计算化学公社

标题: 已解决-求助：VMD采用gview_color对gro和XYZ文件进行原子着色问题 [打印本页]

作者
Author: sim 时间: 2025-5-7 21:14
标题: 已解决-求助：VMD采用gview_color对gro和XYZ文件进行原子着色问题
本帖最后由 sim 于 2025-5-7 21:58 编辑

大家好！问题如下：

目的：采用VMD对GMX_MD产生的gro文件进行原子改色，采用社长的gview_color文件进行改色。

结果：01. 采用gview_color对gro文件进行原子改色不成功，所有原子变为一个颜色；
02. 当采用multiwfn将前述gro文件转换为xyz文件后，VMD采用gview_color可以对转换后的xyz文件进行原子改色，但是当输入pbc box时，vmd显示box信息缺失。

请问除了最笨的直接一个原子一个颜色的自己定义外，有没有方法解决上述两个结果中的问题。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-7 21:46
gro文件没有元素信息，只有原子名信息。应当用带元素信息的格式，诸如pdb

VMD没法从xyz里读取盒子信息，盒子信息得用诸如pbc set {10.0 12.0 11.0}命令自定义。用Multiwfn载入gro文件，屏幕上直接会给出在VMD里定义盒子的命令

作者
Author: sim 时间: 2025-5-7 21:53

sobereva 发表于 2025-5-7 21:46
gro文件没有元素信息，只有原子名信息。应当用带元素信息的格式，诸如pdb

VMD没法从xyz里读取盒子信息， ...

好的，谢谢社长！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)