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标题: 使用MMGBSA方法计算稳定蛋白质-配体体系自由结合能大于零 [打印本页]
作者
Author: AxiEJohn    时间: 2025-5-11 11:32
标题: 使用MMGBSA方法计算稳定蛋白质-配体体系自由结合能大于零
本帖最后由 AxiEJohn 于 2025-5-11 11:34 编辑

如题，本人在模拟蛋白质-配体复合体系时遇见即使是稳定在口袋后的蛋白质-配体体系，各项指标均表示体系趋向稳定后，计算出的结合能却为正数。本人甚至尝试换了一个更精细的蛋白质pdb（1.7Å），但仍在稳定后计算出正数。自我认为拓扑是没有问题的，因为本人已经进行过多次模拟，只在模拟此配体和其他蛋白的复合体系中出现此情况，同时VINA对接结果如下：
  1. Estimated Free Energy of Binding   : -5.089 (kcal/mol) [=(1)+(2)+(3)-(4)]
  2. (1) Final Intermolecular Energy    : -8.065 (kcal/mol)
  3.     Ligand - Receptor              : -8.065 (kcal/mol)
  4.     Ligand - Flex side chains      : 0.000 (kcal/mol)
  5. (2) Final Total Internal Energy    : -1.787 (kcal/mol)
  6.     Ligand                         : -1.787 (kcal/mol)
  7.     Flex   - Receptor              : 0.000 (kcal/mol)
  8.     Flex   - Flex side chains      : 0.000 (kcal/mol)
  9. (3) Torsional Free Energy          : 2.975 (kcal/mol)
  10. (4) Unbound System's Energy        : -1.787 (kcal/mol)
  11. ENERGY FROM SEARCH: -9.847
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  1. -------------------------------------------------------------------------------
  2. Delta (Complex - Receptor - Ligand):
  3. Energy Component       Average     SD(Prop.)         SD   SEM(Prop.)        SEM
  4. -------------------------------------------------------------------------------
  5. ΔBOND                    -0.00          2.19       0.00         0.25       0.00
  6. ΔANGLE                   -0.00          3.48       0.00         0.39       0.00
  7. ΔDIHED                    0.00          2.14       0.00         0.24       0.00
  8. ΔVDWAALS                -32.12          0.62       2.05         0.07       0.23
  9. ΔEEL                    -90.27          3.04      13.13         0.34       1.48
  10. Δ1-4 VDW                  0.00          1.10       0.00         0.12       0.00
  11. Δ1-4 EEL                 -0.00          1.51       0.00         0.17       0.00
  12. ΔEGB                    189.78          4.17      13.14         0.47       1.48
  13. ΔESURF                   -4.89          0.03       0.22         0.00       0.02

  15. ΔGGAS                  -122.39          3.10      13.26         0.35       1.49
  16. ΔGSOLV                  184.90          4.17      13.05         0.47       1.47

  18. ΔTOTAL                   62.51          5.20       3.68         0.58       0.41
  19. -------------------------------------------------------------------------------
  20. -------------------------------------------------------------------------------
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面对这种情况如何解决？希望各位老师能不吝赐教，指点迷津。

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所有文件都附有说明，劳烦将鼠标移动至文件名处查看。

作者
Author: 18217265596    时间: 2025-5-11 11:39
分子力场误差大是正常的 你要么试试半经验方法抽一帧算一下？ 比如PM7 看看正负是否一致
作者
Author: AxiEJohn    时间: 2025-5-11 21:14
18217265596 发表于 2025-5-11 11:39
分子力场误差大是正常的 你要么试试半经验方法抽一帧算一下？ 比如PM7 看看正负是否一致

谢谢您指点，我算一算。配置不太好得算一阵了
作者
Author: 18217265596    时间: 2025-5-12 09:16
AxiEJohn 发表于 2025-5-11 21:14
谢谢您指点，我算一算。配置不太好得算一阵了

不用 PM7结合mozyne 一个结构4核 1小时内绝对算完



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