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标题: SmilesFakeG：极懒主义从chemdraw生成Gaussian输入文件 [打印本页]

作者
Author: wal 时间: 2025-5-13 19:52
标题: SmilesFakeG：极懒主义从chemdraw生成Gaussian输入文件
本帖最后由 wal 于 2025-7-17 12:44 编辑

直接运行，输出大概像这样：

Output file: SmilesFakeG.log
Optimization mode: Fixed steps (4000)
No input file specified and no .smi file found in the current directory
Automatically switching to terminal input mode...
Enter/paste your SMILES strings (separated by periods or newlines).
Press Enter twice (submit a blank line) when finished:

复制代码

可以分开输入smiles字符串(每个占一行)，也可以输入句点分隔的多个smiles字符串，连敲两次回车开始执行
tips：在chemdraw里选中多个结构式Ctrl+Alt+C复制出来的smiles就是句点分隔的多个smiles字符串

可以被程序一次性全部读取
默认用MMFF94优化4k步以内。优化完的分子会被写入一个多帧SmilesFakeG.log，可以在GaussView里直接检查每一帧，修改不合适的构象，并直接保存成gjf文件

运行时带上-conv可以切换成优化到收敛的模式，其他参数用处不大，有兴趣的可以自己检查

(, 下载次数 Times of downloads: 34)

需要装好openbabel库和rdkit库

7.17 update: 写了个MMFF94不可用时fallback到UFF的逻辑
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2025-5-14 22:27
怎么从平面结构生成空间结构？

作者
Author: wal 时间: 2025-5-14 22:47

mfdsrax2 发表于 2025-5-14 22:27
怎么从平面结构生成空间结构？

用的是rdkit的ETKDGv3算法

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-5-15 10:01
对含有配位键的化学结构好像不行，我在用铂配合物来试的时候会出现Can't kekulize mol. Unkekulized atoms: 25，用铱配合物会出现[09:26:41] UFFTYPER: Unrecognized hybridization for atom: 16
[09:26:41] UFFTYPER: Unrecognized atom type: Ir (16)，对于CHON组成的有机分子就挺快的，比chemd3D预优化方便

作者
Author: wal 时间: 2025-5-15 10:43

陈AG 发表于 2025-5-15 10:01
对含有配位键的化学结构好像不行，我在用铂配合物来试的时候会出现Can't kekulize mol. Unkekulized atoms ...

啊我不做这种化合物 XD 对此了解不是很多写这个主要是做CHNOS分子的优化来着
看报错好像是不认识重原子可能RDkit的高级算法没有相应的参数

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-6-13 10:28

陈AG 发表于 2025-5-15 10:01
对含有配位键的化学结构好像不行，我在用铂配合物来试的时候会出现Can't kekulize mol. Unkekulized atoms ...

RDKit对金属的支持是最近两三年才投入人力资源的，因此出问题很正常，相应的代码还没到成熟的阶段呢。可以参考 https://www.rdkit.org/docs/Cookb ... s-with-dative-bonds 。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-13 10:33

陈AG 发表于 2025-5-15 10:01
对含有配位键的化学结构好像不行，我在用铂配合物来试的时候会出现Can't kekulize mol. Unkekulized atoms ...

或许可以把MMFF94预优化改成用GFN-FF？

作者
Author: yzh 时间: 2025-6-25 13:02

陈AG 发表于 2025-5-15 10:01
对含有配位键的化学结构好像不行，我在用铂配合物来试的时候会出现Can't kekulize mol. Unkekulized atoms ...

配位键用openbabel，rdkit的结果不是很好

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