计算化学公社

标题: VASP计算中超线程影响测试经验分享 [打印本页]

作者
Author: 坏坏大侠 时间: 2025-5-1 10:22
标题: VASP计算中超线程影响测试经验分享
先说下具体背景，VASP计算小白一个，之前从未自己组过服务器，这次组服务器时看过论坛里的帖子，有很大帮助。
首先致谢S大佬的硬件帖：http://bbs.keinsci.com/thread-32755-1-1.html
和关于超线程讨论的帖子：http://sobereva.com/392
对我有很好的帮助，感恩！

服务器主要配置如下：
CPU：AMD epyc 7c13*2，共计128核256线程
主板：同泰怡t1deep
内存：SK ddr4 3200， 32*16=512G
运行系统为windows工作站版本，软件为某个界面化的VASP软件。

关于超线程的讨论，最开始的时候我其实是准备按照S大的建议，开着超线程计算的。但是在这个过程中遇到了点问题。
首先是某个教师A的服务器上（同配置），未关闭超线程，他单次提交128核任务后，任务管理器中256线程全部占满，CPU 100%占用，频率跑至2.8ghz左右。而我的软件设置与其相同的情况下，我单次提交任务128核后，就正常只有128线程100%占用。提交第二个128核任务后，258线程可以占满，但cpu频率只有2.6 ghz左右。为保证服务器算力全部发挥，后我请教另一个专攻计算的教师B，他指导我说要关超线程。为解决上述困扰，同时也做一下我服务器的稳定性测试，我花了两天时间进行了测试。对比方式分别为，开超线程只计算1个任务；开超线程同时计算2个任务；关超线程计算1个任务，和关超线程同时计算两个任务。测试结果如下：

从我的测试结果上看，在关闭超线程计算一个任务的情况下，三个任务的计算时间都是最短的；开启超线程计算1个任务的情况下，计算时间都会增加；同时计算2个任务的情况下，计算时间会急剧增加，甚至比关闭超线程只计1个任务时间的双倍还有多。所以开启双线程同时计算2个任务无疑是一个非常低效率的选择。而关闭超线程同时计算两个任务的情况，第一个任务的时间似乎比只计算1个任务时间增加一点，而第二个任务会延长一点。关闭超线程同时计算两个任务，似乎有可能能提高计算效率。但这个后续我不准备再测试了，太费时间。
所以，以上即是我的结论，只对我的测试环境及软件负责。分享出来也希望能给后来如我一般的小白一些参考，也不费我两天的测试。结论即：VASP计算时关闭超线程，单次运行一个任务是最有效率的计算方式。

上述还存在问题，我至今还不知道原因，如果有大佬知道，还请不吝赐教：
（1）我同事A的服务器上，单次提交128核任务，为什么cpu即跑满256线程？
（2）为什么关闭超线程后，系统显示128核心128线程，但我单次提交128核任务后，我提交第二个任务后还可以同时计算，而不是排队。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-5-1 10:44
大侠，请教一下同泰怡的主板好使吗？安装驱动有没有问题？你搭这个机子用了多少钱？

作者
Author: 坏坏大侠 时间: 2025-5-1 11:04

tonganlhy 发表于 2025-5-1 10:44
大侠，请教一下同泰怡的主板好使吗？安装驱动有没有问题？你搭这个机子用了多少钱？

（1）不需要额外安装驱动，插上cpu就能直接用。与我同事采用技嘉主板的相比，计算时cpu频率相差不大，都在2.6 GHz左右，不过好像偶尔风扇会突然安静来，可能有降频出现。所以建议预算充足情况下，直接上技嘉或者超微吧，不用考虑会不会出问题。
（2）大概2w左右。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-5-1 13:11

坏坏大侠发表于 2025-5-1 11:04
（1）不需要额外安装驱动，插上cpu就能直接用。与我同事采用技嘉主板的相比，计算时cpu频率相差不大，都 ...

非常感谢！你这个应该是7c13还没涨的时候配的吧？最近7c13又涨了一点。你为什么选7c13呢？比如还有7b13等其它选择。

作者
Author: 坏坏大侠 时间: 2025-5-1 14:06

tonganlhy 发表于 2025-5-1 13:11
非常感谢！你这个应该是7c13还没涨的时候配的吧？最近7c13又涨了一点。你为什么选7c13呢？比如还有7b13等 ...

最近配的，4300一片，应该是涨完价了。对这些cpu不是很了解，最开始想配7J13，但是贵2000一片，后来想着7C13可以买新的，图省事就直接买了。7B13可能是更好的选择。

作者
Author: atominerva 时间: 2025-5-1 15:45
我感觉Milan系是应该关超线程的，关了之后单核频率更高。

作者
Author: fantexi113 时间: 2025-5-13 20:00
感谢分享

作者
Author: liu1216081301 时间: 2025-5-28 08:47
某个界面化的VASP软件是什么东东

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