计算化学公社

标题: 无定型二氧化硅结构中部分硅原子连有五个键是否合理？ [打印本页]

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-5-7 16:58
标题: 无定型二氧化硅结构中部分硅原子连有五个键是否合理？
最近在使用MS中的无定型SiO2模型时发现部分硅原子连有5个键，随后又看了一下VMD中的无定型SiO2的结构，发现也存在连有5个键的硅原子。理论上Si不是应该连有4个键吗，求问各位老师上述两个结构是否合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-7 17:32
了解可视化程序是怎么判断成键关系的，不要想多了、过度解释。看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

动力学过程由于热运动，未成键的原子由于瞬时距离较近被判断为成键很正常。

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-5-7 18:28
谢谢sob老师，我是想要基于无定型SiO2构建模型用于后续的分子动力学计算，按照您发的两篇帖子来看原子间是否成键对于分子动力学还是存在影响的，那这个时候是不是可以按照您说的在VMD的DynamicBonds方式显示下进行成键的修改？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-7 21:26

雷阵雨发表于 2025-5-7 18:28
谢谢sob老师，我是想要基于无定型SiO2构建模型用于后续的分子动力学计算，按照您发的两篇帖子来看原子间是 ...

dynamicbonds只影响表面上的显示，不影响内在的成键关系
如果你要用sobtop产生无定型SiO2的拓扑文件，又不想出现多余的键，可以在sobtop目录下的bondcrit.dat里自定义成键判断阈值，免得偏长的键也被判断为成键
也可以尝试先把无定型SiO2做一下优化，能使得很多离得过近的不成键的原子间离得不那么近、不容易被判断成成键

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-5-8 10:57
好的，谢谢sob老师

作者
Author: 犀利习良 时间: 2026-1-6 17:58
楼主，我也在做无定形二氧化硅建模，请问二氧化硅切开的表面是否补氢了？楼主是怎么建模的呀？

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2026-1-7 15:54

犀利习良发表于 2026-1-6 17:58
楼主，我也在做无定形二氧化硅建模，请问二氧化硅切开的表面是否补氢了？楼主是怎么建模的呀？

一般来说需要补氢，可以直接用M$加氢

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