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标题: 计算延迟荧光时的几个问题 [打印本页]

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-16 17:33
标题: 计算延迟荧光时的几个问题
在计算延迟荧光时有几个问题不太明白，来请教大家几个问题：1.判断是否发生延迟荧光的条件是什么，难道只是看S1和T1之间的能差，还是从其他方面来判断，如速率？
2.在计算分子时使用的方法为B3LYP/6-31G*，总是遇到能差特别小，但是从S1到S0的荧光速率也特别小，甚至有时计算光谱时S0到S1态的振子强度为0，和实验数据很不吻合，这是什么原因呐？
3.计算S1和T1态的重组能具体是怎么计算的，是这两个态的驰豫能之和吗，还是怎么来求？

作者
Author: wq8484 时间: 2017-3-22 10:03
1 *T Chen, L Zheng, J Yuan, Z An, R Chen, Y Tao, H Li, X Xie, W Huang: Understanding the Control of Singlet-Triplet Splitting for Organic Exciton Manipulating: A Combined Theoretical and Experimental Approach. Sci. Rep. 5 (2015) 10923.

这篇文献里给了一个TADF的能量差delE_ST < 0.37 eV 可以参考一下

2 不知道你算的是什么体系可以先换个泛函试试 wB97xd M06-2X...

3 不太明白

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-22 11:44
关于重组能的计算，参考《使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子》http://sobereva.com/330

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-22 15:01
本帖最后由阳光总在风雨后于 2017-3-22 15:04 编辑

wq8484 发表于 2017-3-22 10:03
1 *T Chen, L Zheng, J Yuan, Z An, R Chen, Y Tao, H Li, X Xie, W Huang: Understanding the Control of ...

非常感谢您的回复。  我在用使用optDFTw程序计算w时出现问题，输出文件中并没有W，不知道问题出在哪里，还望赐教。我的template.gjf文件命令：
%nproc=16
%mem=10GB
# LC-wPBE/6-31g*

Title Card Required

0 1
C                -4.03012900 0.00111200 3.68588500
C                -5.42274800 0.00117800 3.74075300
C                -6.13931000 0.00082100 2.54714100
C                -5.51871700 0.00040400 1.29098100
C                -4.10858000 0.00036500 1.25067100
.....还望各位老师看到能给予帮助！

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-22 15:01

冰释之川发表于 2017-3-22 11:44
关于重组能的计算，参考《使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子》http://sobereva.com/330

感谢您的回复很受用

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-22 15:20

阳光总在风雨后发表于 2017-3-22 15:01
非常感谢您的回复。我在用使用optDFTw程序计算w时出现问题，输出文件中并没有W，不知道问题出在哪里， ...

等一整套流程走下来后，就会有一个关于w迭代的输出文件了

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-22 15:40

冰释之川发表于 2017-3-22 15:20
等一整套流程走下来后，就会有一个关于w迭代的输出文件了

最后输出template.log文件但里面没有w的值。我是先编辑好template.gjf文件然后运行optDFTw ，是哪里错了吗？

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-22 15:43

阳光总在风雨后发表于 2017-3-22 15:40
最后输出template.log文件但里面没有w的值。我是先编辑好template.gjf文件然后运行optDFTw ，是 ...

脚本对这个计算有影响吗是不是脚本缺东西。我贴出来您看下：
#! /bin/sh
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N template.gjf
#PBS -j oe

# Envrionment setting for Gaussian09
#
#PBS -o ${PBS_JOBNAME}.err
#PBS -l nodes=node10:ppn=16
#PBS -V
JOBNAME=${PBS_JOBNAME}
### FOR Gauss09 #####
export g09root=/public/software/Gaussian09
DATE=`date +"%R-%F-%A"`
WHOAMI=`whoami`_${PBS_JOBID}_${DATE}
mkdir /tmp/${WHOAMI}
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$WHOAMI
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
#
# End of envrionment setting for Gaussian09

cd ${PBS_O_WORKDIR}
/public/software/Gaussian09/g09/g09 < $JOBNAME > ${PBS_JOBNAME}.log

./optDFTw

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-22 16:10
本帖最后由冰释之川于 2017-3-22 16:11 编辑

阳光总在风雨后发表于 2017-3-22 15:43
脚本对这个计算有影响吗是不是脚本缺东西。我贴出来您看下：
#! /bin/sh
#PBS -S /bin/bash

相应地作业提交脚本也要修改：
---------------参考我们集群的脚本（运行optDFTw）-------------------
#!/bin/sh
#PBS -N Gaussian
#PBS -o job.log
#PBS -e err.log
#PBS -q yuan
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1440:00:00
#PBS -j oe

mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID
cd /tmp/$PBS_JOBID

optDFTw 0.002 0.2 0.0001 #optDFTw程序调用命令

cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR
rm -rf /tmp/$PBS_JOBID

---------------------------------------------------------------------------

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-22 17:09

冰释之川发表于 2017-3-22 16:10
相应地作业提交脚本也要修改：
---------------参考我们集群的脚本（运行optDFTw）-------------------
...

好的非常感谢！

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-24 09:15

冰释之川发表于 2017-3-22 16:10
相应地作业提交脚本也要修改：
---------------参考我们集群的脚本（运行optDFTw）-------------------
...

请问一下你的脚本里的 optDFTw 0.002 0.2 0.0001 这几个数字是固定的的吗?

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-24 10:39

阳光总在风雨后发表于 2017-3-24 09:15
请问一下你的脚本里的 optDFTw 0.002 0.2 0.0001 这几个数字是固定的的吗?

0.002 和 0.2 代表w扫描的范围是 [0.002,0.2]
0.0001代表的是w的精度（收敛限）

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-24 11:22

冰释之川发表于 2017-3-24 10:39
0.002 和 0.2 代表w扫描的范围是 [0.002,0.2]
0.0001代表的是w的精度（收敛限）

若果不设置就是默认的值不设置也是可以的吗？我用的这个例子算了一下出来的log文件里面没有w值，不知道问题出在哪里请帮忙看一下

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-24 13:07
本帖最后由冰释之川于 2017-3-24 13:16 编辑

阳光总在风雨后发表于 2017-3-24 11:22
若果不设置就是默认的值不设置也是可以的吗？我用的这个例子算了一下出来的log文件里面没有w值，不 ...

可以不设置这些参数。你作业提交脚本不对，我做了相应的修改（见附件），你再试试看。 (, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-24 16:52

冰释之川发表于 2017-3-24 13:07
可以不设置这些参数。你作业提交脚本不对，我做了相应的修改（见附件），你再试试看。

好的，非常感谢！

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-24 17:35

冰释之川发表于 2017-3-24 13:07
可以不设置这些参数。你作业提交脚本不对，我做了相应的修改（见附件），你再试试看。

您好！我用您发的这个计算了一下，但是和http://sobereva.com/346里的例子不太一致，这里计算的 The final w: 0.373547 Bohr^-1 J^2: 0.0000039466。但我计算的The final w: 0.438390 Bohr^-1 J^2: 0.0000565878。这是正常的吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-24 17:46

阳光总在风雨后发表于 2017-3-24 17:35
您好！我用您发的这个计算了一下，但是和http://sobereva.com/346里的例子不太一致，这里计算的 The fina ...

例子里好像给的坐标和算的最优w不是一个体系

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-24 19:03

冰释之川发表于 2017-3-24 17:46
例子里好像给的坐标和算的最优w不是一个体系

哦，那下一步的 scanDFTw程序目的是什么呐就是为了进一步确定W值吗？这一步是必要的吗？
那计算得到的这个w，然后就可以用来优化分子构型对吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-24 19:39

阳光总在风雨后发表于 2017-3-24 19:03
哦，那下一步的 scanDFTw程序目的是什么呐就是为了进一步确定W值吗？这一步是必要的吗？
那计算得 ...

仔细读这篇博文《优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw》http://sobereva.com/346，里面都写了。 scanDFTw是为了均匀扫描w值在某个区间内的误差函数的大小。一般用optDFTw找到最优w值就可以了。如果你专门为了研究w值与某些量的关系，可能需要用到线性扫描。

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-24 19:54

冰释之川发表于 2017-3-24 19:39
仔细读这篇博文《优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw》http://sobereva.com/346，里面都写了。 scan ...

好的，谢谢！

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-25 10:29

冰释之川发表于 2017-3-24 19:39
仔细读这篇博文《优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw》http://sobereva.com/346，里面都写了。 scan ...

您好！计算分子的W值就对应它相应的IOP值，也就谁说如果w=0.373547 Bohr^-1，那么IOP=0.373547/10000。在进行该分子的基态，激发态优化时都使用这个W和IOP值，不知道理解的对不对？不对的地方还望赐教

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-25 12:16
本帖最后由冰释之川于 2017-3-25 12:21 编辑

阳光总在风雨后发表于 2017-3-25 10:29
您好！计算分子的W值就对应它相应的IOP值，也就谁说如果w=0.373547 Bohr^-1，那么IOP=0.373547/10000。在 ...

打个比方，w如果是0.3735，则在高斯里写上 IOp(3/107=0373500000,3/108=0373500000)
最优化调控泛函不是让你优化分子用的，而是让你算激发性质用的。
计算顺序是：比如用B3LYP泛函先优化分子，然后在优化后的分子结构下，我选择用调控后的LC-w*PBE泛函算激发性质，则先要在该优化后的分子结构下，调控w值，最后再用最优w值算激发性质。简之就是【优化分子结构】--->【优化RSE泛函，调w值】---->【用最优化RSE泛函进行激发计算】

作者
Author: 阳光总在风雨后 时间: 2017-3-25 18:38

冰释之川发表于 2017-3-25 12:16
打个比方，w如果是0.3735，则在高斯里写上 IOp(3/107=0373500000,3/108=0373500000)
最优化 ...

哦，明白了，谢谢！

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