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标题: 求助是否能够使用GROMACS模拟气体和有机质体系 [打印本页]

作者
Author: 我去3000年 时间: 2025-5-10 01:35
标题: 求助是否能够使用GROMACS模拟气体和有机质体系
各位老师好！我想使用GROMACS模拟下氮气和二氧化碳气泡跟有机物相互作用，不知道是否可行？如果可行的话用什么力场比较合适呢？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-5-10 01:39
可以模拟。可以找找文献里有没有专用的力场。找不到合适的力场也可以让试试用这里这些工具生成一个《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-10 03:25
完全可行且极为适合
其中氮气和CO2建议用TraPPE-small力场，论坛首页全文搜索框搜索，有现成的拓扑文件。

作者
Author: 我去3000年 时间: 2025-5-10 13:06

Stardust0831 发表于 2025-5-10 01:39
可以模拟。可以找找文献里有没有专用的力场。找不到合适的力场也可以让试试用这里这些工具生成一个《几种生 ...

谢谢！

作者
Author: 我去3000年 时间: 2025-5-10 13:06

sobereva 发表于 2025-5-10 03:25
完全可行且极为适合
其中氮气和CO2建议用TraPPE-small力场，论坛首页全文搜索框搜索，有现成的拓扑文件。

谢谢sob老师！

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