计算化学公社

标题: 使用Multiwfn自由体积可视化问题 [打印本页]

作者
Author: chenyp 时间: 2025-5-12 01:26
标题: 使用Multiwfn自由体积可视化问题
各位朋友好，我想请教一个有个VMD可视化的问题。我的.xyz文件是从.lammpstrj中写的，然后.xyz用vesta转化成.pdb文件，手动加上盒子的信息（CRYST1 41.429 41.429 41.429  90.00  90.00  90.00 P 1          1）。得到.pdb后利用multiwfn计算了自由体积，然后使用vmd可视化发现自由体积的区域与分子错开了一部分。请问这个需要怎么解决，非常感谢您的回答！
(, 下载次数 Times of downloads: 21)
.lammpstrj前几行
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
6080
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
7.6092363239610208e+00 4.9038641676028192e+01
7.6092363239610208e+00 4.9038641676028192e+01
7.6092363239610208e+00 4.9038641676028192e+01
ITEM: ATOMS id type x y z
3891 27 12.842 10.7337 11.8651
2402 20 14.4924 9.0119 8.67314

.xyz前几行：
6080
generated by python code
C 13.8582 10.6294 11.6696
H 14.5294 11.2472 12.2573

.pdb前几行：
COMPND    generated by python code
COMPND 1Created by VESTA
CRYST1 41.429 41.429 41.429  90.00  90.00  90.00 P 1          1
HETATM 1 C1                13.858  10.629  11.670  1.00  0.00          C
HETATM 2 H1                14.529  11.247  12.257  1.00  0.00          H

.cub前几行：

Generated by Multiwfn
Totally    4574296 grid points
6080 0.000000 0.000000 0.000000
  166 0.474482 0.000000 0.000000
  166 0.000000 0.474482 0.000000
  166 0.000000 0.000000 0.474482
6 6.000000 26.187825 20.085899 22.053104
1 1.000000 27.455831 21.253750 23.162373

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 02:04
lammps的情况我不清楚。没有你的完整文件也没法测试。我只能说常规的带盒子的体系，习俗上坐标是从0,0,0开始。建议你确保用VMD载入pdb文件并用pbc box显示盒子后，能看到原子都在盒子范围内，如果不是这样说明之前的处理有问题

作者
Author: chenyp 时间: 2025-5-12 09:54
pdb文件也是这样，盒子与分子簇发生了偏移。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-12 14:13
去python脚本、.xyz文件和VESTA的绕圈操作意义不明，直接用VMD加载.lammpstrj轨迹，主窗口选中相应molecule id再去File - Save Coordinates保存相应帧为.pdb格式不就转换好格式了……而且.lammpstrj本就有盒子信息，VMD加载完以后pbc box也能画出来。说起来ITEM: BOX BOUNDS定义的盒子范围为什么不是从0开始呢？

作者
Author: chenyp 时间: 2025-5-12 16:36
问题已经解决了，我把盒子移动了。
set sel [atomselect top all]
$sel moveby {-8.19026 -8.19026 -8.19026}
非常感谢您们的回复！

说起来ITEM: BOX BOUNDS定义的盒子范围为什么不是从0开始呢？（不是很清楚

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)