计算化学公社

标题: CI-NEB计算Pt+O2系统耗时严重 [打印本页]

作者
Author: yyyyang 时间: 2025-5-12 18:41
标题: CI-NEB计算Pt+O2系统耗时严重

老师您好，

我在做CI-NEB计算O₂吸附在Pt表面时，每一步迭代大约耗时9秒，.inp 文件是通过 Multiwfn 生成的，nproc_rep 设置为16。尝试将其调整为10/10后，每步迭代时间增加到了14秒左右。优化结构每一步的迭代耗时3.4s。目前任务是用 cpu=128、mpiprocs=128 提交的，用的是 cp2k.popt 版本。

另外，用相同的Pt表面计算H₂O分子吸附时，结构优化始终无法让H₂O吸附到Pt表面。我也试过直接把O-Pt键长设为1.9 Å再优化，结果还是没能成键。请问这种情况可能是什么原因导致的呢？

感谢老师和大家的帮助！

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-12 19:50
是不是NUMBER_OF_REPLICA 和NPROC_REP设置的不合理

作者
Author: yyyyang 时间: 2025-5-12 20:27

spinel 发表于 2025-5-12 19:50
是不是NUMBER_OF_REPLICA 和NPROC_REP设置的不合理

我也感觉，但试了16/16，16/8，目前还是10/16的9s左右是最快的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-12 21:35
当前10个NEB点，总共128个进程，设nproc_rep=16完全不合理。如果必须10个NEB点，应当nproc_rep=12，总共用12*10=120进程。要在不超过总物理核心数的前提下尽量让所有NEB点同时跑

每个副本SCF迭代每一轮耗时9秒算不上多，本来原子数也不很少、k点数也不少、每个副本的进程数也不多。并且绝对不要光关注这个的耗时，真正要关注的是NEB每一步的耗时，这才是最直接影响总耗时的。

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里讲“过渡态搜索与反应路径的产生”的部分我专门强调了
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如果H2O在Pt表面本来就没化学吸附，放近了也没意义

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-12 22:16
H2O在Pt上的吸附应该不会直接成键，我做过H2O在Pt（111）面上的吸附，优化前Pt-O键长为1.9Å，优化完后变为2.3Å，可以顺利完成优化任务

作者
Author: yyyyang 时间: 2025-5-13 04:09

sobereva 发表于 2025-5-12 21:35
当前10个NEB点，总共128个进程，设nproc_rep=16完全不合理。如果必须10个NEB点，应当nproc_rep=12，总共用1 ...

谢谢sob老师。

作者
Author: yyyyang 时间: 2025-5-13 04:10

spinel 发表于 2025-5-12 22:16
H2O在Pt上的吸附应该不会直接成键，我做过H2O在Pt（111）面上的吸附，优化前Pt-O键长为1.9Å，优化完后 ...

对，我的是总会优化在2.4Å左右收敛结束。

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