公社群聊Q&A整理：2017.02.13 18 ~ 2017.02.18 06 Mark - 计算化学公社

2017.02.13 17:41:07
Q:
请教一下ewald summation和pme啥关系呢，还有和cutoff设定，cutoff后，超过距离的静电作用都忽略了吧
A:
PME是ewald更高效的变体。这两种方法会计算无穷远距离的静电作用，原理上cutoff只影响速度不影响精度。
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2017.02.13 21:03:02
Q:
[图片] 师兄，请问这个收敛值怎么不一样啊?[图片]不是说默认是7吗，这里怎么是6和5呀？
A:
0.1D-6显然就是1D-7
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2017.02.13 23:54:29
Q:
sob老师，请问使用multiwfn绘制coutour line map时，说明书中：Color, label size and line style of the
contour line can be adjusted by Option 16.,输入16也是可以用的，但是我看命令行窗口中没有16这个选项。请问这是为什么呢，有些命令是不显示的吗？
[图片]
A:
贴出完整操作过程，否则不好判断
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2017.02.14 00:02:45
Q:
看到了，严格遵守规章制度！[表情]
哦，知道了
今天刚开始学 Multiwfn，看了一上午资料，连 Multiwfn的界面都打不开
A:
先仔细看这个
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
界面怎么打不开，一双击就打开了
Q:
看过了，打开的黑屏
A:
这程序又不是全图形界面的
黑屏又不是死机、报错
至少先仔细看屏幕上的提示
Q:
/微笑，是的，输了几个还是没成功打开那个GUI界面
A:
按提示输入啊
手册第四章里将近一百个例子
最简单的看分子轨道，直接输入0就出现图形界面了
瞎输入显然什么也得不到
为什么我拒绝将Multiwfn做成全图形界面
http://sobereva.com/236
Q:
multiwfn的分子结构调整是有一定限制的吗？我想把两个分子调整到相同的取向，好像到一定程度就不行了
A:
用的哪个功能？
Q:
分析电子空穴
A:
electron-hole分析又不涉及到结构调整
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
我想一个分析多个态放在一起对比
一个分子
A:
如果你指的多个态的electron-hole图同时显示在一张图，那只能导出cube文件，在VMD里同时显示出来
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2017.02.14 00:09:08
Q:
请教一个问题：CCSD(T)是不是不能opt(addredundant)?
[图片]
[图片]
为什么去掉addredundant这个关键词就能正常计算，加上它就出错？
看到了想算CCSD(T)频率的勇士/阴险
这个基组估计要被吐槽。
A:
用CCSD足矣
必须吐槽
Q:
/抠鼻这就是那种哪儿都不舒服的输入文件
A:
就算cc-pVTZ用不起，那也不能低于TZVP。就如同DFT不能低于6-31G*
Q:
我知是随便写了个基组，就是想试试CCSD(T)后面为什么不能加redundant？
addredundant？
哪位大侠能告诉我为什么？
A:
程序限制
没有为什么
Q:
CCSD后面就可以用opt(addredundant)，CCSD(T)后面就不可以
A:
没解析梯度的方法特殊考虑
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2017.02.14 00:21:08
Q:
[图片] 老师，如果设置为CCSD(T，conv=6),Delta的收敛限会变为6，Norm of the A-vectors 的收敛限是否会相应做出改变？
老师，请问在单点计算中Norm of the A-vectors 是起什么作用呀？
A:
和判断波函数收敛有关
Q:
[图片] 老师，如果Delta达到了收敛限了，但是Norm of the A-vectors没有达到收敛线但是接近收敛线，这个结果还能否使用呀？
A:
能
Q:
老师，那如果Delta达到了收敛限了，但是Norm of the A-vectors没有达到收敛线且也不接近收敛线，这个结果还能否使用？
A:
只要你感兴趣的是能量，能量达到就够了
Q:
谢谢老师！/呲牙/呲牙十分感谢！！
[图片] 老师，在求教您一个问题，请问CCSD(T)的能量值怎么由图中这些数据推算出来呀？
A:
这里只有CCSD没收敛的能量，哪有CCSD(T)能量
Q:
老师，我刚才问的您，如果Delta达到了收敛限了，但是Norm of the A-vectors没有达到收敛线但是接近收敛线，这个结果还能否使用，您说的可以呀，所以我才又问是怎么推算出来的呀
A:
你要的就是能量，能量都充分收敛了，怎么就不能用？
Q:
[图片]正常结束的单点都是直接给出CCSD（T)的数值，但是因为这个没有正常结束所以没有直接给出，那怎样才能得到这个CCSD(T)的值呢？
A:
【传说】Sobereva(190258442) 16:58:33
这里只有CCSD没收敛的能量，哪有CCSD(T)能量
Q:
老师，我能用这个CCSD最后没收敛的能量和其他CCSD（T）的能量作比较么？
A:
显然不能
光是CCSD能量都不准，(T)还都根本没算出来，哪能比
Q:
老师，没有rwf文件只有chk能否增大循环次数让它续算呀？
A:
意义不明
续算增加什么循环次数
Q:
因为这里是迭代次数达到了50次才停止的，所以我在想能否增加一下迭代次数，让它续算
A:
不能
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2017.02.14 00:23:42
Q:
如果是在高斯输入文件中，如何改变分子在坐标轴的方位？（让分子对X轴做个对称）
A:
你在gview里显示出坐标轴，按住alt直接拖动分子就能修改朝向
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2017.02.14 00:35:49
Q:
选择文件后，4,1,2，然后选择三个原子所在平面，绘制的图形上右键，然后出现后续的选项
[图片]
A:
这个设的是范德华轮廓风格。你得先选了15把范德华表面轮廓显示出来，才能再用16来设
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2017.02.14 00:51:15
Q:
老师们请问MS中采用B3LYP可以做周期性体系吗
A:
可以
Q:
老师，再多嘴一句，MS手册[图片]有这么一句话，是什么意思
A:
你用MS2017试一下就知道，不支持直接就提示了
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2017.02.14 01:10:58
Q:
[图片]请问我能不能用packmol的这个功能在一个固定的基底上（晶体的某个晶面）吸附一层有机分子？
A:
只要限制的坐标区域定义好了就行
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2017.02.14 01:36:04
Q:
sob老师，我想请问一下，我在M06/6-311++G(d,p)水平下优化苯环，不知道为何出错了好几次了还是不收敛，是不是这个基组对算苯环不是那么的好呢？谢谢老师。
A:
根本没直接关系
不收敛看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
加弥散毫无用处
错了，是这个
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
sob老师，但是我不太明白为啥您说的“加弥散毫无用处”
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
[图片]
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2017.02.14 01:38:37
Q:
老师好，请问用QCISD cc-pVQZ计算体系单点能时出现"warning:The largest alpha MO coefficient is…"然后就link died 是否是因为计算机内存不够？应该换更高配置的电脑计算？谢谢您
同样的计算用cc-pVTZ基组就可以正常运算
A:
不带(T)用QZ远不如带(T)用TZ
Q:
好的老师我去试一下
谢谢您
请问老师带不带FULL对计算结果影响大吗(我的体系是两个负二价氧离子)
A:
不大
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2017.02.14 01:48:29
Q:
请问老师同样的计算方法B3LYP 在高斯中得到的结果和MS中dMol3模块计算出的结果相差甚远(趋势而非单点横纵坐标) 哪个更具可信度呢？高斯中的后HF方法是不是要比B3LYP这种计算更准确？
谢谢您[emoji]
A:
最低级的后HF方法MP2不代表比B3LYP更好
算孤立体系以高斯结果为准（前提是计算过程、级别合理）
Q:
好的老师对于不清楚的体系是否应该计算不同自旋多重度下的能量值，选择最小值作为该体系的基态能量？但是应用不同的方法和基组会改变体系的自旋多重度吗？ (我在用B3LYP方法6-311++G(3df,3pd)计算时，在两离子相距0.8A和1A时自旋多重度分别为7和3，但这一结论并不适用于QCISD(T) cc-pVTZ的计算，自旋多重度始终为1)
A:
是
会
信高级别的
Q:
高级别指方法精度更高还是基组描述更全面？
A:
级别=理论方法+基组
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2017.02.14 02:00:05
Q:
PBE0和PBE38的差别只在于HFc成分不同吗
A:
y
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2017.02.14 02:10:13
Q:
请问用multiwfn的表面静电势极值搜索，如何修改参数提高精度和加大搜索密度，以便搜出更多的点，使得结果更为可信。我看了一下，对3.spacing of grid points.......和 4. Advanced options都不太明白。谢谢！
A:
不是点数越多结果越可信，也有可能格点密度低的时候由于数值上的粗糙反倒极值点数目更多。
想得到更可靠的结果就选3 Spacing of grid points for generating molecular surface，把数值改小。一般0.2就足够准确了
选项4一般没必要去改它
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2017.02.14 02:54:03
Q:
老师，我对NO2+CO=NO+CO2做IRC，总是出现这种情况:[图片]沿着一个方向走6-7步就停了。不知道是什么原因，谢谢老师
A:
看末尾的提示
这里充分说了
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
提示是[图片]，您之前说可能过渡态定位不准。我使用B3LYP/6-31G*方法，过渡态搜索也是用的是opt=calcall，opt=tight，int=ultrafine
A:
参考我传的IRC文件
Q:
老师，我对比了一下我的和您的文件。我发现体系结构及对应的过渡态不一样，我的NO2+CO反应体系是：[图片]，找到的过渡态是[图片]。是否因为我构建的反应物体系和您的不一样导致了我的IRC只沿着一个方向跑了六步就停了。
A:
你拿跑了6步的结构做初猜来做几何优化，用较小的步长上限。如果优化完了还是差不多的结构，说明那里就有个极小点
Q:
好的，谢谢老师。
老师，我尝试过了，那里确实有一个极小值点。是否说明我找的过渡态不是这个反应的过渡态，或者是我的反应物摆放方式不是使反应易于发生的方式，N-O键需转过较大的角度才能跑到C上。
A:
你看另一头的结构。或许有不止一种反应方式
Q:
老师，另一头是CO2和NO[图片]
老师，请问这是否说明是我的过渡态找错了。
A:
是
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2017.02.14 02:54:03
Q:
请问SMD隐式溶剂模型有英文全称么？
A:
无
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2017.02.14 02:54:52
Q:
sob老师，我用multiwfn计算自旋密度导出cub文件，在gview里面正负等值面都显示，在VMD里面只显示正的，这是哪里操作有问题？
A:
新建个Rep，isovalue设成负值
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2017.02.14 02:57:49
Q:
请问Gaussian 软件可以把 temperature=500 Opt freq 这些一起计算吗？
A:
可
Q:
好像温度不影响几何优化的结果吧？
A:
y
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2017.02.14 05:15:19
Q:
[图片]
大博士，我做教程上1ubq例子时出现这个错误怎么解决啊
我是在服务器上做的
又是个看不懂的错误[表情]
[原创表情]
[图片]
A:
甭用_mpi版，除非你要跨节点
Q:
哎。那我的那个错误提示，该怎么解决呢
A:
用非mpi版
Q:
[图片]
不怎么理解 MPI，是我的这个装错了？
A:
你编译时候不指定MPI库，编译出来的就不是MPI版
Q:
恩。我重新装下。弱弱的问下 GMX 怎么卸载~删掉目录就好了？
A:
y
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2017.02.14 06:08:47
Q:
各位老师，我想咨询一个困扰我很久的问题：如何判定两个原子之间是否形成了化学键呢？应该以什么作为判据来判断呢？
是通过计算键级来判断是否成键吗？@LiYuanhe
A:
是
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2017.02.14 06:24:30
Q:
审稿人认为lanl2dz基组太小，但因为体系大，其建议用同系列的lanl稍大一点基组，请问哪个比较好？
审稿人怎么讲就按其要求做吧
lanl2tz(金属）与6-31g*（C H），这样搭起来是否合适？
A:
还可以
Q:
老师，请问对于第五周期的金属，SDD与Lanl2dz相比，是否SDD更准？
A:
拿lanl2TZ乃至lanl2TZ(f)跟SDD比还差不多
不管对什么元素，都是如此。
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2017.02.14 06:38:06
Q:
请问老师amber 力场的氨基酸rtp 文件本身没有定义一些金属离子怎么搞呀，需要查文献吗？
A:
需
Q:
看到文献这样：uM06/6-31+G(d,p)-SDD//uM06/LANL2DZ，计算结构，用lanl2dz,单点能量计算加大到了SDD
请问Stuttgart RSC 1997 这个基组是否很少用？
A:
太常用了
Q:
其精度如何？
A:
这就是平时说的SDD
Q:
SDD=Stuttgart RSC 1997，是吗？
A:
约等于
后者算是前者的子集。stuttgart完整的在作者主页
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2017.02.14 06:40:47
Q:
请问一下我想知道怎么利用MMGBSA可以把结合自由能分解到单个残基上去？需要哪些软件？（MD是用gromacs跑的）求指教！谢谢
A:
用g_mmpbsa
Q:
已经在用g-mmbasa在总的结合自由能了，看文献说是用mmgbsa才能分解到单个残疾上，但，看了mmgbsa是用amber程序弄的，我还要用重新amber跑MD吗？
A:
MMPBSA、MMGBSA是标准的方法，不是amber的专利
[图片]
Q:
意思是gromacs里也可以跑mmgbsa？是吗？
A:
g_mmpbsa原文就有分解到残基的例子
Q:
好的，知道了，十分感谢
那个刚刚给的截图的文章的名字给我吗？我想仔细看看
A:
就是g_mmpbsa的原文
Q:
好吧，新手不懂，莫怪！十分感谢！
A:
注意看群文件里的群规，不要用“好吧”开头
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2017.02.14 07:03:07
Q:
[图片]sob老师，这个函数值是在哪里可以看到？
A:
[图片]
Q:
上面绿色代表ALpha,蓝色代表beta电子对吧
A:
否
isovalue设为正值时，绿色代表正值区域，蓝色代表负值区域。怎么去理解，取决于你考察什么函数。诸如自旋密度是alpha和beta密度值之差，反映的是相对大小
Q:
嗯，好的，谢谢/磕头
还有一个不情之请就是，如何用VMD把自旋极化参数等值面画出来？/磕头
A:
multiwfn算完了导出cube文件，拖到VMD里，设置相应的显示方式
Q:
我按照老师给的步骤，会了分子表面静电势，其中我画了一个含金属配合物的，为什么金属只是显示为一个小球点？是我少设置了吗？
A:
改显示方式
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2017.02.14 07:45:52
Q:
请问一个关于电子离域化的问题。用Anisotropy of the Induced Current Density (ACID) 方法显示芳香环（Aromatic）和反芳香环（Anti-aromatic）的电子离域，理论上是不是应该得到类似的图？文献里一般只用芳香环或无芳香性的环举例，但是没有看到反芳香性环的离子。我的想法是，其实aromatic和antiaromatic其实都是共轭体系，所以ACID应该有类似图像，不知对不对？（暂时还没有开始用ACID做计算）
假如aromatic和antiaromatic的ACID图一样，也就是说没法用ACID来区分这两类分子，对不对？
A:
反芳香性环电流方向是反着的
Q:
所以看vector方向是可以区分的，是这个意思吧
A:
y
Q:
我在思想家公社的网上下载AICD的程序，解压之后得到一个文件，"20150609160036_17152"，感觉不是程序文件，也不知道如何打开。想请教一下正确的打开
A:
[图片]
用winrar就能解压bz2文件
应当用AICD 2.0版，方便得多
Q:
请问2.0版本在哪儿下载？
A:
【链接】使用AICD2.0绘制磁感应电流图
http://sobereva.com/294
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2017.02.14 08:15:12
Q:
老师啥时候出书
A:
谁知道呢
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2017.02.14 17:50:42
Q:
请问老师，现在科音不接收计算任务吗
请问老师，用Gaussian计算少于15原子的团簇，CCSD单点能什么价格
想问一下找人计算这类要多少钱，实验室计算机太慢了
快毕业了，没文章的话就没戏了。。。
A:
暂时不接
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2017.02.14 18:57:12
Q:
那位老师用packmol，请教个问题
[图片]各位老师我想给这个盒子下在个水层，用packmol能实现吗
A:
能
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2017.02.14 20:03:22
Q:
群主我能在群里面发个招聘信息吗？
A:
群里可以发一次，但字数不要太多，并事先将要发的私窗发给我我看一眼
Q:
哦哦，好滴
谢谢
群主已经私信给你了
A:
我没收到私信，如果是这个，倒没问题
[图片]
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2017.02.14 22:30:00
Q:
李大博士，能推荐一本英语的语法书吗？我不知道薄冰的好还是张道真的好，许国璋赖世雄呢？
[表情]谁的都没看过？
[表情]
大博士能推荐一本吗？
A:
我的语法停留在高中水平，其实高中范畴的语法已经足够充分了
Q:
/憨笑我老板说我逢从句必用which，我对这种连接词真是不敏感
即便是科研论文里，也没见哪个人从句一坨一坨的硬往上堆，简单的句子经常够用了。实在担心搞个自动语法审查的软件、网站过一过也就行了，有些据说很好（不过有的付费，我自己没用过）
A:
现在让我做高考英语题我都得不了多少分
Q:
谦虚
大博士可以和我一起考PETS5
A:
跟那些死语法较真没用
Q:
/憨笑
这话大博士跟我说我认真听，跟我老板说，他会说你懂个六
A:
尤其是那些跟语法有关的名词，我一概不知
Q:
大博士可以再开一个群，就叫做科技论文英语交流群
A:
写作算是曾经和一个挪威的合作者频繁往来邮件时练出来的，开了窍
Q:
/憨笑大家多讨论英语问题
PCCP那个Si18 吗？
A:
还有更早的合作文章
Q:
应试英语没有什么实用性
A:
是的
Q:
四六级必须过，但是过了不代表什么高水平
我就是个堆从句的人，总想写长难句，考研的残次品
[图片]
A:
看这种东西远不如看看科技英语写作的书，书店里也一大堆
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2017.02.14 23:46:05
Q:
老师，用CCSD(T)计算单点，收敛限数值的更改对T4(CCSD)和T5(CCSD)的值有无影响？
A:
显然有。
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2017.02.14 23:49:12
Q:
大博士，cam-b3lyp可以用来优化含弱相互作用的过渡金属体系吗？
A:
不适合
Q:
M06被？
呢？
A:
加D3可以
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2017.02.15 00:01:31
Q:
请教:一个自旋多重度为1的体系，想要找过度态。我想要做限制性开壳层计算，关键词如下：
[图片]
出错信息为：[图片]
想问一下怎么改
如果是自由基反应机理呢
测试过了，Ub3lyp和Rb3lyp做出来的结果一模一样
请教你一下，Ub3lyp和Rb3lyp做出来的结果一模一样是什么原因呢
A:
要么基态本身就是闭壳层的，要么就是基态是对称破缺单重态，但你没给对称破缺的初猜
Q:
我必须在限制性方法下先找到一个过渡态结构，然后才能通过波函数优化方法确定它是否是自旋极化吗？
A:
没有先后关系
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2017.02.15 00:17:19
Q:
老师，用CCSD(T)计算单点，收敛限数值设成N=5，这样算出来的单点能的参考价值还大么？
A:
直接说明设的能量收敛限，如果<1E-6，没问题
Q:
是delta<1E-6吗？
A:
y
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2017.02.15 01:25:44
Q:
请问：#T B3LYP/6-31G(D) Opt Freq=ReadIso Test这里面的readiso是不是应该写成readisotapes啊？
A:
不报错就没问题
关键词在没有歧义的情况下高斯允许适度简写
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2017.02.15 01:33:26
Q:
sob老师，我想用分子动力学模拟表面活性剂在油相中的自聚和在油水界面的自组装，要用到表面活性剂在油相中积聚的结果作为下一步模拟初始结构（研究表面活性剂在油水界面的分布），如何把上一个模拟结果在以个水层，因为第一步模拟的结果是周期性的，有些分子是不完整，这该如何处理，麻烦sob老师了。
不好意思sob老师，少打下字了。如何把上一个模拟结果在以个水层=如何在上一步模拟结果的基础上加上一个水层
A:
这跟你用的程序有关。通用的做法，你恰当使用轨迹处理工具，得到分子结构保留完整的结构，然后用packmol上面加个水层。若是gmx，你可以用editconf直接增加一块真空区，再往里面填水
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2017.02.15 03:39:10
Q:
请问quadrupole是取标红的数值吗[图片]
请问怎么从输出结果中计算quadrupole呢？谢谢
谢谢，那你知道怎么根据输出结果计算数值吗？@冰释之川
A:
输出文件末尾
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2017.02.15 03:41:22
Q:
请问一下做出来的[图片]EDD图怎么保存呢？
A:
关闭图像后有保存图像文件的选项
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2017.02.15 04:30:09
Q:
目前的量化方法能否计算分子能级的绝对位置，然后计算周围环境对这一位置的影响？比如O2的两条兼并轨道在-15eV，然后O2旁边放上水分子，能级降低或者升高@Sobereva
A:
能
[图片]
能
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2017.02.15 06:15:32
Q:
cl-O-O-CL-O-O-cl之类的可能不？
你算算Cl O之间有没有共价键
[图片]肯定没有。
A:
有一定共价性，但属于电荷转移键，共价性会很弱
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2017.02.15 06:31:11
Q:
请教老师们：1266 basis functions的体系是否太大？
A:
不小
但也说不上“太”大
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2017.02.15 06:36:42
Q:
用什么量化方法计算分子能级的绝对位置？@Sobereva
A:
HF/KS-DFT/半经验皆可
Q:
HF的能级还有些意义，DFT的不准确吧？但总觉得都是不太够准确啊
A:
本来就无所谓准不准，本来就不是实验可测的
虽然也有号称把DFT轨道能级做一些额外校正使得其更合理
看这两篇
J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3414-3420
Journal of Computational Chemistry, Vol. 21, No. 3, 227–238 (2000)
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2017.02.15 16:55:34
Q:
[图片]
计算NTO总跳出来,说是系统找不到指定的文件.
A:
甭用一堆check
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2017.02.15 17:09:16
Q:
各位老师有个小问题请教，在Mutiwfn中输入文件使用.fchk和.wfn的进行分析有什么区别吗？谢谢
A:
看本文了解如何选择输入文件
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2017.02.15 17:31:03
Q:
老师们好，我在做文献重现的时候，gaussian官网中找不到文献中基组“CP(PPP)”，找到文献中基组的参考文献里，也没找到这个基组，请问老师，怎么找到这个基组原来的表示形式？
请问有人知道CP（PPP）基组吗？怎么确定一个基组在gaussian中不适用？
A:
根本就不是标准的基组名称。如果有文献引了看引的文章
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2017.02.15 17:45:18
Q:
老师好，请问色散修正常用的方法有两个Grimme和TS，但是着两者有什么区别？
A:
TS色散校正在量化里很不常用，没必要用，结果也没DFT-D好。二者具体形式不一样
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2017.02.15 18:06:33
Q:
http://sobereva.com/214
MS里的Grimme就是DFT-D2
链接发错了，是http://sobereva.com/83
请问对于若干Au原子团簇吸附小分子气体的计算，我想用CCSD(T)算，基组可以用def2-QZVPP吗？计算量可以接受，只是想和DFT方法对比一下。
只算一个构型，几个原子
体系没你们想的那么大了，5个Au原子，吸附O2 N2什么的。
弱相互作用挺重要的，所以想用CCSD(T)算一下自己看看心里有个数。用def2-SVP也就十几分钟。
我是看sob的帖子里说用jul-cc-pVTZ，就是想问下用def2系列基组算是否合理。
我def2基组用的是赝势，不是全电子的，请问这样算的结果对吗？
A:
def2也可以用，但对于后HF，用def2-QZVPP不如用cc-pVQZ
如果你的目的是为了给Au用def2基组对应的赝势，不如用cc-pVQZ-PP
不过最好先在cc-pVTZ下算一下看耗时能否接受，耗时和def2-SVP完全不在一个数量级。而且TZ级别通常已经足够了
Q:
我目前计算已经是用的赝势，全电子肯定算不动啊。
我用的是ORCA，用cc-pVQZ-PP的话是需要自己做吧？
我现在是!CCSD(T) ECP{def2-TZVPP} def2-TZVPP，试了下用时1个多小时。
A:
那就搞搞def2-QZVPP
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2017.02.15 18:15:01
Q:
Lanl08(f)与SDD基组相比，是不是大小差不多？
请教各位老师：Lanl2dz+1d1f基组与 Lanl08(f)基组相比，是不是 Lanl08(f)要更小？我查了其组成，但是没把握
A:
不要用诸如Lanl2dz+1d1f这种非主流的。大小对比一下EMSL上两种基组定义便知
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2017.02.15 18:56:36
Q:
老师用AMBER建蛋白质和DNA时 pdb中什么时候加TER ,TER代表什么意思呐？
谢谢你的关于TER解答
A:
代表terminal，标志着一个链已经结束
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2017.02.15 19:03:25
Q:
我在SSH下修改.bashrc环境变量，改完之后source .bashrc，提示ulimit -s unlimiteme/...............。再打开.bashrc之前改的又变回原来的，并且多了一句ulimit -s unlimiteme/.......
这是因为什么
两组单点能计算，在理论方法和基组都一样的情况下，其中一个为了解决SCF不收敛问题加了 vshift 命令，另外一个没加，其他的命令都一样，这样的能量还有可比性吗
A:
Tsao 可比
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2017.02.15 20:13:53
Q:
请问sob老师，我按照帖子上第二种方法计算气相下的吉布斯自由能，利用高精度单点能量和校正值（Thermal correction to Gibbs Free Energy）相加，分别是-5253.53和0.440379，是直接带符号相加，还是绝对值相加再取负值？
A:
显然是直接加
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2017.02.15 23:28:28
Q:
请问在计算酶和小分子配体相互作用时可以选择groms力场吗？(Amber 力场缺乏参数)
A:
可
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2017.02.15 23:55:18
Q:
老师好，请教个问题，我在做一个大分子（约120个原子）捕集小分子氯化锂的结构优化，看了您的《大体系弱相互作用计算的解决之道》之后想问下，您里面说的很多都强调能量计算而非几何优化，那么如果要做几何结构优化有没有什么比较好的办法，对于我们的计算资源来说150个原子有点大了。
A:
magic 算不动就只能半经验
Q:
那对于这种大体系弱相互作用的计算，最低什么是可以接受的结构优化水平呢？m062x/6-31+g*可以么？
或者老师可以推荐一下一个比较便宜的水平给我么，谢谢老师
A:
B3LYP-D3/6-311G*
记得弥散比提升到3-zeta要贵
Q:
嗯，我看到您的文章特别做了这个说明，但是您的文章里一直强调，对于这种弱相互作用力，弥散是要加上去的。。。为什么这里选择了3-zeta呢？
A:
你这里做的是优化，不是算能量
Q:
额，明白了，就是说在做结构优化而非单点的时候，zeta的影响是比较主要的，只有在算能量的时候，才需要首先考虑弥散，是这样么老师？@Sobereva
A:
否
对大体系，提升到3-zeta比加弥散便宜得多，而势能面极小点位置对弥散没那么敏感，提升到3-zeta有益得多
而且加弥散本来到了3-zeta级别再加才划得来
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2017.02.16 00:10:40
Q:
http://sobereva.com/1 我刚刚老师的帖子也就是说当有两个或者多个参数时仅仅把势累加起来吗
A:
可
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2017.02.16 00:58:40
Q:
请教各位老师，Gaussian势能面扫描，柔性扫描和刚性扫描能同时吗？
A:
不能
Q:
老师，我想固定分子中其中一个二面角，然后对另外一个二面角做柔性扫面，这样怎么做？
A:
将对应的冗余内坐标设定成F状态
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2017.02.16 01:14:09
Q:
请问老师，审稿人建议我用CCSD(T)方法算一遍我的产物，可如今已经过去快一周了，我的几个产物还没有出结果，我能跟审稿人说一个什么理由？最好专业点，让他彻底打消这个念头。因为我发现审稿人在计算上不是太懂，可是提出的建议忙半天，也不见得比现在的好～谢谢老师！
A:
对于几何优化、找过渡态、算频率、找IRC之类的，带(T)对精度几乎不会有任何改善
不仅耗时剧增，还白白牺牲了极为重要的解析梯度
就说过于耗时，算不动，是馊主意
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2017.02.16 01:14:09
Q:
是不是十几年之后CCSD(T)这个方法会好一些？
A:
提那个建议还早了十几年
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2017.02.16 01:17:36
Q:
请问，您见过C-H---C的作用吗？我晶体结构的AIM和RDG均显示有(aim电子密度很低0.0025a.u.，rdg也是一个比较集中的圆片)，但是H---O距离又为3.22A，远大于范德华半径之和2.9，我无法解释。请问如何解释？谢谢！@Sobereva
A:
看具体情况，比如苯二聚体，如果是T型，可能就有这种情况。
解释起来，可以说有范德华作用，同时带一点正电的H与C的pi电子云有静电吸引作用
Q:
谢谢！如果是范德华作用，RDG里的圆片应该比较弥散才对，我的图并没有；如果解释为：同时带一点正电的H与C的pi电子云有静电吸引作用，我也没有证据这样说。
A:
看一下两个部分的分子表面静电势图就能验证
Q:
好的，谢谢！换言之，这个C-H---C的现象是正常的？
A:
正常
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2017.02.16 01:27:39
Q:
请问sob老师，B3LYP-D3/6-311++G**计算时，总是有1到2虚频，其它方法无虚频。
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2017.02.16 06:43:25
Q:
老师，文献中图是用ELF域呈现的，分析的时候用的是相对应的盆进行分析的，这样可以吗，有没有什么不妥
A:
只要讨论合适，就没有不妥。
多个盆的图难以同时可视化显示。
Q:
嗯，还有就是描述盆的时候双突触和三突触，这里的双和三是指构成盆的原子个数吗
A:
算是
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2017.02.16 07:05:30
Q:
请问社长，BHLYP除了IOp是一半一半外，基组前面的泛函还是写BHLYP么
A:
意义不明
直接用诸如BHandHLYP/6-31G*就完了，根本不用写IOp
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2017.02.16 07:08:40
Q:
老师，请问：1.用 multiwfn计算键的极性前是否需要做NBO分析？2.multiwfn计算的键的极性的结果是以图形形式输出还是数字形式输出？3.用multiwfn是否可以计算键的强弱？
师兄，您说的是可以直接从优化的后的结果中查看么？
A:
1 不需要。键的极性没有唯一计算方法，更没有道理往NBO上靠
2 数字，图形怎么可能输出
3 看你怎么考察。算键能显然multiwfn派不上用场，用键级、BCP之类考察显然用处很大
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2017.02.16 13:02:38
Q:
老师，小分子构象搜索后有很多低能构象能量差很小或者没有差别，而且它们概率分布相差也不大，是每个都要构象都要提取出来优化吗，有没有更好的方法，我用的spartan
A:
只需要考虑能量最低的而且几何结构相互差异比较大的那些。
利用molclus程序干这事非常简单，见
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2017.02.17 00:48:52
Q:
老师您好，如何利用videomach制作vmd中的动画？
A:
--------Markdown Markdown--------
ocam网上一搜就有。比用videomach方便得多
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2017.02.17 01:05:19
Q:
想请教一下各位，有人有关于过渡态理论以及变分过渡态理论的入门资料？我才刚接触，导师让我了解它是怎么算的
A:
看看kisthelp原文Journal of Computational Chemistry 2014, 35, 82–93
这里也有介绍
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
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2017.02.17 01:55:31
Q:
sob老师，我想在VMD里统计所有碳原子的运动轨迹，从网上找到您写的显示粒子运动轨迹的VMD脚本，上面选择范围用的是“index1 61”，想请教下根据原子类型选择碳原子该用什么关键字，导入的是xyz格式的文件
A:
尝试name C
具体怎么选择最好看看representation里面的selection标签页里面的内容，看看能选的有哪些
[图片]
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2017.02.17 02:08:48
Q:
想请教老师们一个比较菜的问题看文献时发现有些文献对金属Fe Ti等使用6-31g(d,p)那么这个结果是比使用lanl2dz更精确么还是？期望老师们指点一下，先谢过！
A:
是，但是计算量更大。
也有些人纯粹是为了省事，就不用赝势基组而把基组给统一了
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2017.02.17 02:55:09
Q:
社长，CASSCF计算的初始轨道不经过SCF迭代，计算完CAS之后再做动态相关能计算，这样的动态相关能准确吗？
A:
CASSCF本身就是迭代过程啊。如果不优化轨道，那就是CAS-CI了，这样动态相关不算充分，因为CAS空间毕竟较小，只是相当于CAS空间里做Full CI而已。
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2017.02.17 03:44:17
Q:
请问一下群里的同志一个问题就是我在利用TST，TST/W ,VTSTS,VTSTS/W这四种方法计算速率常数时，TST和TSTS/W完全一样，VTST和VTST/W完全一样这是我计算有问题吗？
A:
不应当一样，你检查一下wigner方法得到的透射系数，不可能恰好是1.0
Q:
老师这个透射系数是在哪里可以检查？当时就一股脑的算完了没注意这个
A:
[图片]
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2017.02.17 09:40:36
Q:
有calcall优化过渡态还会出现有两个虚频的情况是为什么
A:
optimizer犯傻
按照虚频调整一下坐标
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2017.02.18 01:10:05
Q:
我照着博客里提到的RI-PWPB95 D3 RIJK def2-QZVPP def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C grid4 tightSCF没法进行优化。
应该改成PWPB95 D3 def2-QZVPP吧？
明白了，是不是
!RI-PWPB95 D3 RIJK def2-QZVPP def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C grid4 VeryTightSCF NumGrad opt
sob说的用PWPB95就是RI-PWPB95吧？
那只限于ORCA的话，我是要换个双杂化泛函还是有什么其他方法进行几何优化呢？6个Au+2个N的体系。
A:
换个双杂化再试
Q:
小白请教一个问题现在的情况：跑完了MD（一个复合物有2个蛋白质组成 714+300多共1040 AA）也算出来mmpbsa了，各个氨基酸残基的三个数值也都有了我的想法是这样的：找到total energy 为负数（远小于0 ）氨基酸残基，然后突变它再看看其总的结合自由能是否变低（我的目的是让两个蛋白的结合变弱）对吗？（然后我发现total energy远小于0的就那几个氨基酸，远大于零的也就那几种氨基酸，这个正常吗？）
A:
尝试B2GP-PLYP
Q:
（然后我发现total energy远小于0的就那几种氨基酸，远大于零的也就那几种氨基酸，这个正常吗？）
A:
也直接从结构、轨迹上判断那些残基是如何对结合产生明显作用的，判断结果是否合理，免得被数字给骗了
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2017.02.18 01:10:55
Q:
谢谢老师，您是否清楚在VMD hbond分析时是否要求被分析分子必须包含键连信息？就是D-H-A的结构必须明确知道D-H有键连？
A:
要求
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2017.02.18 01:13:59
Q:
今天google搜索信息，发现山寨网站又死灰复燃，并且在搜索结果中很靠前@Sobereva
A:
我已经有对策，一边观望一边逐渐使用
他们早晚黔驴技穷
Q:
嗯嗯～/赞
他们一定用了什么方法使搜索排名很靠前
A:
而且搞那个东西其实赚不到什么广告费，不会有什么流量，就算不管他，估计过一两年也就自动消失了
google举报页面我都找好了
https://www.google.com/webmasters/tools/spamreportform?hl=zh-CN
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2017.02.18 01:25:46
Q:
请问，Sob老师的博文中有一篇是关于《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》，基于自由能计算的k、基于配分函数计算的k和Wigner计算k是三种计算k的方法？
A:
基于自由能计算的k、基于配分函数计算的k是一码事，只不过是TST公式的不同形式而已。
Wigner不是算k，而是考虑隧道效应校正k的方法
Q:
哦，明白了，谢谢老师
请问，不同温度下的ΔG、ΔS和ΔH这三个量是不是通过kisthelp得到的？还是有其他的办法？
A:
freqchk或者shermo也能得到，kisthelp只不过便于把不同温度下这些量绘制成曲线图
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2017.02.18 02:08:09
Q:
请问出现这个问题怎么解决？
SCF Done: E(UB3LYP) = -2963.48808565 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.24D-05 -V/T= 2.1587
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 3.0000 <S**2>=12.2144 S= 3.0305
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 12.2144, after 12.0008
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/jjgu/gaussian/g09D01/g09/l502.exe at Fri Feb 17 14:13:41 2017.
Job cpu time: 0 days 22 hours 36 minutes 54.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 729 Int= 0 D2E= 0 Chk= 19 Scr= 1
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.02.18 02:13:12
Q:
请问老师们，高斯可以计算离子体系吗？因为我在学习老师的帖子的时候，发现首先要确定是何种体系，似乎相互作用都是针对分子而言的。所以在此请教一下，谢谢老师
谢谢您，我是在空气中计算，没有溶剂~
老师，内坐标方式描述是不是代表粒子间的键长？如果我的两个离子之间没有成键，是不是应该用直角坐标描述
A:
内坐标和键的连接关系没有直接联系
Q:
好的谢谢老师，再问您一下，对于仅由两个-2价氧离子组成的小体系，计算单点能，要求精度很高，您有方法和基组的推荐吗？我尝试了很多种组合，都不能很好的复现论文中相互作用势的图像
比如之前试过B3LYP+6-311++G（3df，3pd） QCISD(T)+cc-pVQZ
A:
很高精度直接上MRCI
弄不明白你到底算的是什么体系，阴离子的话带弥散，起码aug-cc-pVTZ
Q:
不好意思老师没有坚果MRCI 没google出来是啥意思，请问是基组还是方法还是？
就是俩阴离子在空气中不同距离下的能量值
A:
multireference CI
理论方法
如果不是电子结构诡异的体系，CCSD(T)/aug-cc-pVTZ足够精确了
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2017.02.18 02:27:10
Q:
sob老师，我在计算溶剂化效应的时候出现了l502错误，也尝试过您文章中加关键词的方式进行计算可还是不行
A:
没有其它解决办法
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
[图片][图片]
A:
仔细看此文，去掉多余碍事关键词
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
用弥散简直自找不收敛
Q:
老师我其他结构也是用的同样的方法，只有这个不收敛，需要把其他的结构弥散也去掉吗
A:
博文里一堆解决不收敛的方法，好好去试，总有办法
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2017.02.18 02:41:37
Q:
请教一个问题：在高斯优化中，怎么明确设置力的收敛标准，网上搜了好一阵子，没找到。
不是看，是设置
默认是0.018 eV/A
我想修改的大一点
A:
Gaussian中有用的IOp一览
http://sobereva.com/93
IOp(1/7=N) 设定优化时的收敛限。力的RMS收敛限设定为N*10^-6(即Threshold显示的值)，最大受力被设为1.5*N*10^-6。RMS位移会设为4*N*10^-6 bohr，最大位移会被设为6*N*10^-6 bohr。
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2017.02.18 02:44:14
Q:
[图片]
老师，我的软件也是这个问题
不知道怎么就是装不上
A:
进安全模式安装试试
Q:
安全模式在哪呢？
A:
just google
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2017.02.18 04:23:25
Q:
请问下春季会开高斯培训课吗？
A:
即4月量化初级班
Q:
量化书还没看完能跟上吗
A:
能
根本都不用看量化书
Q:
怎么报名呢
到时候有通知
A:
看科音网站的通知，通知3月份才会发布
Q:
[图片]
A:
所有科音的培训也会在计算化学公社论坛和本群里发布
Q:
我好奇，四月份计划举办的量化初级班的培训价格和动力学的价格差不多？
A:
y
Q:
现在动力学培训班还有名额吗？刚刚发了报名表
有没有成都小伙伴要去参加三月份分子动力学培训的
A:
有
已经报了一多半了
名额满的时候会在培训详情的页面开头进行公告
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2017.02.18 05:40:47
Q:
弱弱的问一下：GROMACS主要正对生物体系，化学体系只是涉及小分子？
A:
没这个限制
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