelet_methods [打印本页]

作者
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aipacino    时间: 2025-4-24 11:21
标题: CI-NEB搜索过渡态某band不收敛,且警告:WARNING in pw/ps_wavelet_methods
各位老师好:
我在用cp2k计算Menschutkin反应过渡态时一直出现警告:WARNING in pw/ps_wavelet_methods.F:238 :: Density non-zero on the edges of the unit cell: wrong results in WAVELET solver,运行到第二步时某一个band一直不收敛,其他都收敛了。且在最开始时出现WARNING in qs_initial_guess.F:306 :: User requested to restart the wavefunction from the file named: menschutkin-RESTART.wfn. This file does not exist. Please check the existence of the file or change properly the value of the keyword WFN_RESTART_FILE_NAME. Calculation ontinues using ATOMIC GUESS.
搜索相关内容说是盒子太小,可是盒子已经比坐标大一个数量级了。
还想请教一下这种有机体系的反应在inp文件中用周期性边界还是非周期性边界?目前只是孤立的分子,如果以后想加入显式溶剂的话,是周期性还是非周期性?
以下是我的反应物、过渡态和产物结构,用sobNEB产生一共9个点运行
里面的&COORD字段用哪个结构的坐标?


作者
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Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-4-24 11:31
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-4-24 13:01 编辑

这种孤立小分子体系的反应过渡态不适合用CP2K算,直接Gaussian的opt(ts)不好么,实在要CI-NEB或者想用学术免费软件也可以上ORCA啊。孤立体系和周期性体系在杂化泛函的使用上差别明显,特别是CP2K还有http://sobereva.com/690的一大堆讲究,不宜乱尝试。

摆个好点的初猜大概率不用CI-NEB也能找到过渡态,而现在TS3.xyz一点都不像SN2取代反应的过渡态。

编辑:即使是要考虑显式溶剂分子,也可以取出反应物和若干溶剂分子组成的团簇当孤立体系处理。

作者
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sobereva    时间: 2025-4-24 23:08
&COORD字段只需要原子顺序正确,根本不看其坐标




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