计算化学公社

标题: ORCA 4.0.0 Linux版安装记录 [打印本页]

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-3-16 20:22
标题: ORCA 4.0.0 Linux版安装记录
本帖最后由 ChrisZheng 于 2017-10-15 11:29 编辑

Linux版安装记录

操作系统Arch Linux。感谢李老师的分享。

解压ORCA到/opt：

sudo tar -xjf "orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz" -C /opt

复制代码

另外，对于新版Windows的压缩包，在当前目录解压的命令是：

zstd -d "orca_4_0_1_2_win64_msmpi81.tar.zst" --no-sparse
tar xvf orca_4_0_1_2_win64_msmpi81.tar

复制代码

解压openmpi：

tar -xzf "openmpi-2.0.2.tar.gz" -C /tmp

复制代码

编译安装openmpi：

cd /tmp/openmpi-2.0.2/
./configure --prefix=/opt/openmpi
sudo make -j 4 install

复制代码

小试一把

运行计算前首先设置环境：

export PATH=/opt/openmpi/bin:/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/:${PATH};
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:${LD_LIBRARY_PATH};

复制代码

然后计算：

"/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/orca" "/tmp/TPSSh/TPSSh-SVP.inp" > TPSSh-SVP.out

复制代码

其中TPSSh-SVP.inp的内容是：

! TPSSh D3 def2-SVP def2/J gCP(DFT/SVP) RIJCOSX KDIIS TightSCF Grid4 NoFinalGrid Opt Pal4 NoPOP
%MaxCore 800
!CPCM(Methanol)
%cpcm
smd true
solvent "Methanol"
end
* xyzfile 1 1 TPSS-TZVP.xyz

复制代码

几点感受：

没有感觉明显的速度提升。
对于配合物还是得用 ! KDIIS 。

流水帐，希望能帮到别人。话说论坛发帖不能用Markdown么

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-3-16 20:54
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s →_→ 当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-3-17 00:10

liyuanhe211 发表于 2017-3-16 20:54
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s →_→ 当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→

我怎么记得4.0.0大幅优化了SCF

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-3-17 11:59
本帖最后由 yjcmwgk 于 2017-3-17 12:08 编辑

liyuanhe211 发表于 2017-3-16 20:54
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s →_→ 当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→

你应该回复这样子才好啊
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s 当然就是在误差范围之内毫无变化而已→_→
如果能设置黑幕就更王道了鼠标一移上去就显示“你知道的太多了”这种文字

(, 下载次数 Times of downloads: 100)

作者
Author: 化学势 时间: 2017-3-18 09:48
为啥我之前25hours的任务变成了只要12hours

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-3-18 13:22

化学势发表于 2017-3-18 09:48
为啥我之前25hours的任务变成了只要12hours

可能和用的方法有关，请问您算的是什么？

作者
Author: youyno 时间: 2017-3-18 13:27
我也分享个ORCA-4.0运行的PBS脚本，亲测可用，需要按照自己的安装情况进行修改：
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V
#PBS -q batch

# User defined variables
# Add any files here which are needed by ORCA.
# At a minimum, you need the .inp file, which must be first.
files=( "test.inp" )

cwd=$PBS_O_WORKDIR

export RSH_COMMAND="ssh"

source /etc/profile.d/modules.sh

# Load Orca and included openmpi modules
export PATH=/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64:$PATH
export PATH=/opt/openmpi202/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi202/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/opt/openmpi202/share/man:$MANPATH

# Get the full path to orca (helps with mpi problems)
export ORCA_EXEC=/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/orca

# Internal variables for creating scratch dir
input=${files[0]}
NodeList=( $(cat "$PBS_NODEFILE" | sort | uniq -c) )
ExecHost=$(hostname -s)
JobID=$(echo -n "$PBS_JOBID"|cut -d'.' -f1)
SCRDIR="/tmp/orcajob/$input"

# Create scratch dir
for (( i=0 ; i < ${#NodeList[@]} ; i++ ))
do
      ((i++))
      if [[ ${NodeList[$i]} == "$ExecHost" ]] ; then
            mkdir -p "$SCRDIR"
      else
            ssh -x -n "${NodeList[$i]}" "mkdir -p $SCRDIR"
      fi
done

echo Starting job: "$(date)"
echo Job number: "$(echo "$JobID")"

# Create .nodes file and copy to SCRDIR
cp "$PBS_NODEFILE" "$cwd/${input:0:${#input}-4}.nodes"
cp "$cwd/${input:0:${#input}-4}.nodes" "$SCRDIR"

for file in "${files[@]}"
do
      cp "$cwd/$file" "$SCRDIR/"
done

# cd to scratch dir and start orca

cd "$SCRDIR"
$ORCA_EXEC "$input" > "$cwd/${input:0:${#input}-4}.out"

# orca finished, copy output to user dir
cp "$SCRDIR"/*.* "$cwd"

# remove scratch dir
for (( i=0 ; i < ${#NodeList[@]} ; i++ ))
do
      ((i++))
      if [[ ${NodeList[$i]} == "$ExecHost" ]] ; then
            rm -rf "$SCRDIR"
      else
            ssh -x -n "${NodeList[$i]}" "rm -rf $SCRDIR"
      fi
done

# All done
echo Finish: "$(date)"

作者
Author: 化学势 时间: 2017-3-18 13:33

ChrisZheng 发表于 2017-3-18 13:22
可能和用的方法有关，请问您算的是什么？

DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ单点能

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-3-18 14:02

化学势发表于 2017-3-18 13:33
DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ单点能

可能DLPNO的方法有比较大提升，而DFT提升空间不大了。

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2017-3-18 17:44

yjcmwgk 发表于 2017-3-17 11:59
你应该回复这样子才好啊
经测试从 30 min 37 s 变成了 30 min 33 s 当然就是在误差范围之内毫无变化而 ...

萌娘百科没想到

作者
Author: agent99 时间: 2017-3-23 05:02

youyno 发表于 2017-3-18 13:27
我也分享个ORCA-4.0运行的PBS脚本，亲测可用，需要按照自己的安装情况进行修改：
#!/bin/bash
#PBS -S /b ...

感谢mpi那个fix，亲测orca确实需要full path才可以正常跑并行任务

作者
Author: xujian 时间: 2017-8-16 10:30
请问楼主，这么安装的话是不是要放到tmp文件下才能并行？

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-8-16 14:25

xujian 发表于 2017-8-16 10:30
请问楼主，这么安装的话是不是要放到tmp文件下才能并行？

不是的。你产生这种误解可能是因为我把openmpi解压到/tmp下了，以及我的例子代码也是在/tmp。其实，openmpi只是解压到了/tmp，下一步安装的时候是安装到了/opt/openmpi，后面的环境配置也是这样的。在/tmp里跑运算就是我的一个坏习惯，你也可以在别的地方跑。

祝您使用愉快

作者
Author: xujian 时间: 2017-8-16 14:54

ChrisZheng 发表于 2017-8-16 14:25
不是的。你产生这种误解可能是因为我把openmpi解压到/tmp下了，以及我的例子代码也是在/tmp。其实，openm ...

谢谢您，我现在就是遇到不能并行的情况，我再捣鼓捣鼓

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-8-16 15:15

xujian 发表于 2017-8-16 14:54
谢谢您，我现在就是遇到不能并行的情况，我再捣鼓捣鼓

1. openmpi是否正确安装？版本？路径？权限？环境变量？
2. 命令打的对不对？是直接输命令还是通过提交脚本？直接输命令是不是用的绝对路径？
3. 输入文件对不对？先用最简单的输入文件试试？
4. 操作系统是不是正常？

祝您好运。

作者
Author: 蓝胖 时间: 2017-11-17 20:39
怎么解压orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz这个文件时候怎么老是错误呀，命令是这个吗sudo tar -xjf "orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz" -C /opt

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-11-17 20:50

蓝胖发表于 2017-11-17 20:39
怎么解压orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz这个文件时候怎么老是错误呀，命令是这个吗sudo tar -xjf ...

我这里假设您的电脑上有/opt这个目录，如果您没有，创建或者换个合适的地方。

作者
Author: abdoman 时间: 2017-11-17 21:36
没用过orca，有几个疑问：
1. tmp文件要拷贝到每个节点吗？
2. 并行的时候，节点间的临时文件不用同步？还是说都是一样的，通过mpi来完成的？
3. 用NFS 会不会比较方便。当然效率有影响 #如果有IB，就无所谓了。

作者
Author: dy19930508 时间: 2017-11-17 22:52
老师您好！我安装orca后，运行出现如下错误“orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so: cannot open shared object file: No such file or directory”，是什么原因导致的呢？谢谢！

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-11-18 19:33

dy19930508 发表于 2017-11-17 22:52
老师您好！我安装orca后，运行出现如下错误“orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_ ...

需要把.so文件所在目录加到环境变量类似这样

export PATH=/opt/openmpi/bin:/opt/orca_3_0_3_linux_x86-64:${PATH};
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:${LD_LIBRARY_PATH};

复制代码

这里面的目录需要改成你实际的

作者
Author: dy19930508 时间: 2017-11-22 10:33

ChrisZheng 发表于 2017-11-18 19:33
需要把.so文件所在目录加到环境变量类似这样

谢谢老师！

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-25 16:46
老师您好，这个 windows 版本的是什么意思啊，在windows下也可以跑？

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-25 16:51
ORCA需要和CFOUR一样类似的使用权限许可的吗？直接用您分享的安装包的话可以吗

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-12-25 16:51

尚艳磊发表于 2017-12-25 16:46
老师您好，这个 windows 版本的是什么意思啊，在windows下也可以跑？

ORCA有Windows版，可以在Windows下跑。我这里讲的都是Linux下安装配置的方法，Windows只是提了一下。

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-25 18:48

ChrisZheng 发表于 2017-12-25 16:51
ORCA有Windows版，可以在Windows下跑。我这里讲的都是Linux下安装配置的方法，Windows只是提了一下。

老师，解压的时候遇到了问题：
[shangyl@cpu-master ORCA]$ tar -xjf orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz

bzip2: Data integrity error when decompressing.
Input file = (stdin), output file = (stdout)

It is possible that the compressed file(s) have become corrupted.
You can use the -tvv option to test integrity of such files.

You can use the `bzip2recover' program to attempt to recover
data from undamaged sections of corrupted files.

tar: Unexpected EOF in archive
tar: Unexpected EOF in archive
tar: Error is not recoverable: exiting now

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-12-25 18:54

尚艳磊发表于 2017-12-25 18:48
老师，解压的时候遇到了问题：
[shangyl@cpu-master ORCA]$ tar -xjf orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi2 ...

里面提示了

It is possible that the compressed file(s) have become corrupted.
You can use the -tvv option to test integrity of such files.

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-25 19:01

ChrisZheng 发表于 2017-12-25 18:54
里面提示了

我试了 -tvv 卡了很久额
那个盘里面是orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202 (2).tbz
是不是坏了呀？

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-12-25 19:38

尚艳磊发表于 2017-12-25 19:01
我试了 -tvv 卡了很久额
那个盘里面是orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202 (2).tbz
是不是坏了呀 ...

我没明白你的意思

，不行重新下载试试？

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-25 20:17

ChrisZheng 发表于 2017-12-25 19:38
我没明白你的意思，不行重新下载试试？

嗯嗯，我正在试sob老师提供的4.0.1.2.
安装步骤应该一样
多谢啦~圣诞快乐~

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-26 09:58

ChrisZheng 发表于 2017-11-18 19:33
需要把.so文件所在目录加到环境变量类似这样

老师，您好！
我设置了环境变量：vi ~/.bashrc
export PATH=/home3/shangyl/ORCA/Openmpi/bin:/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202/:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/home3/shangyl/ORCA/Openmpi/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
之后我小试一把，和楼上前辈是一样的结果

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-26 11:03

尚艳磊发表于 2017-12-26 09:58
老师，您好！
我设置了环境变量：vi ~/.bashrc
export PATH=/home3/shangyl/ORCA/Openmpi/bin:/home3/s ...

/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so: cannot open shared object file: No such file or directory

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-12-26 11:14

尚艳磊发表于 2017-12-26 11:03
/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so ...

安装tree包，比如

apt-get install tree

然后在那个目录里执行一下tree，看看目录结构到底是什么样的，你配置的环境变量是否有错误。

或者执行一下source ~/.bashrc试试

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-26 17:39

尚艳磊发表于 2017-12-26 11:03
/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so ...

恰当设定LD_LIBRARY_PATH
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6555

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-26 19:07

ChrisZheng 发表于 2017-12-26 11:14
安装tree包，比如

apt-get install tree

多谢老师前辈，已经安装了静态库的ORCA，正在摸索中。

作者
Author: 刘芳芳 时间: 2018-1-31 20:00
请问解压和安装mpi都要通过执行命令实现吗？我是直接下载到D盘然后鼠标点击解压然后在环境设置里输入了全路径还有orca的全路径，可是并行的时候出错了下边是我的输入文件
! RHF SVP Opt pal2

* xyz 0 1
C 0 0 0
O 0 0 1.13
*
给的结果是 ORCA finished by error termination in orca_GTOInt

作者
Author: zmm0418 时间: 2019-7-17 10:14

化学势发表于 2017-3-18 13:33
DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ单点能

请问老师，你计算的原子有多少个呀

作者
Author: 化学势 时间: 2019-11-24 18:39

zmm0418 发表于 2019-7-17 10:14
请问老师，你计算的原子有多少个呀

150

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)