计算化学公社

标题: 请问orca有没有类似高斯的Link1，计算successive job [打印本页]
作者
Author: 413    时间: 2025-4-30 11:33
标题: 请问orca有没有类似高斯的Link1，计算successive job
请问orca有没有类似高斯的Link1，计算successive job。
就是在一台机器上，一个作业结束了，不需要手动提交自动计算下一个。
作者
Author: imasen    时间: 2025-4-30 11:45
本帖最后由 imasen 于 2025-5-1 21:36 编辑

orca有new_job的功能，具体文档结构可以参考sob老师之前的博文（在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子，http://sobereva.com/542），这也可以通过compound脚本实现（https://orca-manual.mpi-muelheim ... amples.html#new-job）。
如果只是要依次将目录下所有的inp文件提交给orca进行计算，用bash shell脚本就能实现：
  1. #!/bin/bash
  2. rm -f Read.txt
  3. ini=$(date +%s)
  4. ncal=0
  5. nfile=`ls *.inp|wc -l`
  6. for inf in *.inp
  7. do
  8. start_time=$(date +%s)
  9. /orcapath/orca ${inf} > ${inf//inp/out}
  10. /orcapath/orca_2mkl ${inf%.*}
  11. ((ncal++))
  12. echo "======== Job ($ncal of $nfile): ${inf} > ${inf//inp/out} ========" >> Read.txt
  13. grep "ORCA TERMINATED" ${inf//inp/out} >> Read.txt
  14. grep ": Error :" ${inf//inp/out} >> Read.txt
  15. grep "error" ${inf//inp/out} >> Read.txt
  16. echo "" >> Read.txt
  17. end_time=$(date +%s)
  18. cost_time=$(($end_time-$start_time))
  19. echo "Cost time is $(($cost_time/3600))h $(($cost_time/60))min $(($cost_time%60))s
  20. " >> Read.txt
  21. done
  22. ono=$(date +%s)
  23. cost_time=$(($ono-$ini))
  24. echo "---------------------------------
  25. === Job TERMINATED !!! ===
  26. ---------------------------------
  27. Total job time is $(($cost_time/3600))h $(($cost_time/60-$cost_time/3600*60))min $(($cost_time%60))s" >> Read.txt
复制代码

每计算完一个inp文件，就会在目录下的read.txt文档里记录一次，包含运行时间，是否正常结束，有没有警告信息等。

作者
Author: sobereva    时间: 2025-5-1 12:39
参考北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里全面系统讲ORCA使用一节的例子：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)
(, 下载次数 Times of downloads: 16)
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-5-1 13:01
sobereva 发表于 2025-5-1 12:39
参考北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里全面系统讲ORCA使用一节的例子：

对最新版本的ORCA，似乎开发者的意见（包括2楼链接的compound script对new job的说明，以及ORCA论坛的零星讨论等）是，旧有的$new_job功能即将废弃，改用%compound里的New_step更合适。小声问一句，未来的高级班会考虑这点更新讲义么？
作者
Author: sobereva    时间: 2025-5-1 15:41
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-1 13:01
对最新版本的ORCA，似乎开发者的意见（包括2楼链接的compound script对new job的说明，以及ORCA论坛的零 ...

看情况。
目前对于这种情况我乐意用$new_job



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