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标题: 用Gromacs做纯离子液体的VACF，请教一下参照文献参数做出来的曲线为什么不平滑 [打印本页]

作者
Author: zy12 时间: 2025-5-11 12:58
标题: 用Gromacs做纯离子液体的VACF，请教一下参照文献参数做出来的曲线为什么不平滑
请教一下做出来的数据为啥没文献上看起来的平滑的原因是什么

作者
Author: zy12 时间: 2025-5-11 13:00
命令是gmx velacc -f prod14.trr -s prod14.tpr -n index1.ndx -o cation_vac15.xvg -dt 0.05 -b 80000 -e 120000

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-11 18:32

zy12 发表于 2025-5-11 13:00
命令是gmx velacc -f prod14.trr -s prod14.tpr -n index1.ndx -o cation_vac15.xvg -dt 0.05 -b 80000 -e ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-11 18:36
nstvout = 500设得太大，速度每0.5 ps保存一次速度，显然导致VACF统计间隔非常大

作者
Author: zy12 时间: 2025-5-11 18:48

sobereva 发表于 2025-5-11 18:32
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎， ...

好的社长我下次注意。

作者
Author: zy12 时间: 2025-5-11 18:50

sobereva 发表于 2025-5-11 18:36
nstvout = 500设得太大，速度每0.5 ps保存一次速度，显然导致VACF统计间隔非常大

社长请问Gromacs能分时间段设置保存频率吗，如果按0.05 ps保存速度的话，跑120 ns最后出来的trr文件太大了，就像文献中后80-120 ns以小频率保存

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-11 19:50

zy12 发表于 2025-5-11 18:50
社长请问Gromacs能分时间段设置保存频率吗，如果按0.05 ps保存速度的话，跑120 ns最后出来的trr文件太大 ...

不能
分两次跑。或者跑一次之后，再用trjconv处理，之后删除原轨迹

作者
Author: zy12 时间: 2025-5-11 20:27

sobereva 发表于 2025-5-11 19:50
不能
分两次跑。或者跑一次之后，再用trjconv处理，之后删除原轨迹

社长，请问分两次跑的话，第一次的trr文件还要吗还是只是拿最后一帧的gro文件当做初始结构跑第二次的模拟，用第二次生成的trr文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 00:35

zy12 发表于 2025-5-11 20:27
社长，请问分两次跑的话，第一次的trr文件还要吗还是只是拿最后一帧的gro文件当做初始结构跑第二次的模 ...

不需要

是

作者
Author: zy12 时间: 2025-5-12 12:07

sobereva 发表于 2025-5-12 00:35
不需要

是

好的谢谢社长

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