计算化学公社

标题: DFT计算如何考虑溶剂化结构的动态效应 [打印本页]

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Author: jlyjlysjd 时间: 2025-5-9 20:39
标题: DFT计算如何考虑溶剂化结构的动态效应
我在文章中计算了水合锌离子结构，对其进行了在隐式溶剂模型SMD条件下的结构优化以及频率和能量的计算，但是审稿人的审稿意见中这样说道“从论文中不清楚DFT计算是否考虑了溶剂化结构的动态效应（例如热上升和热下降）”，请问这个动态效应和热上升和热下降是什么意思。

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-5-9 20:43
看不到审稿意见原文的用词没法具体判断。
这种体系似乎会很喜欢用gmx的动力学模拟来讨论溶剂化，不知道审稿人是不是在关注类似的问题。

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2025-5-9 20:46
本帖最后由 jlyjlysjd 于 2025-5-9 20:49 编辑

Stardust0831 发表于 2025-5-9 20:43
看不到审稿意见原文的用词没法具体判断。
这种体系似乎会很喜欢用gmx的动力学模拟来讨论溶剂化，不知道审 ...

他的原文是这样的： It is not clear from the paper whether the DFT calculations take into account dynamic effects (e.g. thermal rise and fall) of the solvated structure and are based on static structure optimisation only. Dynamic stability verification (e.g., vibrational frequency analysis) of key structures needs to be added.
后面他建议说进行振动频率分析，但我不理解是振动频率分析和这个dynamic effects (e.g. thermal rise and fall) 有什么关联。
本身我的这个工作主要使用的分子动力学来进行研究的，DFT计算只是辅助，在动力学NPT阶段我倒是使用了退火，这个可以认为是热下降过程吗

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-5-9 20:53
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-5-9 20:55 编辑

jlyjlysjd 发表于 2025-5-9 20:46
他的原文是这样的： It is not clear from the paper whether the DFT calculations take into account d ...

他可能在向你确认你有没有考虑不同构象。如何构象搜索可以看《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》。我觉得可以跑一段动力学模拟，然后统计模拟过程中的相互作用。
振动频率分析是用来确认当前结构是否处于势能面极小点的，必须检查过没有虚频才能说明优化出的结构是可靠的。这句应该是一个单独的问题。

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2025-5-9 20:55

Stardust0831 发表于 2025-5-9 20:53
他可能在向你确认你有没有考虑不同构象。如何构象搜索可以看《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象 ...

好的，谢谢

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