计算化学公社

标题: Error termination in NtrErr: NtrErr called from FIOCnC. [打印本页]

作者
Author: 895654511 时间: 2025-4-29 21:50
标题: Error termination in NtrErr: NtrErr called from FIOCnC.
dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 40 SizExt =       0 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd = 15407616 FType=2 FMxFil=10000

Number             0          0          0          0          501          502
Base       7215591    7215487    8887135    15405669    3934427    3935427
End          8516330    7215489    11494216    15407616    3935427    3939190
End1       8516330    7215489    11494216    15407616    3935427    3939190
Wr Pntr    7215591    7215487    8887135    15405669    3934427    3935427
Rd Pntr    7215591    7215487    8887135    15405669    3934427    3935427
Length       1300739          2    2607081       1947       1000       3763

Number          503          508          511          512          520          521
Base       8517418       20480    3946948    4119792    4144904    4601655
End          8518076       20495    4116020    4121037    4144909    4601690
End1       8518076       20495    4116020    4121037    4144909    4601690
Wr Pntr    8517418       20480    3946948    4119792    4144904    4601655
Rd Pntr    8517418       20480    3946948    4119792    4144904    4601655
Length          658          15       169072       1245          5          35

Number          522          524          526          536          538          551
Base          20695    4601690    5901290    2633687    3284057    4144934
End          22975    5901290    7200890    3284057    3934427    4144959
End1          22975    5901290    7200890    3284057    3934427    4144959
Wr Pntr       20695    4601690    5901290    2633687    3284057    4144934
Rd Pntr       20695    4601690    5901290    2633687    3284057    4144934
Length          2280    1299600    1299600       650370       650370          25

Number          552          561          562          575          577          584
Base       4144909    4138868    4138869    4144959    4144878    4121037
End          4144934    4138869    4144878    4601655    4144904    4121643
End1       4144934    4138869    4144878    4601655    4144904    4121643
Wr Pntr    4144909    4138868    4138869    4144959    4144878    4121037
Rd Pntr    4144909    4138868    4138869    4144959    4144878    4121037
Length          25          1       6009       456696          26          606

Number          603          605          619          634          665          670
Base       14104928    7215489    7200890       22975    4116020    3939190
End       15405669    7215591    7215487    2633687    4119792    3946948
End1       15405669    7215591    7215487    2633687    4119792    3946948
Wr Pntr    14104928    7215489    7200890       22975    4116020    3939190
Rd Pntr    14104928    7215489    7200890       22975    4116020    3939190
Length       1300741          102       14597    2610712       3772       7758

Number          672          674          695          698          701          780
Base       8516330    8516693    4121643    8518076    8518682    11494216
End          8516693    8517418    4124802    8518682    8887135    14104928
End1       8516693    8517418    4124802    8518682    8887135    14104928
Wr Pntr    8516330    8516693    4121643    8518076    8518682    11494216
Rd Pntr    8516330    8516693    4121643    8518076    8518682    11494216
Length          363          725       3159          606       368453    2610712

Number          989          993          997          998
Base       4124802    4137302    4137402       20495
End          4137302    4137402    4138868       20695
End1       4137302    4137402    4138868       20695
Wr Pntr    4124802    4137302    4137402       20495
Rd Pntr    4124802    4137302    4137402       20495
Length       12500          100       1466          200

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    67072 FType=2 FMxFil=10000

Number             0
Base          20480
End          67072
End1          67072
Wr Pntr       20480
Rd Pntr       20480
Length       46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.

作者
Author: 895654511 时间: 2025-4-29 21:51
gif上传了麻烦老师看看为什么报错

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-29 22:27
从结构和关键词看，这个计算试图在B3LYP/def2-SVP级别下优化一段碱基序列CAA的单链RNA与Ag3团簇的101个原子的络合物，并做振动分析获得拉曼光谱。这个模型的化学合理性存疑（包括但不限于Ag3团簇的来源、RNA链的构象和质子化状态、二者结合的位点等）、计算设置也有漏洞（包括但不限于B3LYP未加色散校正、仅给1500 MB内存不足以处理这个尺寸的体系的振动分析等）。因此当前需要更深入的讨论而不能仅解决表面的Gaussian报错。待研究体系的真实组成如何（比如RNA链是否更长，Ag是否是固相表面，二者的络合物是否在溶液环境中等），当前计算资源如何（比如计算机的系统、CPU和内存、Gaussian的具体版本），计算目的如何，这些细节都需要补充交代。

作者
Author: 895654511 时间: 2025-4-29 22:36

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-29 22:27
从结构和关键词看，这个计算试图在B3LYP/def2-SVP级别下优化一段碱基序列CAA的单链RNA与Ag3团簇的101个原子 ...

CPU是 AMD Ryzen 7 8845H w/ Radeon 780M Graphics 3.80 GHz
RAM是16.0 GB (13.8 GB 可用)
Gaussianview版本是5.0

作者
Author: 895654511 时间: 2025-4-29 22:43

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-29 22:27
从结构和关键词看，这个计算试图在B3LYP/def2-SVP级别下优化一段碱基序列CAA的单链RNA与Ag3团簇的101个原子 ...

我的目的是想用银团簇对CAA进行拉曼增强，二者结合点位是之前进行优化时生成的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-29 23:39

895654511 发表于 2025-4-29 21:51
gif上传了麻烦老师看看为什么报错

那叫gjf
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
并且能一个回帖里交代完的事情就不要分成两个回帖

当前没完整输出文件没法判断。大概率是内存给得太少，或者Windows 32bit版Gaussian的限制。人家问的是Gaussian版本而非GaussView，不要答非所问。
不要用Windows 32bit版Gaussian算这个，看下文相关文字
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

就试图用三个Ag来描述Ag表面吸附毫无意义。参考北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）里下图了解该用什么簇模型

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-29 23:44

895654511 发表于 2025-4-29 22:43
我的目的是想用银团簇对CAA进行拉曼增强，二者结合点位是之前进行优化时生成的

表面增强拉曼光谱（SERS）技术涉及分子在固体表面的吸附，正确的处理要么用第一性原理软件（如CP2K等）做周期性体系计算，要么用量子化学软件构建簇模型当孤立体系处理，参考http://sobereva.com/540的讨论。当前的Ag3团簇尺寸过小，不能合理表现金属银的表面环境。此外鉴于RNA短链柔性明显且有多个配位原子，必须考虑多种可能的吸附构象。

我上面问的是计算用的Gaussian版本，不是建模用的GaussView版本，前者明显比后者更重要。当前电脑的CPU和内存不太够这么大体系计算用的，建议争取条件换更好的计算机及更新的软件。

作者
Author: 895654511 时间: 2025-4-30 16:43

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-29 23:44
表面增强拉曼光谱（SERS）技术涉及分子在固体表面的吸附，正确的处理要么用第一性原理软件（如CP2K等）做 ...

谢谢老师我学习一下如何构建簇模型

作者
Author: 895654511 时间: 2025-4-30 16:44

sobereva 发表于 2025-4-29 23:39
那叫gjf
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置 ...

感谢sob提醒我第一次使用不太清楚

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)