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标题: 10个聚合物在水中的自组装，MD的轨迹分子平动，且跑出盒子，怎么解决 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-4-27 16:10
标题: 10个聚合物在水中的自组装，MD的轨迹分子平动，且跑出盒子，怎么解决
我是做的10个聚合物在水中的自组装，在mdp文件中写了comm-mode=linear，comm-grps=system
初始轨迹是有分子伸到盒子外面，且最后一帧形成的聚集体不居中使用-pbc mol -center，有一两个分子分子还是出现平移运动，一会在盒子上面，一会跑到下面

使用-fit rot+trans，整体出现非常明显旋转和平动
求助一下我的体系轨迹要怎么修复

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-27 20:01
-pbc cluster -center，把所有聚合物作为一个组来居中

作者
Author: milk_q 时间: 2025-4-27 21:06

sobereva 发表于 2025-4-27 20:01
-pbc cluster -center，把所有聚合物作为一个组来居中

sob老师，使用-pbc cluster轨迹成键变得非常混乱是怎么回事

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-28 10:49

milk_q 发表于 2025-4-27 21:06
sob老师，使用-pbc cluster轨迹成键变得非常混乱是怎么回事

参考下文搞清楚连接关系的判断逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: milk_q 时间: 2025-4-28 15:18

sobereva 发表于 2025-4-28 10:49
参考下文搞清楚连接关系的判断逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com ...

sob老师，使用VMD重新成键了，但是本来跨越盒子成键的直接断裂分子被掰成两半了并且分子整体平动了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-28 17:21

milk_q 发表于 2025-4-28 15:18
sob老师，使用VMD重新成键了，但是本来跨越盒子成键的直接断裂分子被掰成两半了并且分子整体平动了

没有完整的初始结构、结构变化动画，没法准确回答。从原理上搞清楚轨迹处理方式的特点恰当选择

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: milk_q 时间: 2025-5-7 08:37
本帖最后由 milk_q 于 2025-5-7 08:39 编辑

sobereva 发表于 2025-4-28 17:21
没有完整的初始结构、结构变化动画，没法准确回答。从原理上搞清楚轨迹处理方式的特点恰当选择

sob老师，https://pan.baidu.com/s/1Nhu-cbTKVqBWhDWoGYVtrQ?pwd=q7ht 提取码：q7ht，这里有我的结构文件和轨迹文件，P6-D4_md.xtc是初始轨迹，P6-D4_pbc+cluster使用pbc mol 和 pbc cluster处理后的轨迹，一直修复不好，文件有些大，麻烦您看一下,拜托了

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