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标题: 求助：关于index索引计算rdf的疑问 [打印本页]

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-4-28 22:06
标题: 求助：关于index索引计算rdf的疑问
本帖最后由科研小白0126 于 2025-4-28 22:06 编辑

各位老师好，我的体系里只有50个相同分子（其他什么都没有，没有溶液），已经跑完md，我的分子有两个端基，我将两个端基在index索引中分别命名为Head_A_all和Head_B_all，分别代表端基A和端基B，但我itp文件中的resname残基名称全是mol，我将index里的每个分子端基分行（如下图index中71-89是第一个分子端基A），我想知道我此时执行rdf指令，我采用res_com选择残基质心进行计算，gmx能区分我的每个分子端基是多少到多少号原子吗？他会不会将我整个Head_A_all里的原子序号看成一个端基进行计算？假如这样不能准确区分端基部分那我要重新从第一部开始重新定义残基名称吗，我的md生成相gro文件也全是mol（如下图），现在手动命名itp里的resname也不行了吧？望各位老师给予解答，万分感激

作者
Author: huangzi 时间: 2025-6-22 20:51
您好，现在解决了吗

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