计算化学公社

标题: 知乎上的错误教程。无力吐槽。 [打印本页]

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-29 21:06
标题: 知乎上的错误教程。无力吐槽。
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-29 21:09 编辑

首先声明利益相关，我和小马同学有合作关系，他自己文章的计算和他接到的一部分代算单子都是由我实际完成计算的。他教程我之前并未关注，但似乎误导了一些还没有找到组织的萌新，发帖来指出一些现有的错误，应该还有海量的错误在他的其他帖子里，我没有精力一一指出了，交给有兴趣的坛友来捉虫。

前情提要是，在帖子《无偿指导新手做量化，最终被当成了免费answer》中，某研究生回复坛友PLwang说：“我只会用知乎上小马同学教的算静电势，你发的我也看不懂啊”

而这位似乎在小白中很有影响力的小马同学，教程全是硬伤。以他的帖子《结合能与吸附能的区别？高斯计算结合能教程来啦！ - 知乎》为例：

他强行给结合能和吸附能做区分。
而实际情况是“吸附能本质就是结合能，只不过前者是后者在特定语境下的称呼，适用于描述一个相对较小的东西结合到一个相对较大的东西上的情况。”，见（http://sobereva.com/733）

他教学吸附能计算的时候理论方法不统一（一会HF算能量，一会又变成了B3LYP）、B3LYP算弱相互作用不加色散矫正、算Pb2+离子却把体系设置成了电中性，对Pb使用精度已过时的LANL2DZ，对电中性体系的结构优化任务盲目加弥散函数。

附图：

(, 下载次数 Times of downloads: 41) (, 下载次数 Times of downloads: 38) (, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-29 22:32
此外，eps、epsinf后面没法用冒号，我实测出错。并且图1里Lanl2DZ后面不能空两行（而只能空一行），否则后面的eps设置根本不会读进去（依然会用默认的水的溶剂信息）。

这样AI写作质量的误人子弟严重的教程要是发到本论坛，我大概率直接删帖了。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-30 17:09
又双叒叕把溶液中的铅离子当裸露单原子来处理了……我在这帖曾经说“‘吸附能’这词有一点不好”等等，现在看来“结合能”这词也有同样的误解。不过对于DMF:DMSO=4:1的混合溶剂，要做溶剂与铅离子配合物的团簇构型搜索确实稍微复杂点。从软硬酸碱理论来看，估计配合Pb2+最合适的是DMSO的硫，但是DMSO和DMF也都可能用氧配位。

现在能看到此人写的另一篇利用高斯软件计算荧光和磷光的教程也得聊聊，一上来构建的2PACz结构就因为氮原子多了个氢而变成电荷0自旋多重度2，所幸后面算不动放弃了（）我倒想确认一下隐式溶剂模型的问题，看SMD原文J. Phys. Chem. B 2009, 113, 18, 6378–6396可知其拟合数据是大量实验溶解自由能，那么在TD-DFT算激发态和相应光谱时还用SMD是不是不太合理？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-5-1 11:30

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-30 17:09
又双叒叕把溶液中的铅离子当裸露单原子来处理了……我在这帖曾经说“‘吸附能’这词有一点不好”等等，现在 ...

可以这样理解：
假如SMD不仅能算准基态溶解自由能，还能算准激发态溶解自由能（也就是气相里的溶质激发态和溶液里的溶质激发态的自由能差），那么SMD搭配一个能算准气相激发能的电子结构方法，必然能算准溶液相激发能。
那么问题就是，SMD拟合时只用了基态的实验溶解自由能，会不会导致算激发态溶解自由能不准？我个人觉得有可能，但也基本没有能算得更准的溶剂模型了，因为激发态溶解自由能的实验数据过于匮乏。

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