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标题: 求助GROMACS能量最小化后能量垂直下降 [打印本页]

作者
Author: 17-li 时间: 2025-5-8 09:20
标题: 求助GROMACS能量最小化后能量垂直下降
我在用GROMACS跑一个纯DNA框架核酸体系，力场文件用的是amber14sb_OL15.ff_corrected-Na-cation-params/amber14sb_OL15.ff，前面运行了gmx pdb2gmx、定义晶胞（-bt dodecahedron）、体系溶剂化、添加离子（-conc 0.15 -pname NA -nname CL -neutral)，能量最小化（em.mdp参数如下）之后查看potential，发现异常：从1e13骤降至0，不知道是什么原因。

define = -DFLEXIBLE

; 基本控制参数

integrator = steep

nsteps =100000

emtol =200

emstep =0.01

; 非键相互作用

nstlist = 10

cutoff-scheme =Verlet

vdwtype =Cut-off

rlist =1.5

rcoulomb =1.5

rvdw =1.5

coulombtype =PME

fourierspacing = 0.1

pme_order =4

; 约束与周期性边界

constraints = h-bonds

pbc =xyz

; 输出控制

nstenergy = 100

nstxout = 0

nstlog = 100

nstcalcenergy = 100

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 02:01
能量极小化根本没有时间的概念，这种图没意义

作者
Author: tptp 时间: 2025-5-9 09:28

sobereva 发表于 2025-5-9 02:01
能量极小化根本没有时间的概念，这种图没意义

sob老师打扰您了，这个楼主的能量最小化mdp参数用了define = -DFLEXIBLE和integrator = steep，这个是合理的参数设置吗，我记得您在课上说用cg的时候用define = -DFLEXIBLE。谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 17:15

tptp 发表于 2025-5-9 09:28
sob老师打扰您了，这个楼主的能量最小化mdp参数用了define = -DFLEXIBLE和integrator = s ...

不冲突
只不过是用cg的时候必须用-DFLEXIBLE。用steep时可用可不用

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