计算化学公社

标题: 求助RDG等值面图和氢键对应关系问题 [打印本页]

作者
Author: wqm 时间: 2025-5-7 10:01
标题: 求助RDG等值面图和氢键对应关系问题
各位老师好，我根据博文绘制了两个化合物（化合物1和化合物2）的RDG等值面图（isovalue = 0.5）及RDG散点图，以下是绘制出的图：
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由后面两张结构图可以看到，化合物1由一个键长为1.849Å的氢键，化合物有键长为2.081Å和1.705Å的两个氢键，但从RDG等值面图看，化合物1的RDG等值面图在相应位置有两个蓝色圆片，化合物2在相应位置只有1个蓝色原片（如下图圈出来的地方），这应该怎么解释呢？
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作者
Author: Solitude198 时间: 2025-5-7 10:32

但从RDG等值面图看，化合物1的RDG等值面图在相应位置有两个蓝色圆片

有没有一种可能，这里少了一个H
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作者
Author: wqm 时间: 2025-5-7 10:52

Solitude198 发表于 2025-5-7 10:32
有没有一种可能，这里少了一个H

这是把多余的H都隐藏了的，只留下了形成氢键的氢

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Author: sobereva 时间: 2025-5-7 13:03

wqm 发表于 2025-5-7 10:52
这是把多余的H都隐藏了的，只留下了形成氢键的氢

提问的时候别做这种迷惑的事情
本来化合物1就有两个氢键，等值面都明确体现了

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “RDG等值面图” 改了，以后务必注意！

作者
Author: wqm 时间: 2025-5-7 14:50

sobereva 发表于 2025-5-7 13:03
提问的时候别做这种迷惑的事情
本来化合物1就有两个氢键，等值面都明确体现了

对啊老师，化合物1等值面确实是两个氢键，但我用分子对接这里只有一个氢键，而化合物2本身有两个氢键的，等值面看却是一个氢键，这个我不知道该怎么解释

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-7 23:48

wqm 发表于 2025-5-7 14:50
对啊老师，化合物1等值面确实是两个氢键，但我用分子对接这里只有一个氢键，而化合物2本身有两个氢键的 ...

“用分子对接这里只有一个氢键” 语义不明，怎么又牵扯到分子对接了？

RDG等值面图上化合物2明明也有两个氢键，只不过一个相对较弱、没那么蓝而已。具体氢键强度可以按下文用Multiwfn做拓扑分析估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: wqm 时间: 2025-5-8 10:12

sobereva 发表于 2025-5-7 23:48
“用分子对接这里只有一个氢键” 语义不明，怎么又牵扯到分子对接了？

RDG等值面图上化合物2明明也有 ...

不是的，老师，我的意思是化合物1本来应该只有左边的那个氢键，RDG等值面图本来应该只有左边的那个蓝色圆片，右边的蓝色圆片能解释成其他作用吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 00:18

wqm 发表于 2025-5-8 10:12
不是的，老师，我的意思是化合物1本来应该只有左边的那个氢键，RDG等值面图本来应该只有左边的那个蓝色圆 ...

看不懂你的描述
把图片做成类似幻灯片形式，恰当标注，描述清楚问题。并且所有原子都显示出来避免误解。

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