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标题: 已解决 gromacs 盒子构建中高浓度盐溶液无法插入 [打印本页]

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-7 11:43
标题: 已解决 gromacs 盒子构建中高浓度盐溶液无法插入
本帖最后由 sarphuart 于 2025-5-7 16:05 编辑

在 gromacs 动力学计算中，我使用了 1030.31 nm³ 的盒子尺寸，500 个原子的聚合物，水分子数量为 33511 个。我使用 gmx genion -s ions.tpr -o ionized.gro -p UNK.top -pname CA -pq 2 -nname CL -nq -1 -conc 2 -neutral 命令添加 2 M 的氯化钙，总提示没有足够的水分子可以替换。2 M 氯化钙大概 1242 个 CaCl₂分子，3 w 多个水分子。之后我尝试了以下方法：1. 使用相同盒子尺寸和分子数利用 packmol 先插入聚合物，再插入 CA 和 CL，最后插入水分子。但是水分子的插入没有成功，packmol 运行很久还是没有插入对应的水分子数量。2. 我又尝试把 CaCl2 作为一个分子的形式插入，奈何自己基础不够，自己构建的 CaCl2 TOP 文件总是出问题。请问各位老师这种高浓度的盐溶液还有什么更加合适的方法加入吗

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-5-7 12:10
很明显没有仔细看手册，插入高浓度盐溶液会导致溶质间的距离小于预设的最小限制0.6nm，所以通过-rmin选项设置更小的最小距离即可

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-7 14:32
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-7 16:04
谢谢各位老师，之后会多看手册多加学习

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