计算化学公社

标题: VMD打开轨迹文件周期边界键显示异常 [打印本页]

作者
Author: hel0422 时间: 2025-4-30 10:34
标题: VMD打开轨迹文件周期边界键显示异常
对纯水体系进行npt模拟
in文件内容如下：
units real
dimension 3
boundary p p p
atom_style full
read_data H2O.data

set type 1 charge -0.83
set type 2 charge 0.415
pair_style lj/cut/coul/long 9.0
pair_coeff 1 1 0.102 3.188 #1=Ow，2=Hw
pair_coeff 1 2 0.0 0.0
pair_coeff 2 2 0.0 0.0
kspace_style pppm 1.0e-4
bond_style harmonic
bond_coeff 1 450.0 0.9572 #1=Ow-Hw
angle_style harmonic
angle_coeff 1 55.0 104.52 #1=Hw-Ow-Hw

neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes

minimize 1.0e-4 1.0e-6 1000 1000

reset_timestep 0
timestep 1.0

velocity all create 298 123456 mom yes rot yes dist gaussian
fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
fix 2 all npt temp 298.0 298.0 100.0 iso 1 1 100.0

thermo_style custom step time temp press pe ke evdwl ecoul epair vol density bonds lx ly lz etotal
thermo 1000

dump trajectory all custom 100 water.lammpstrj id type x y z element
dump_modify trajectory element O H

run 100000

把lammpstrj文件用VMD打开，边界处键连接感觉不是很对。
在VMD命令行输入pbc wrap -all -compound res也没有效果，大家有遇到这种情况吗？想知道到底是哪里出了问题

作者
Author: 乐平 时间: 2025-4-30 10:49
大概率是因为你的 Rep 里 Drawing Method 用的是 CPK，而 CPK 默认以第一帧的原子间距作为连接，不会根据后续帧的原子间距来调整显示的连接。

如果要观察 H-O 距离随时间的变化，建议新增 New Rep，将原先的 Rep 的 Drawing Method 改为 VDW，new Rep 的 Drawing Method 改为 DynamicBonds，并设置好 Distance Cutoff。这样就能看到合理的 H-O 距离了。

另外，还可以再新增 new Rep ，把 Drawing Method 设置为 HBond 并设置合理的 Distance Cutoff，观察氢键。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-1 12:38
认真看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: hel0422 时间: 2025-5-14 11:57
感谢两位老师，按照你们说的，我的问题已经解决了！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)