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标题: 求助MMPBSA计算蛋白质-蛋白质结合能为正值 [打印本页]

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Author: HDW98 时间: 2025-5-11 07:34
标题: 求助MMPBSA计算蛋白质-蛋白质结合能为正值
计算一个symmetric protein的结合能，且已经知道该天然蛋白质是可以结合的，我的课题是要分开他。计算均用ambertool的mmpbsa.py。在模拟了200 ns后取了最后的25 ns 约500帧，计算后结果明显异常，想请教一下各位老师排查问题的常规思路，我是初学者应该有很多低级错误，请各位老师帮下忙感谢！

。

mmpbsa.in：&general
  startframe=3490,
  endframe=3990,
  interval=1,
  verbose=2,
  keep_files=1,
  strip_mask = ":WAT,Cl*,CIO,Cs+,IB,K*,Li+,MG*,Na+,Rb+,CS,RB,NA,F,CL",
/
&gb
  igb=5,
  saltcon=0.150,
/
&pb
  istrng=0.150,
  fillratio=3.0,
/
  &decomp
  idecomp=1,
  dec_verbose=0,
  csv_format=1,
/

结果GB的自由能： Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                      -0.0000             0.0000             0.0000
ANGLE                      -0.0000             0.0000             0.0000
DIHED                      -0.0111             0.0093             0.0028
VDWAALS                -258.1189             7.9102             2.3850
EEL                      -572.3215             28.2050             8.5041
1-4 VDW                   0.0000             0.0000             0.0000
1-4 EEL                   -0.0000             0.0001             0.0000
EGB                      783.6395             20.2366             6.1016
ESURF                   -37.1490             1.0643             0.3209

DELTA G gas             -830.4516             27.2142             8.2054
DELTA G solv             746.4904             20.2104             6.0937

DELTA TOTAL             -83.9611             11.7399             3.5397

但是PB的结果确实正的：
Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                      -0.0000             0.0000             0.0000
ANGLE                      -0.0000             0.0000             0.0000
DIHED                      -0.0111             0.0093             0.0028
VDWAALS                -258.1189             7.9102             2.3850
EEL                      -572.3215             28.2050             8.5041
1-4 VDW                   0.0000             0.0000             0.0000
1-4 EEL                   -0.0000             0.0001             0.0000
EPB                      696.6361             19.5320             5.8891
ENPOLAR                -200.7016             4.2160             1.2712
EDISPER                   385.2201             5.5607             1.6766

DELTA G gas             -830.4516             27.2142             8.2054
DELTA G solv             881.1545             18.5967             5.6071

DELTA TOTAL                50.7030             15.9857             4.8199

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 04:12
用较好的GBneck2（igb=8，详见手册）做MM/GBSA，如果结果满足期望，就用这个

作者
Author: HDW98 时间: 2025-5-12 17:39

sobereva 发表于 2025-5-12 04:12
用较好的GBneck2（igb=8，详见手册）做MM/GBSA，如果结果满足期望，就用这个

感谢！顺带请教一下为什么pbsa和gbsa结异常的原因嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 19:06

HDW98 发表于 2025-5-12 17:39
感谢！顺带请教一下为什么pbsa和gbsa结异常的原因嘛

二者求解思想差异极大，PB求解过程复杂。如果明显有异常，宁可用稳定性相对更好的GB（结合合理的有效Born半径计算方式）。另外，用GBNSR6结果可能更好

作者
Author: HDW98 时间: 2025-5-13 05:32

sobereva 发表于 2025-5-12 19:06
二者求解思想差异极大，PB求解过程复杂。如果明显有异常，宁可用稳定性相对更好的GB（结合合理的有效Born ...

谢谢老师

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