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标题: 吸附剂吸附三价砷，计算结合能分子建模选择求助 [打印本页]

作者
Author: 哈哈哈哈哈aaa 时间: 2025-5-10 21:18
标题: 吸附剂吸附三价砷，计算结合能分子建模选择求助
本帖最后由哈哈哈哈哈aaa 于 2025-5-12 09:26 编辑

想计算锆吸附剂吸附三价砷，砷是H3AsO3的形式，隐式结构模型，计算结合能，但总是算出来是正的，可否只按照As原子的形式，设置体系电荷+3，自旋多重度1，隐式结构模型，尝试计算结合能？
以下分别是我的Zr吸附As以及吸附前Zr、As的输入、输出文件，想请各位老师帮忙看一下

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 04:07
这种提问过于含糊，吸附剂具体是什么，三价砷是什么形态，当前计算用的具体结构是什么，用什么程序的什么计算级别计算、具体是什么计算流程、用的什么输入输出文件，等等各种细节全都没有，没人愿意回答这种要靠脑补的问题。

注意看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 哈哈哈哈哈aaa 时间: 2025-5-12 09:27

sobereva 发表于 2025-5-12 04:07
这种提问过于含糊，吸附剂具体是什么，三价砷是什么形态，当前计算用的具体结构是什么，用什么程序的什么计 ...

好的sob老师，我已经重新编辑我的帖子，您看看我的问题具体在哪里呢

作者
Author: 哈哈哈哈哈aaa 时间: 2025-5-12 10:15

sobereva 发表于 2025-5-12 04:07
这种提问过于含糊，吸附剂具体是什么，三价砷是什么形态，当前计算用的具体结构是什么，用什么程序的什么计 ...

1、sob老师，我只进行了opt+freq任务，没有用高级别再算单点能，直接读了opt+freq输出的电子能量进行结合能的计算，会是这个原因导致计算有误吗？

2、如果需要再用高级别计算单点能，比较推荐用哪个基组呢？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-5-12 10:33
你的 Zr.gjf 没设溶剂，另外两个都设溶剂了。

作者
Author: 哈哈哈哈哈aaa 时间: 2025-5-12 10:50

北大-陶豫发表于 2025-5-12 10:33
你的 Zr.gjf 没设溶剂，另外两个都设溶剂了。

那我能在输出文件的基础上加上溶剂再继续算吗，这样会节约计算耗时吗？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-5-12 11:07

哈哈哈哈哈aaa 发表于 2025-5-12 10:50
那我能在输出文件的基础上加上溶剂再继续算吗，这样会节约计算耗时吗？

对，就应该在输出文件的结构基础上继续优化，还可以 opt=readfc 读取上次计算的频率，也有助于优化

作者
Author: 哈哈哈哈哈aaa 时间: 2025-5-14 19:02

北大-陶豫发表于 2025-5-12 11:07
对，就应该在输出文件的结构基础上继续优化，还可以 opt=readfc 读取上次计算的频率，也有助于优化

老师，我的Zr重新添加了溶剂，计算吸附能为什么还是正的呢？

作者
Author: 哈哈哈哈哈aaa 时间: 2025-5-14 19:06
各位老师，以下分别是我重新计算的输入、输出文件

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-5-16 17:58

哈哈哈哈哈aaa 发表于 2025-5-14 19:06
各位老师，以下分别是我重新计算的输入、输出文件

我怀疑你的 Zr 团簇没优化好。在 Zr-As 复合物里，你的 Zr 团簇结构看起来比较正常，相邻的两个 Zr 之间的羟桥的数目都是 2 个；但是在你的 Zr 团簇 rgZr里，有两个 Zr 之间的羟桥的数目是 3 个，为什么会有这样的结构？你可以取 Zr-As 复合物里的 Zr 团簇结构进行优化，看看能量会不会更低。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-16 19:08

北大-陶豫发表于 2025-5-16 17:58
我怀疑你的 Zr 团簇没优化好。在 Zr-As 复合物里，你的 Zr 团簇结构看起来比较正常，相邻的两个 Zr 之间 ...

现实存在并已有晶体结构表征的团簇[Zr4(OH)8(H2O)16]8+里每个锆都是八配位的，这点我在http://bbs.keinsci.com/thread-52705-1-1.html已经说了。可惜楼主过了一个多月还在用着缺少水分子的六配位锆模型，那优化成什么样都合理不了啊。

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