谢谢您的回复！我用的分子是课题组里合成的一种带共轭骨架的长链分子，因为还没发文章所以不方便发出来，就是分子结构形态上的差异，成键什么的倒是没有问题。swissparam输入mol2文件原子不能太多，我长链的分子只能用MARVIN JS上传mol文件，输出文件夹里分子结构变化了。而如果我用charmm-gui的ligand模块生成的话，虽然可以上传mol2文件，生成的分子结构没有变化，可是charmm36的力场包里关于我分子的一些bondtype和dihedraltype不全，一个个补上去很麻烦。我本来想直接用自带的生成的charmm.itp文件，但我还需要用到charmm36的力场包的离子部分，现在就是两头都困住了。不过我发现我用结构相似的文献里的分子导入mol文件，结构也不会变， 结构如下图，不清楚是什么原因导致的。目前我是需要在charmm力场下模拟，因为是要补之前未完成的工作，最好力场前后一致，所以能用的拓扑文件生成程序比较少 (, 下载次数 Times of downloads: 18)