计算化学公社

标题: 求助Linux系统里GROMACS 2022.3 的计算速度和添加水分子数目的问题 [打印本页]

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Author: 风沙 时间: 2025-5-8 20:24
标题: 求助Linux系统里GROMACS 2022.3 的计算速度和添加水分子数目的问题
本帖最后由风沙于 2025-5-8 20:24 编辑

各位老师好：

我在Linux服务器里用GROMACS 2022.3在AMBER（GAFF）力场下对含有6500个水、一个聚合度为100原子数为828的聚合物链和一个药物分子（原子数为113）体系进行了模拟，整个体系有1950941个原子，盒子尺寸是28.24900*26.57400*29.80200nm。

1.我想问一天只能计算1.056ns正常吗？
我不知道是不是因为没用GPU的缘故，小白不是很懂，看到公社帖子里有老师发的一些有GPU配置的一天能跑50ns；虽然我只用了CPU跑模拟，但是还是感觉算的有点太慢了，不确定我这个计算速度正常吗

2.我用gmx solvate -cp mixture.gro -p mixture.top -o mix_water.gro在mixture.gro在盒子的空隙填满水分子，模拟时会报错水分子太多，就人为减少水分子数目填充到盒子里，直到不会报错。但是仍然感觉水分子数目相比药物和聚合物体系来说太多了，也导致后期计算量大，算得很慢。能不能再减少更多的水分子数目，也不会影响模拟结果？如果能的话，怎么确定水分子数目为多少比较合适呢？

服务器配置如下图所示，附上top,mdp文件，和log文件的部分内容

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-5-8 21:32
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-5-8 22:04 编辑

cpu型号是啥？给了多少核并行？是独占节点么？

脱离计算硬件讨论耗时没意义。

作者
Author: 牧生 时间: 2025-5-8 21:44
本帖最后由牧生于 2025-5-9 10:22 编辑

我刚试了下，80万左右原子的体系，用4090大概一天能跑60多ns。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 02:18
1 此CPU非常落伍，不用GPU加速跑如此巨大的体系忒费劲。别以为跑200万原子的体系是件容易事，这已经算特别巨大了

2 恰当建模。诸如减少聚合物的聚合度，别用延展开的构象而用蜷缩后的构象

作者
Author: tptp 时间: 2025-5-9 09:21

牧生发表于 2025-5-8 21:44
一百万左右原子的体系，用4090大概一天能跑20多ns。

你这有点慢了，我也用的4090，前两天跑了一个一百二十万原子的体系，一天能跑50ns左右，两天跑了100ns

作者
Author: tptp 时间: 2025-5-9 09:25
GPU加速不是一点半点的，GPU加速能快非常多，能用GPU版本跑就别用CPU版本的gromacs。还有就是你加水的时候那个聚合物结构如果是一条长直链，不管是用立方体盒子还是十二面体盒子都会浪费很多空间，这些空间里填充的水分子量是巨大的，这也没什么意义。我前段时间跑了一个一百二十万原子的体系，4090显卡GPU加速跑一天才能跑50ns，纯CPU都不敢想

作者
Author: lmch 时间: 2025-5-9 10:06
本帖最后由 lmch 于 2025-5-10 23:40 编辑

社长前面都说了，
1、E5-2640 v4已经严重落伍，这是2016的东西了
2、跑gmx，GPU几乎是必须的

另外请问，聚合物拓扑使用什么生成的？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-5-9 10:18
本帖最后由牧生于 2025-5-9 10:22 编辑

tptp 发表于 2025-5-9 09:21
你这有点慢了，我也用的4090，前两天跑了一个一百二十万原子的体系，一天能跑50ns左右，两天跑了100ns

核实了下，确实我记错了。刚看了下，是80万原子，一天60多ns

作者
Author: 风沙 时间: 2025-5-10 13:35

Stardust0831 发表于 2025-5-8 21:32
cpu型号是啥？给了多少核并行？是独占节点么？

脱离计算硬件讨论耗时没意义。

老师CPU型号上面有截图
20核
是的

作者
Author: 风沙 时间: 2025-5-10 13:46

sobereva 发表于 2025-5-9 02:18
1 此CPU非常落伍，不用GPU加速跑如此巨大的体系忒费劲。别以为跑200万原子的体系是件容易事，这已经算特别 ...

1.好的，谢谢老师。目前处在学习阶段，就还没配比较好的配置，导师希望整个流程走通再配好的配置，刚接触计算不是很懂，如果目前的计算速度仅受硬件影响不是我模拟设置的问题那就没关系
2.老师，用蜷缩后构象的意思是我可以单独让聚合物在真空下跑一段时间的模拟蜷缩，再和水、药物分子一起放进盒子里模拟吗？这样盒子的尺寸应该会小很多，水分子数目就会减少很多，跑起来应该会快些，谢谢老师

作者
Author: 风沙 时间: 2025-5-10 13:53

tptp 发表于 2025-5-9 09:25
GPU加速不是一点半点的，GPU加速能快非常多，能用GPU版本跑就别用CPU版本的gromacs。还有就是你加水的时候 ...

1.目前还在学习阶段，而且组里是做纯实验的没有计算资源，导师想让我先学会再配好一点的配置，确实非常的慢
2.加水的时候聚合物结构确实是直链，像您说的用立方盒子就导致盒子结构特别大，要加入的水分子太多了。老师，我是应该单独让聚合物跑一段真空状态下的模拟蜷缩起来再建盒子加水模拟吗？

作者
Author: 风沙 时间: 2025-5-10 13:54

lmch 发表于 2025-5-9 10:06
社长前面都说了，
1、E5-2640 v4已经严重落伍，这是2016的东西了
2、跑gmx，GP几乎U是必须的

好的，谢谢老师，聚合物的拓扑是sobtop生成的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-10 16:21

风沙发表于 2025-5-10 13:46
1.好的，谢谢老师。目前处在学习阶段，就还没配比较好的配置，导师希望整个流程走通再配好的配置，刚接触 ...

2 是的

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