计算化学公社

标题: 求助使用gmx spatial命令计算了SDF，使用VMD查看时候感觉有点丑 [打印本页]

作者
Author: raku 时间: 2025-5-11 21:25
标题: 求助使用gmx spatial命令计算了SDF，使用VMD查看时候感觉有点丑
各位老师，我使用gmx spatial命令计算了SDF，使用VMD查看时候感觉有点丑，不知道multiwfn能不能显示好看点，有没有什么好的建议
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-5-11 22:18
发帖时务必注意恰当填写标题！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-5-11 22:28
推荐一下《使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版》
也可以参考这个改《用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）》

当前格点数据看起来很粗糙，可能是采样不足/精度不够的原因，这是计算cub时候的问题了，与“美观显示”无关

作者
Author: student0618 时间: 2025-5-11 23:07
本帖最后由 student0618 于 2025-5-11 23:10 编辑

use volmap in VMD, you can search in the forum. e.g. see http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2901&pid=334895

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 00:41
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “cube美观显示” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

格点间距太大，等值面不丑才怪。并且用volmap考虑Gaussian函数平滑效果好得多，搜公社论坛，我回答过无数次

作者
Author: raku 时间: 2025-5-12 10:37

sobereva 发表于 2025-5-12 00:41
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

嗯嗯谢谢社长，我尝试用volmap试下

作者
Author: raku 时间: 2025-5-12 10:38

student0618 发表于 2025-5-11 23:07
use volmap in VMD, you can search in the forum. e.g. see http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redir ...

Thanks for your kind reply and I will try to rerun the SDF using volmap.

作者
Author: raku 时间: 2025-5-12 10:39

Stardust0831 发表于 2025-5-11 22:28
推荐一下《使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版》
也可以参考这个改《用VMD绘制艺术级轨道等 ...

明白了，我试试更小的采样区间

作者
Author: raku 时间: 2025-5-12 10:39

北大-陶豫发表于 2025-5-11 22:18
发帖时务必注意恰当填写标题！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=9348&fromuid=1 ...

谢谢提醒！去复习规定了

作者
Author: raku 时间: 2025-5-12 16:46

student0618 发表于 2025-5-11 23:07
use volmap in VMD, you can search in the forum. e.g. see http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redir ...

Hello professor, I am encountering an issue when using Volmap, could you please give some comments/advice?
My system consisted of 1000 molecules, the first 200 is molecule A, the other 800 molecules are B. I wish to calculate spatial distrubution of resid 101(molecule A) to check how the molecule B surrounding the molecule A. how can i selecet molecules in volmap?
In gmx spatail command, I can select correspoind molecules using interactive selection command. but i am confused how to select in Volmap.

作者
Author: student0618 时间: 2025-5-12 21:30

raku 发表于 2025-5-12 16:46
Hello professor, I am encountering an issue when using Volmap, could you please give some comments ...

就用vmd中显示出那些分子的方法，可参考sob老师的帖http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
或论坛搜vmd的selection syntax/语法，有大量例子。

(我只是个学生哦，不用那么客气，先前电脑没中文输入法便用英语回)

作者
Author: raku 时间: 2025-5-12 22:00

student0618 发表于 2025-5-12 21:30
就用vmd中显示出那些分子的方法，可参考sob老师的帖http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
或论 ...

谢谢！我参考Sob老师的帖子看看。ありがとう！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)