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标题: 用VESTA观看cp2k计算的振动模式的脚本 [打印本页]

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Author: zzssxx 时间: 2025-4-24 18:41
标题: 用VESTA观看cp2k计算的振动模式的脚本
sob老师的MfakeG（http://sobereva.com/656）可以将cp2k的振动模式转化为GaussView可看的模式，但对于比较大的周期性体系，虽然可以用GaussView观看振动模式，但作图效果可能不够理想。

https://github.com/Stanford-MCTG/VASP-plot-modes提供了一个将VASP的振动模式转化为.vesta格式的脚本，我把这个脚本和@北大-陶豫师兄的从cp2k拉曼计算的.out和.mol文件中读取振动信息的脚本结合起来，用于将cp2k的振动模式转化为.vesta文件，从而实现比较好的作图效果。

输入文件为：cp2k振动分析产生.out和.mol文件，以及vesta模板文件template.vesta（将结构用VESTA打开，保存为.vesta文件即可，注意原子顺序需要和cp2k计算的结构的原子顺序一致）
输出文件为：mode_第几个模式_频率.vseta文件，将该文件用VESTA打开，振动方向用箭头显示，箭头的长短表示振幅，不过不能动
脚本中保留了读取红外、拉曼活性的部分，这样方便通过对mask_mode函数进行修改，从而选择特定模式进行观看

效果如下, 这里只用了CsPbI3的原胞作为示意，实际计算需要建立超胞。
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

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Author: 北大-陶豫 时间: 2025-4-24 20:14
很棒的脚本！感觉这个脚本值一个威望

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Author: 轻舟~ 时间: 2025-4-30 12:39
想问一下这个脚本只能在LInux系统上用吗？我用vccode运行这个脚本，显示'"ls *.mol"' 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件“，Windows上是用不了嘛？

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Author: 北大-陶豫 时间: 2025-10-18 20:31

轻舟~ 发表于 2025-4-30 12:39
想问一下这个脚本只能在LInux系统上用吗？我用vccode运行这个脚本，显示'"ls *.mol"' 不是内部或外部命令， ...

应该是的，ls（列出当前文件夹下所有文件和文件夹）这个命令一般只能在linux上使用，不能在Windows使用、

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-10-19 13:40

北大-陶豫发表于 2025-10-18 20:31
应该是的，ls（列出当前文件夹下所有文件和文件夹）这个命令一般只能在linux上使用，不能在Windows使用、

这种未声明操作系统依赖不是什么好特性，比明面上的故障还糟。我暂时找不到对应的帖子，您原始的“从cp2k拉曼计算的.out和.mol文件中读取振动信息的脚本”就存在么？

楼主这个python脚本先是import subprocess as sp然后用了14次sp.check_output()函数来执行ls, grep, cat, head, tail等linux指令，有一种不知glob库和re库为何物的感觉。

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