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标题: 求助使用AUTOFF和ligpargen计算组分的OPLS-AA力场，发现两者在角参数上有出入 [打印本页]

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-13 20:47
标题: 求助使用AUTOFF和ligpargen计算组分的OPLS-AA力场，发现两者在角参数上有出入
我模拟的是聚碳酸酯，参考了文献，目前倾向于使用OPLS-AA力场，先用AUTOFF计算选择了OPLS-AA/L,然后又用ligpargen想进行一下验证，发现部分原子的Pair Coeffs 不一样，此外角参数也存在不一样的情况，想问一下各位大佬这种合理吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-5-13 22:11
Ligpargen的参数是OPLS-AA/M，不是OPLS-AA/L。

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-14 10:44

slxc920113 发表于 2025-5-13 22:11
Ligpargen的参数是OPLS-AA/M，不是OPLS-AA/L。

您好，我刚才又在AUTOFF上试了一下，计算聚合物的OPLS-AA/M力场，发现始终无法计算，始终无法跳转计算参数那个页面，想问这种情况正常吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-5-14 13:15

huangzi 发表于 2025-5-14 10:44
您好，我刚才又在AUTOFF上试了一下，计算聚合物的OPLS-AA/M力场，发现始终无法计算，始终无法跳转计算参 ...

加上OPLS-AA/L做备选

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-14 19:43

slxc920113 发表于 2025-5-14 13:15
加上OPLS-AA/L做备选

老师，我先选择了OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，然后导出来了lammps力场文件，发现跟我用ligpargen导出来的还是存在出入，OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，这种情况下导出来的力场文件是这两种情况结合的吗？假如我要验证一下ligpargen导出的参数，还有别的方法吗

作者
Author: neocc 时间: 2025-5-14 21:42
带电的结构好像有点问题，autoff使用CgenFF和IFF力场也会有报错

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-14 22:00

neocc 发表于 2025-5-14 21:42
带电的结构好像有点问题，autoff使用CgenFF和IFF力场也会有报错

老师麻烦问下您说的是离子吗，可以理解为聚碳酸酯在autoff下算出的力场存在误差吗，假如要模拟运行的话那是要直接使用ligpargen下生成的opls-aa参数吗，谢谢老师

作者
Author: neocc 时间: 2025-5-14 22:40

huangzi 发表于 2025-5-14 22:00
老师麻烦问下您说的是离子吗，可以理解为聚碳酸酯在autoff下算出的力场存在误差吗，假如要模拟运行的话那 ...

可以认为是离子，力场识别的时候被标注为DU

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-14 23:54

huangzi 发表于 2025-5-14 10:44
您好，我刚才又在AUTOFF上试了一下，计算聚合物的OPLS-AA/M力场，发现始终无法计算，始终无法跳转计算参 ...

说明你的结构中有原子是选择力场中不支持的，程序自动会禁止下一步操作。需要更换其他的力场，或者添加备选的杂化力场达到能够匹配所有原子的目的。

作者
Author: neocc 时间: 2025-5-15 03:08

sarphuart 发表于 2025-5-14 23:54
说明你的结构中有原子是选择力场中不支持的，程序自动会禁止下一步操作。需要更换其他的力场，或者添加备 ...

请问如何在autoFF里面使用指定某个原子的杂化力场呢？

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-15 09:08

neocc 发表于 2025-5-15 03:08
请问如何在autoFF里面使用指定某个原子的杂化力场呢？

你换个力场或者同时选择多个力场，系统会自动把不被识别的原子 DU 加到另一个可被识别的力场上，只要不出现 DU 力场说明力场就兼容了所有原子，就可以进行下一步了

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-5-15 09:58

huangzi 发表于 2025-5-14 19:43
老师，我先选择了OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，然后导出来了lammps力场文件，发现跟我用ligpargen ...

有出入就以ligpargen为准，毕竟那是opls官方工具

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-15 10:20

sarphuart 发表于 2025-5-14 23:54
说明你的结构中有原子是选择力场中不支持的，程序自动会禁止下一步操作。需要更换其他的力场，或者添加备 ...

那老师假如我要求聚碳酸酯的OPLS-AA力场，不使用AUTOFF,使用ligpargen求是不是也可以啊？但ligpargen无法确认原子序号，所以我辅助使用了AUTOFF下的OPLS-AA/L力场的键参数来反推到ligpargen的原子序号，从而在使用ligpargen下的力场参数，这种可以吗？

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-15 11:26

chenzhe 发表于 2025-5-15 09:58
有出入就以ligpargen为准，毕竟那是opls官方工具

老师ligpargen只有参数，看不到原子id，我要怎么样才能将参数和原子一一对应呢，以前是借助autoff

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-5-15 12:48

chenzhe 发表于 2025-5-15 09:58
有出入就以ligpargen为准，毕竟那是opls官方工具

ligpargen也需要检查的，尤其是带F原子的体系有明显的错误，三哥写的代码不要过于相信。

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-5-15 12:52

huangzi 发表于 2025-5-14 19:43
老师，我先选择了OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，然后导出来了lammps力场文件，发现跟我用ligpargen ...

你把差异标注出来，什么分子的什么原子，什么参数，AuToFF和Ligpargen各是什么，才能分析。

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-15 16:59
老师这是我模拟的聚合物，这是两个单体组成的聚合物，在O-C-O(789)这块AuToFF的Angle Coeffs是239.005736 106.261033，而我用ligpargen的出来的Angle Coeffs是69.900 118.180，之后其他的我就没有排查了，这个已经不一样了，然后我的方法是，在autoff中首选opls-aa/m力场，然后备选opls-aa/l，因为ligpargen看不到原子的id所以我在autoff中利用键原子的参数id反推出了我在ligpargen下的原子顺序和id，以便我可以序号与原子一一对应，然后现在我模拟的模型，假如timestep在0.001fs，体系就可以跑得动，假如增加至0.1fs就会报错键原子丢失，一直都是同一类键原子，所以我在想是不是力场参数有问题，然后回过头检查，发现键参数两种方法下的计算一样，而角参数不一样，请问这会有影响吗，谢谢老师

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-5-15 17:55
本帖最后由 slxc920113 于 2025-5-15 18:24 编辑

huangzi 发表于 2025-5-15 16:59
老师这是我模拟的聚合物，这是两个单体组成的聚合物，在O-C-O(789)这块AuToFF的Angle Coeffs是239.005736 ...

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AuToFF本身是缺失O-C-O的成键参数的，在公开的OPLS-AA力场参数中是没有检索到的，所以是用当前的角度作为平衡角度，加了harmonic的角约束势。LigPargen是怎么补齐的不清楚。
至于你的崩溃问题，应该和这个没有关系，你先检查你的步长是否正确，单位制有没有搞错。

作者
Author: neocc 时间: 2025-5-15 18:38

sarphuart 发表于 2025-5-15 09:08
你换个力场或者同时选择多个力场，系统会自动把不被识别的原子 DU 加到另一个可被识别的力场上，只要不出 ...

好，谢谢

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-15 19:35

slxc920113 发表于 2025-5-15 17:55
AuToFF本身是缺失O-C-O的成键参数的，在公开的OPLS-AA力场参数中是没有检索到的，所以是用当前的角度作 ...

好，谢谢老师，我的崩溃问题先是检查了力场文件发现没有问题，我是在lammps里面建成盒子之后就forcite优化了一下，用的cvff力场导出的data文件，后更换了oplsaa参数，模型较小的话0.01fs可以模拟，模型较大的花就0.001fs才能模拟，增大就会报错同一类型键原子丢失，目前找不到问题了，老师可以帮忙看看吗

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