计算化学公社

标题: 在超算平台linux系统上使用sobEDA进行计算突然中断了怎么继续 [打印本页]

作者
Author: 〇66 时间: 2025-4-27 10:16
标题: 在超算平台linux系统上使用sobEDA进行计算突然中断了怎么继续
如题，我在超算平台linux系统上使用sobEDA进行计算，这个体系的分子大概有一两百个原子左右，昨天跑了一晚上还没跑完，今早突然中断了怎么继续接着上次的继续算呢？如果我重新在当前文件夹里输入./sobEDA.sh |tee result.txt，他就重头开始了，比较浪费时间。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-27 19:54
重新算就完了
一两百个原子做sobEDA分析根本花不了什么时间，除非计算级别选择不当或者机子太肉

作者
Author: 〇66 时间: 2025-4-27 20:47

sobereva 发表于 2025-4-27 19:54
重新算就完了
一两百个原子做sobEDA分析根本花不了什么时间，除非计算级别选择不当或者机子太肉

感谢老师回复，我在超算平台上面提交的，应该和自己的机子没什么关系吧，用的是b3lyp/6-31G*感觉还好不至于很难算，拆成了五部分，但是他跑了十几个小时都没跑完，一直在这个界面停留。 (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-28 10:48

〇66 发表于 2025-4-27 20:47
感谢老师回复，我在超算平台上面提交的，应该和自己的机子没什么关系吧，用的是b3lyp/6-31G*感觉还好不至 ...

弄清楚到底并行没有，并且检查.out文件内容判断情况
正常情况绝不该这么长时间

下文提到的sobEDA原文里都给了不同基组算不同大小体系的参考耗时
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

作者
Author: 〇66 时间: 2025-4-29 11:05

sobereva 发表于 2025-4-28 10:48
弄清楚到底并行没有，并且检查.out文件内容判断情况
正常情况绝不该这么长时间

(, 下载次数 Times of downloads: 5)
谢谢老师回复，我的每个fragment都是正常终止的，用的关键词是#p b3lyp/6-31G* ExtraLinks=L608 nosymm，最后的final.out是l502的报错。不知道为什么每个片段都是正常的，但是结果会不收敛。如果想正常运行的话，可以在template.gjf的文件中，关键词再加上SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12这样解决吗？

作者
Author: Loading0760 时间: 2025-4-29 11:32

〇66 发表于 2025-4-29 11:05
谢谢老师回复，我的每个fragment都是正常终止的，用的关键词是#p b3lyp/6-31G* ExtraLinks=L608 nosymm ...

我打断一下,你的final结构里的
Charge = 0 Multiplicity = 9
这个自旋多重度是9是不是有点太大了

作者
Author: 〇66 时间: 2025-4-29 15:55

Loading0760 发表于 2025-4-29 11:32
我打断一下,你的final结构里的
Charge = 0 Multiplicity = 9
这个自旋多重度是9是不是有点太大了:fun ...

谢谢提醒，但是我还是想麻烦问一下，我的fragment.txt文件里分成了五个片段，每个片段的自旋多重度分别是2-3-3-3-2，为什么final结构里的自旋多重度会变成9呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-29 15:56

〇66 发表于 2025-4-29 11:05
谢谢老师回复，我的每个fragment都是正常终止的，用的关键词是#p b3lyp/6-31G* ExtraLinks=L608 nosymm ...

设置明显不当。随便看了一眼就发现严重问题了：template.gjf里自旋多重度是1，然而fragment.txt里各个片段的自旋多重度全都是>1的正数，显然整体和全部片段的alpha电子数、beta电子数根本对应不上。
认真看sobEDA教程，搞清楚片段的自旋多重度如何设置、自旋多重度设为负值是什么意思。

作者
Author: 〇66 时间: 2025-4-29 19:42

sobereva 发表于 2025-4-29 15:56
设置明显不当。随便看了一眼就发现严重问题了：template.gjf里自旋多重度是1，然而fragment.txt里各个片 ...

老师可以帮我看看这样的分析整体和部分的电荷+自旋多重度有问题吗？
如果我按这个分析的自旋多重度来，还是会有报错，甚至第一个片段都算不下去。
如果我按照那个压缩包文件上的fragment.txt算，起码还可以算完整个片段的，但是后续的final.out文件会报错。
不知道问题出在了哪里。

整体分子应该是不带电的常规分子吧，所以总电荷: 0；总自旋多重度: 1（单重态）

各分片参数分析：
1. 分片 1：-C₁₈H₁₄N
结构：三个苯环连接至氮原子，其中一个苯环缺失一个 H。
未成对电子：
若脱 H 形成自由基（•C18H13N），则含 1 个未配对电子 → 自旋多重度 = 2（双重态）。
实际电子可能通过共轭离域至整个分子，形成闭壳层 → 自旋多重度 = 1。
结论：
电荷 = 0，自旋多重度 = 1（电子离域，无局域未配对）。

2. 分片 2：-C₁₀H₆-
结构：中性萘环脱两个 H，形成双自由基。
未成对电子： 2 个自旋平行 → 自旋多重度 = 3（三重态）。
结论：
电荷 = 0，自旋多重度 = 3（需通过反铁磁耦合抵消总自旋）。

3. 分片 3：-C₆H₂N₂S-
结构：2,1,3-苯并噻二唑脱对位两个 H。
未成对电子：
若无离域，双自由基 → 自旋多重度 = 3（三重态）。
硫参与共轭，可能导致闭壳层 → 自旋多重度 = 1。
结论：
电荷 = 0，自旋多重度 = 1（假设电子离域）。

4. 分片 4：-C₁₀H₆-（与分片2对称）
参数：同分片2 → 电荷 = 0，自旋多重度 = 3。
5. 分片 5：-C₁₈H₁₄N（分片1的对称结构）
参数：同分片1 → 电荷 = 0，自旋多重度 = 1。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-29 23:21

〇66 发表于 2025-4-29 19:42
老师可以帮我看看这样的分析整体和部分的电荷+自旋多重度有问题吗？
如果我按这个分析的自旋多重度来， ...

但凡报错一定要看报错提示，根据提示试图解决。不说具体报错也不提供相关文件就提问没有任何意义
我也完全搞不明白你要分成那么多片段有什么目的。

诸如第一个片段显然应当作为二重态自由基来计算，属于基本计算常识。中性的C₁₈H₁₄N电子数是奇数，显然根本不可能是单重态。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)