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标题: 求助 gromacs 插入分子链长度超过溶剂盒子边界是否会对动力学模拟产生较大影响 [打印本页]

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-13 17:32
标题: 求助 gromacs 插入分子链长度超过溶剂盒子边界是否会对动力学模拟产生较大影响
如图这种超过溶剂盒子边界的分子链会不会对接下来的分子动力学模拟产生较大的影响，主要是不想加入太多水分子，GPU 硬件比较落后，影响计算效率。计算的目的是分析分子链运动过程中回旋半径的变化，又不好真空下进行分子卷缩。按照我对盒子周期性的理解，超出一小部分是不是对接下来的模拟影响不大。可能我对概念的理解不到位，请各位老师指正，谢谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 00:40
没有明显问题

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