计算化学公社

标题: CP2K在超算上的计算效率如何提高？ [打印本页]
作者
Author: THY    时间: 2025-4-26 15:21
标题: CP2K在超算上的计算效率如何提高？
本帖最后由 THY 于 2025-4-26 19:09 编辑

各位老师，例如我使用CP2K计算CI-NEB，现在插入8个点（NUMBER_OF_REPLICA 8），每个点分配16个核数（NPROC_REP 16 ），将任务提交到超算平台上，通过popt运行
本人在超算上有128核的使用权

首先请问：我这种插点数和每个点分配的核数是否合理？
我的理解是（总计算核数）/（NUMBER_OF_REPLICA）=（NPROC_REP），这种情况下计算效率最佳，并且NPROC_REP越大，计算越快



其次超算平台有两种CPU资源可供使用

第一种是：

第二种是：


那么请问：
方案（1）在第一种CPU资源下：选择8台CPU，也就是8个节点，每个节点16核
方案（2）在第二种CPU资源下：选择4台CPU，也就是4个节点，每个节点32核

超算上加载环境参数：
module load scl/gcc9.3
module load openmpi/4.0.5_OPA_gcc9.3
module load intel/oneapi/2021/mkl


请问那种方案计算效率最高？






作者
Author: abin    时间: 2025-4-26 17:35
"双路 Intel Xeon E5-2630v3 2.5GHz，共 144 核"
真有144核心？没写错吧？

先让确保，编译CP2K时候，选择合适的MPI版本及其参数，让MPI支持IB，
再考虑使用几个节点跑计算。

作者
Author: THY    时间: 2025-4-26 19:07
abin 发表于 2025-4-26 17:35
"双路 Intel Xeon E5-2630v3 2.5GHz，共 144 核"
真有144核心？没写错吧？

抱歉老师，核实后，这个确实写错了，没有方案3
作者
Author: THY    时间: 2025-4-26 19:08
abin 发表于 2025-4-26 17:35
"双路 Intel Xeon E5-2630v3 2.5GHz，共 144 核"
真有144核心？没写错吧？

module load scl/gcc9.3
module load openmpi/4.0.5_OPA_gcc9.3
module load intel/oneapi/2021/mkl

我在超算上加载的是这几个环境参数，您觉得可以吗？
作者
Author: lmch    时间: 2025-4-26 21:16
你这“超算"CPU的性能已经严重过时了，也就跟家用台式机14400之流性能差不多，可能还不如。考虑换个平台吧。

非要在这里选，用4台2682v和oneapi，且oneapi跑的通
作者
Author: THY    时间: 2025-4-26 21:38
本帖最后由 THY 于 2025-4-26 21:40 编辑
lmch 发表于 2025-4-26 21:16
你这“超算"CPU的性能已经严重过时了，也就跟家用台式机14400之流性能差不多，可能还不如。考虑换个平台吧 ...

谢谢老师，那请问是popt还是psmp？计算体系大概100个原子左右的CI-NEB
作者
Author: abin    时间: 2025-4-26 23:42
THY 发表于 2025-4-26 19:08
module load scl/gcc9.3
module load openmpi/4.0.5_OPA_gcc9.3
module load intel/oneapi/2021/mkl

"我在超算上加载的是这几个环境参数，您觉得可以吗"
这怎么说呢？

并非名字标注XXX就能XXX的。

况且，IB有不是OPA。
所以，你最好看看openMPI你所用的版本，是否支持你的设备。

一般而言，超算平台，会提供匹配硬件的OpenMPI或者MPI版本。






欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3