计算化学公社

标题: 如何将高斯优化后的结构用于分子模拟 [打印本页]

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-4-30 16:49
标题: 如何将高斯优化后的结构用于分子模拟
如题，我的分子带有共轭骨架的带电分子，高斯优化后的结构电子云是离域的，我可以直接用这样的结构导入程序用于生成拓扑文件吗，我想利用charmm-gui的ligand模块生成可用于charmm36力场的拓扑文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-1 12:43
甭管有没有电子离域问题，跟产生拓扑文件毫无关系。
产生拓扑文件的例子和注意事项参考http://sobereva.com/soft/Sobtop

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-5-7 22:03

sobereva 发表于 2025-5-1 12:43
甭管有没有电子离域问题，跟产生拓扑文件毫无关系。
产生拓扑文件的例子和注意事项参考http://sobereva.co ...

谢谢卢老师，意思是其实拓扑文件里的原子电子分布都是再分配的，和初始结构的电子分布情况其实没有关系这样对吗，那关于其实高斯优化后的结构单双键的情况其实也不影响拓扑文件的生成。这样不知道我理解的对不对

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-8 00:02

NEW12138 发表于 2025-5-7 22:03
谢谢卢老师，意思是其实拓扑文件里的原子电子分布都是再分配的，和初始结构的电子分布情况其实没有关系这 ...

拓扑文件里要设置原子电荷，原子电荷是什么概念，在下文有清晰的介绍。原子电荷体现了当前结构下原子带的净电荷量。
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

你所说的“初始结构”指代不明。大多数原子电荷，诸如ADCH、RESP、Hirshfeld、Mulliken等，都是依赖于几何结构的，一般是基于量子化学得到的基态的真实波函数/电子密度进一步得到的，也有一些方法如EEM依赖于几何结构但不需要波函数或电子密度就能算出来。也有的原子电荷如Gasteiger只依赖于成键关系而不依赖于原子坐标。

对于sobtop产生拓扑文件，以mol2作为输入文件时，只要mol2里成键关系（谁跟谁成键）描述对了，就行了，不管mol2里记录的形式键级是几重键。

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-5-8 11:55

sobereva 发表于 2025-5-8 00:02
拓扑文件里要设置原子电荷，原子电荷是什么概念，在下文有清晰的介绍。原子电荷体现了当前结构下原子带的 ...

好的，谢谢老师，我再去看看这篇文章进一步了解一下原子电荷。因为我要重复工作用charmm力场所以暂时没办法用sobtop，需要用swissparam

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 00:22

NEW12138 发表于 2025-5-8 11:55
好的，谢谢老师，我再去看看这篇文章进一步了解一下原子电荷。因为我要重复工作用charmm力场所以暂时没办 ...

swissparam产生的是MMFF94的拓扑文件而非CHARMM力场的

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-5-9 14:40

sobereva 发表于 2025-5-9 00:22
swissparam产生的是MMFF94的拓扑文件而非CHARMM力场的

是的老师，swissparam生成的拓扑文件和charmm36力场是兼容的对吧

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 17:18

NEW12138 发表于 2025-5-9 14:40
是的老师，swissparam生成的拓扑文件和charmm36力场是兼容的对吧

根本不兼容

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-5-9 21:24

sobereva 发表于 2025-5-9 17:18
根本不兼容

老师，我看swissparam的2023年的文章提到好像是更新了兼容CHARMM36（SwissParam 2023: A Modern Web-Based Tool for Efficient Small Molecule Parametrization | Journal of Chemical Information and Modeling），您看看这符合吗
(, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 21:53

NEW12138 发表于 2025-5-9 21:24
老师，我看swissparam的2023年的文章提到好像是更新了兼容CHARMM36（SwissParam 2023: A Modern Web-Base ...

虽然可以用，但结合CHARMM力场描述生物分子时，对非生物分子的有机体系一般都是用CHARMM力场一伙人搞的CGenFF，用SwissParam比较非主流，大概率审稿人还会comment，到时候还得解释

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-5-9 22:04

sobereva 发表于 2025-5-9 21:53
虽然可以用，但结合CHARMM力场描述生物分子时，对非生物分子的有机体系一般都是用CHARMM力场一伙人搞的CG ...

明白老师您的意思了，谢谢您的建议，这两天有把CGENFF和swissparam得到的分子拓扑都放到体系里跑跑看

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