计算化学公社

标题: 求助用GROMACS计算相互作用能时的相关设置 [打印本页]

作者
Author: 风沙 时间: 2025-4-30 15:39
标题: 求助用GROMACS计算相互作用能时的相关设置
本帖最后由风沙于 2025-4-30 15:57 编辑

各位老师好：

我用GROMACS 2022.3在AMBER（GAFF）力场下对含有水、一个聚合度为100原子数为828的聚合物链和一个药物分子（原子数为113）体系进行了模拟，盒子尺寸是30*30*30nm，现在需要计算聚合物和药物分子之间的相互作用能，需要rerun一下。

1.将mdp里的设置改成如图一所示可以吗？

2. 用2022.3版跑的时候聚合物和药物分子itp文件里的残基名一样，计算相互作用能rerun的时候要定义能量组，我把药物分子itp文件里的残基名修改了以便和聚合物区分，这样修改后还可以rerun吗？或者有其他方式定义能量组而不用修改itp文件里的残基名吗？

3.我在虚拟机里用2018.8版进行水盒子模拟时（体系是纯水）会出现了图二所示的NOTE，是不是证明2018.8版本可以用group方式模拟（mdp设置如图三所示，是3*3*3nm的水盒子）？
但是这样设置运行的时候同时也出现了图四所示的报错，rlist应该怎么设置啊？

4.我后面试了几种不同的rlist设置模拟水盒子时，当rlist比rcoulomb、rvdw 大或者小都会报错，只有当rlist=rcoulomb、rvdw 时才不会报错，如果这样的话是不是要在我体系的mdp里加入rlist=14才不会报错？最终mdp设置是不是应该改成如图五所示？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-1 16:03
1 可以。

2 make_ndx产生索引文件，定义分别对应聚合物和药物分子的组，在mdp里使用

3 是。无视note
手动设置rlist，设置成和rcoulomb一样的值

4 是

作者
Author: 风沙 时间: 2025-5-1 18:22

sobereva 发表于 2025-5-1 16:03
1 可以。

2 make_ndx产生索引文件，定义分别对应聚合物和药物分子的组，在mdp里使用

好的，谢谢老师

作者
Author: 风沙 时间: 2025-5-8 16:39

sobereva 发表于 2025-5-1 16:03
1 可以。

2 make_ndx产生索引文件，定义分别对应聚合物和药物分子的组，在mdp里使用

老师，我用GROMACS 2022.3模拟时，mdp里设置的控压方式是C-rescale，但是这种控压方式用2018.8版本rerun时不支持，如果改成别的控压方式可以rerun吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 00:15

风沙发表于 2025-5-8 16:39
老师，我用GROMACS 2022.3模拟时，mdp里设置的控压方式是C-rescale，但是这种控压方式用2018.8版本rerun ...

可以

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