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标题: gromacs模拟添加wall设置后mdrun无法进行 [打印本页]

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Author: 杂算者 时间: 2025-5-7 18:00
标题: gromacs模拟添加wall设置后mdrun无法进行
我建立了一个纤维素层＋水层的模型，使用gromacs2018.8，进行NVT系综的分子动力学模拟，目的是观察400ps内水分子的蒸发行为，模型如图所示。
我初始采用的是三维周期性结构，发现由于纤维素中存在氢键，与水分子间存在相互作用，使得水分子在模拟过程中会向下扩散，由于z轴方向的周期性，这部分水会从盒子的上方重新出现，我希望通过添加wall来阻止这种行为的发生，但是添加wall之后，mdrun运行md过程无法进行且出现该报错Software inconsistency error:Lost particles while sorting。我尝试将wall的设置放在em过程，同样是该报错。如下是我em和mdNVT过程的mdp文件，以及报错详细信息，恳请各位大佬帮帮小弟

我的建模思路是参考了这篇文章，我下载他的si中的这个视频，发现他同样采用NVT系综去模拟蒸发过程，但是其中的水分子完全不会往下面的纤维素分子扩散，像是有一个墙挡在二者之间，想请问各位大佬这个是怎么做到的

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作者
Author: 杂算者 时间: 2025-5-7 18:56
这是我参考的模型图

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-5-7 19:22
这是NVTmd模拟的报错

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-7 21:29
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-7 21:31
让盒子底端留出一点真空区再试，别让原子一开始就越过盒子底端

作者
Author: 杂算者 时间: 2025-5-8 10:37
感谢社长提醒，我下次会注意！

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