计算化学公社

标题: 导出的itp文件没有位置限制，在执行NVT步骤时出现报错 [打印本页]

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Author: bling莹莹子 时间: 2025-5-11 20:19
标题: 导出的itp文件没有位置限制，在执行NVT步骤时出现报错
各位老师好，我用charmmgui构建了一个膜蛋白体系，并导出了应用于gromacs分子动力学模拟的文件，但是在执行NVT步骤时出现报错。报错内容如下，文件我已上传至附件，希望得到各位老师解答！

作者
Author: student0618 时间: 2025-5-11 23:09
provide the whole topology and preferably also the coordinates, otherwise hard to tell.

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-5-11 23:39

student0618 发表于 2025-5-11 23:09
provide the whole topology and preferably also the coordinates, otherwise hard to tell.

我将位置限制全部改成了1000,平衡后结构没有太大的变化，运行结束后看下结果。据说用charmmgui下载的mdp文件运行是不会出现我这种报错问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 03:16

bling莹莹子发表于 2025-5-11 23:39
我将位置限制全部改成了1000,平衡后结构没有太大的变化，运行结束后看下结果。据说用charmmgui下载的mdp ...

别答非所问
人家让你提供完整的拓扑文件。当前的问题是拓扑文件导致的

当前拓扑信息是诸如：
[ position_restraints ]
11 1 0.0 0.0 POSRES_FC_LIPID

倘若POSRES_FC_LIPID变量没有在拓扑文件里被定义，自然会报错。这跟mdp根本没直接关系。

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-5-12 13:19
好的，谢谢老师的提醒，是我的理解不正确。我已经上传了我的拓扑文件

作者
Author: CrysW555 时间: 2025-5-12 13:28
本帖最后由 CrysW555 于 2025-5-12 13:47 编辑

bling莹莹子发表于 2025-5-12 13:19
好的，谢谢老师的提醒，是我的理解不正确。我已经上传了我的拓扑文件

包含的itp文件应该一并上传以供讨论，另外，我记得charmmgui生成的文件中，位置限制的定义好像是mdp文件的第一行，请检查equilibrium步的mdp文件的开头

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-5-12 15:34
本帖最后由 bling莹莹子于 2025-5-12 15:37 编辑

CrysW555 发表于 2025-5-12 13:28
包含的itp文件应该一并上传以供讨论，另外，我记得charmmgui生成的文件中，位置限制的定义好像是mdp文件的 ...

好的好的，非常感谢，经过检查，确实charmmgui生成的mdp文件中定义了位置限制，我在运行时没有考虑此定义。

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