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标题: 如何在molcas输入里加入外部基组 [打印本页]

作者
Author: lwang 时间: 2025-4-25 15:39
标题: 如何在molcas输入里加入外部基组
各位老师，我在molcas输入里面想要加入自己想要的集群，但是它显示了一些错误。那么我该如何在molcas的输入里面，加入自己想要的基组。
我的输入如下：
&GATEWAY
Expert
Basis set
H    / inline
   1.00 1
* S-type functions
   5 3
            1.301000E+01
            1.962000E+00
            4.446000E-01
            1.220000E-01
            0.0297400
   1.968500E-02          0.000000E+00          0.00000000
   1.379770E-01          0.000000E+00          0.00000000
   4.781480E-01          0.000000E+00          0.00000000
   5.012400E-01          1.000000E+00          0.00000000
   0.00000000          0.00000000          1.0000000
* P-type functions
   2 2
            7.270000E-01
            0.1410000
   1.0000000             0.00000000
   0.00000000          1.0000000
H1                0.39901125 0.24970333 0.00000000/Angstrom
H2                -0.88144333 1.15463916 0.00000000/Angstrom
End of basis set
Basis set
O    / inline
   8.00 2
* S-type functions
10 4
            1.172000E+04
            1.759000E+03
            4.008000E+02
            1.137000E+02
            3.703000E+01
            1.327000E+01
            5.025000E+00
            1.013000E+00
            3.023000E-01
            0.0789600
   7.100000E-04       -1.600000E-04          0.000000E+00          0.00000000
   5.470000E-03       -1.263000E-03          0.000000E+00          0.00000000
   2.783700E-02       -6.267000E-03          0.000000E+00          0.00000000
   1.048000E-01       -2.571600E-02          0.000000E+00          0.00000000
   2.830620E-01       -7.092400E-02          0.000000E+00          0.00000000
   4.487190E-01       -1.654110E-01          0.000000E+00          0.00000000
   2.709520E-01       -1.169550E-01          0.000000E+00          0.00000000
   1.545800E-02          5.573680E-01          0.000000E+00          0.00000000
   -2.585000E-03          5.727590E-01          1.000000E+00          0.00000000
   0.00000000          0.00000000          0.00000000          1.0000000
* P-type functions
   5 3
            1.770000E+01
            3.854000E+00
            1.046000E+00
            2.753000E-01
            0.0685600
   4.301800E-02          0.000000E+00          0.00000000
   2.289130E-01          0.000000E+00          0.00000000
   5.087280E-01          0.000000E+00          0.00000000
   4.605310E-01          1.000000E+00          0.00000000
   0.00000000          0.00000000          1.0000000
* D-type functions
   2 2
            1.185000E+00
            0.3320000
   1.0000000             0.00000000
   0.00000000          1.0000000
O1                -0.56098875 0.24970333 0.00000000/Angstrom
End of basis set
RICD
>>> EXPORT MOLCAS_MAXITER = 500
&SEWARD
&RASSCF
Charge = 0
spin=1
nActEl=1 0 0
Ras2=1
ciroot =1 1 1

我的部分输出如下：
Basis Set    1 Label: H
Basis set is read from library:INLINE
>>>>> Input file for module GATEWAY  <<<<<
Expert
Basis set
H    / inline
1.00 1
5 3
1.301000E+01
1.962000E+00
4.446000E-01
****** Error  *******
1.220000E-01

###############################################################################
###############################################################################
###                                                                      ###
###                                                                      ###
### ERROR: Error in FindErrorLine                                     ###
###                                                                      ###
###                                                                      ###
###############################################################################
###############################################################################

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-4-25 16:02
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-4-25 16:14 编辑

建议使用MOKIT中的fch2inporb小程序方便快捷实现目的。例如下方是一个H2O分子RHF/cc-pVDZ计算的gjf文件

%chk=h2o.chk
%mem=6GB
%nprocshared=4
#p RHF/cc-pVDZ nosymm int=nobasistransform
title
0 1
H 0.39901125 0.24970333 0.0
H -0.88144333 1.15463916 0.0
O -0.56098875 0.24970333 0.0

复制代码

提交Gaussian任务，几秒完成，然后运行

formchk h2o.chk h2o.fch
fch2inporb h2o.fch

复制代码

此举将产生h2o.input和h2o.INPORB两个文件，前者包含该分子的Cartesian坐标、基组数据和RHF关键词，后者包含转化后的RHF轨道数据。若想进一步验证生成的文件是否合理，可以直接提交OpenMolcas任务，例如这是OpenMP并行版OpenMolcas提交命令

export MOLCAS_MEM=4Gb
export MOLCAS_NPROCS=1
export OMP_NUM_THREADS=6
pymolcas -nt 4 h2o.input >h2o.out 2>&1

复制代码

几秒结束，打开h2o.out文件，可以看到SCF立即收敛，且初始能量与收敛能量没有差别

++ Convergence information
SCF iterations: Energy and convergence statistics
Iter Tot. SCF One-elec. Two-elec. Energy Max Dij or Max Fij DNorm TNorm AccCon Time
Energy Energy Energy Change Delta Norm in Sec.
1 -76.025888237 -123.099533762 37.916529491 0.00E+00 5.92E-09 2.20E-09 3.51E+00 3.59E+01 None 0.
2 -76.025888237 -123.099533752 37.916529481 1.42E-14* 5.53E-09 7.38E-11 1.61E-08 3.59E+01 EDIIS 0.
3 -76.025888237 -123.099533752 37.916529481 -2.84E-14 1.94E-09 6.80E-10 8.54E-09 3.59E+01 c2DIIS 0.
Convergence after 3 Macro Iterations

复制代码

若想实现更复杂的计算，打开h2o.input文件自己添加想要的内容即可，比如RICD之类的关键词。fch2inporb小程序可以用于传任何轨道，包括RHF/ROHF/UHF/CASSCF轨道等等，基组数据是顺便写好的；如果有用到赝势，赝势数据也会顺便写好，无需用户操心。

若您课题组没购买Gaussian使用版权，或出于某些原因不愿意使用Gaussian，也可以使用PySCF或ORCA做相应的HF计算，随后使用py2molcas模块或mkl2inporb小程序向OpenMolcas传轨道。教程见
《利用MOKIT从PySCF向其他量化程序传轨道》，《利用MOKIT从ORCA向其他量化程序传轨道》

若想进行CASSCF/cc-pVDZ单点计算，可直接使用MOKIT的automr自动进行多组态/多参考计算，无需手动传轨道、自定义基组数据这些繁琐步骤，例如

%mem=6GB
%nprocshared=4
#p CASSCF(4,4)/cc-pVDZ
mokit{CASSCF_prog=OpenMolcas}
0 1
H 0.39901125 0.24970333 0.0
H -0.88144333 1.15463916 0.0
O -0.56098875 0.24970333 0.0

复制代码

提交任务，运行

automr h2o.gjf >h2o.out 2>&1

复制代码

程序会调用Gaussian进行RHF/UHF计算，MOKIT进行轨道投影、轨道局域化、轨道配对，调用GAMESS进行GVB计算，选出重要的轨道，调用OpenMolcas进行CASSCF计算，全流程自动化。算出来CAS(4,4)包含2根O-H键的成键轨道和反键轨道。

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