计算化学公社

标题: 求助：使用Multiwfn的SCPA电荷分析结果整体电荷不守恒 [打印本页]

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Author: hpct 时间: 2025-5-13 10:10
标题: 求助：使用Multiwfn的SCPA电荷分析结果整体电荷不守恒
本帖最后由 hpct 于 2025-5-14 16:33 编辑

各位老师好，最近在使用mlutiwfn进行原子电荷分析的过程中遇到了整体电荷不守恒的问题，希望有老师能够给予解答。整体体系为三层原子，自下往上分为固定层，自由层，剪切层，在剪切层上施加不同速度。使用CP2K跑完动力学过程之后，将得到的molden文件使用Multiwfn的主功能7布局分析与原子电荷计算，并使用其中的SCPA方法计算，得到最终的pqr文件，最后统计得出结果，在剪切曾速度为8Å时，原子电荷不守恒。 (, 下载次数 Times of downloads: 26) (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 3) [url=通过网盘分享的文件：2ps-MOS-1_0.7z 链接: https://pan.baidu.com/s/1QlBuCAWTLTMNL8Vyc4wpew 提取码: qui3]通过网盘分享的文件：2ps-MOS-1_0.7z 链接: https://pan.baidu.com/s/1QlBuCAWTLTMNL8Vyc4wpew 提取码: qui3[/url]

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-13 10:28
请将其他CP2K的输入输出文件打包压缩上传为帖子附件看看，想先确认下这六百多金属原子的体系的波函数计算细节。

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-13 10:40

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-13 10:28
请将其他CP2K的输入输出文件打包压缩上传为帖子附件看看，想先确认下这六百多金属原子的体系的波函数计算细 ...

好的老师，我已经上传了，麻烦老师了

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-13 10:58

hpct 发表于 2025-5-13 10:40
好的老师，我已经上传了，麻烦老师了

这是取了一帧重算单点的输入输出文件？那么molden文件呢，以及前面CP2K跑动力学的文件（输入、输出、轨迹）呢？似乎当前体系在X和Y方向不满足周期性，所以得看看之前是怎么产生的这个结构。

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-13 11:00

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-13 10:58
这是取了一帧重算单点的输入输出文件？那么molden文件呢，以及前面CP2K跑动力学的文件（输入、输出、轨迹 ...

molden文件有500多mb太大了，好像上传不了

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-13 11:02

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-13 10:58
这是取了一帧重算单点的输入输出文件？那么molden文件呢，以及前面CP2K跑动力学的文件（输入、输出、轨迹 ...

动力学文件已经上传了

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-5-13 13:24

hpct 发表于 2025-5-13 11:02
动力学文件已经上传了

虽然无关帖子主题，但这段分子动力学轨迹确实有几个问题：
(1) 盒子尺寸不对，用multiwfn加载8A.inp后在主功能0里查看结构，会发现X和Y方向留有真空，也就是周期镜像之间会有缝隙，这显然不满足Al-Zn合金结构的周期性。检查下载入multiwfn生成8A.inp的结构文件有没有晶胞信息（pdb、cif等有，而xyz没有），如果没有则需在multiwfn里自行补充定义，要不然multiwfn会当成非周期性体系而自动添加真空区。
(2) 剪切层和自由层间距超过10埃，二者隔着这么远的真空基本上相互作用很弱了，不符合高压剪切的实际场景。此外在XYZ三维周期性盒子里也得考虑跨越盒子的距离，现在z轴方向真空留得不够多，剪切层与周期镜像里的固定层下表面会有多余的相互作用。
(3) &FORCE_EVAL/&SUBSYS/&VELOCITY字段只能提供初始速度，不能定义模拟全程恒定速度的移动；当前Al-adulterate1-pos-1.pdb轨迹里剪切层看似能持续运动，实际上只是真空中不受阻地飘浮而已。严格实现恒定速度运动，得用&FORCE_EVAL/&SUBSYS/&COLVAR定义距离集合变量加上&MOTION/&CONSTRAINT/&COLLECTIVE/TARGET_GROWTH定义集合变量的增长速度。集合变量大概可以用剪切层质心和固定参考点的距离来定义。
(4) 鉴于剪切是非平衡动力学过程，可能热浴和压浴的使用范围也要考虑一下，比如热浴不应该作用于恒定速度移动的剪切层之类。但是这个我不是很确定，看看类似文献研究怎么说的吧。
(5) 给模拟所用的PBE泛函添加DFT-D3或者DFT-D4等形式的色散校正，对描述相互作用或许比较有益。
(6) 其实CP2K可以边做分子动力学任务边输出molden文件的，倒也不必要提取一些帧的结构重新算单点。当然这里也有取舍，直接对过程中输出的波函数批量分析可以得到动态变化的信息，而重新算少数单点可以提升计算级别（泛函、基组、截断能等等）而获得更高质量的静态描述。

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-13 17:38

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-5-13 13:24
虽然无关帖子主题，但这段分子动力学轨迹确实有几个问题：
(1) 盒子尺寸不对，用multiwfn加载8A.inp后在 ...

感谢老师的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 02:07
没给molden文件，没法判断。世界上有叫做网盘的东西，而且要了解什么叫文件压缩，置顶的社员必读贴都明确说了

分享小文件为了方便可以用附件，大文件的话请尽量用网盘。如果是提问的时候需要发计算程序输出文件（或者其它各种文本型文件）给别人看，且文件大于500 KB，一定要压缩后再发，以节约论坛空间、减少下载耗时！如果压缩后还超过5MB，请用网盘。如果你对文件压缩毫无概念的话，认真看《计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识》（http://sobereva.com/672）。

如果Multiwfn算出来所有原子电荷加和与实际不符，大概率是你没在molden里按下文添加盒子信息
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-14 16:42

sobereva 发表于 2025-5-14 02:07
没给molden文件，没法判断。世界上有叫做网盘的东西，而且要了解什么叫文件压缩，置顶的社员必读贴都明确说 ...

sob老师好，感谢回复，现已将文件压缩用网盘形式贴出，关于molden文件中的盒子信息，在做计算前详细的看过了651博文，将盒子信息添加进去了，应该不是这个的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 23:38

hpct 发表于 2025-5-14 16:42
sob老师好，感谢回复，现已将文件压缩用网盘形式贴出，关于molden文件中的盒子信息，在做计算前详细的看 ...

只能认为你的molden文件有问题
我用你的2ps.zip里的2ps.inp重算了一次（CP2K 2025.1），产生的molden文件没有任何问题，Multiwfn算出来的原子电荷加和精确为0
所有相关文件：链接: https://pan.baidu.com/s/1EpVV37ReL67Jml0gaU_kkA 提取码: jcp9
不知道你的文件是怎么搞的，只能说正常方式计算，毫无问题。

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-15 09:52

sobereva 发表于 2025-5-14 23:38
只能认为你的molden文件有问题
我用你的2ps.zip里的2ps.inp重算了一次（CP2K 2025.1），产生的molden文 ...

感谢sob老师

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-15 12:38

sobereva 发表于 2025-5-14 23:38
只能认为你的molden文件有问题
我用你的2ps.zip里的2ps.inp重算了一次（CP2K 2025.1），产生的molden文 ...

sob老师，您发的网盘链接里面的文件是我贴上去的源文件，可以重新发一个链接么

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Author: sobereva 时间: 2025-5-16 04:07

hpct 发表于 2025-5-15 12:38
sob老师，您发的网盘链接里面的文件是我贴上去的源文件，可以重新发一个链接么

里面的out和molden文件都是我重算出来的

作者
Author: hpct 时间: 2025-5-16 10:35
本帖最后由 hpct 于 2025-5-16 11:22 编辑

sob老师好，您应该是贴错链接了，链接打开只有一个molden文件，解压之后molden文件现实的的修改时间也是2月18号，后续用multiwfn分析原子电荷，得到的结果和我之前的一致，应该是您不小心贴错链接了，链接里面是我的源文件

。

(, 下载次数 Times of downloads: 26) (, 下载次数 Times of downloads: 25)

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